Yaponiya ilə Cənubi Afrika arasında ticarət əlaqələrinin tarixi Naqasaki limanında yerləşən çatdığı 1643-cü ildən başlayır. O, Yaponiyada (HOİŞ) təmsilçisi olan müşayiət etmişdir. 7 il sonra 1950-ci ildə Ribek Cənubi Afrikadakı vəhşi heyvanları Yaponiyaya satmağı təklif etmişdir.

1898-ci ildə Furuya Komahey Cənubi Afrikada mağaza açmış ilk yapon biznesmen olmuşdur. Keyptaunda yerləşən bu mağaza Mikado Şoten (İmperator mağazası) adlanırdı. 1942-ci ilə qədər açıq qalsa da, həmin il hökumət tərəfindən bağlanılmış və malları müsadirə olunmuşdur.

1904-cü ildə Yaponiya Kənd Təsərrüfatı və Ticarət Nazirliyinin dəstəyi ilə İvazaki Kanzo Durbanda kiçik biznes qurmuşdur.

Yaponiya 1918-ci ildə Keyptaunda konsulluq açmışdır.

Cənubi Afrikada mövcud olan aparteid rejiminə görə tətbiq olunan sanksiyalara baxmayaraq Yaponiya 1960-cı illərdə Cənubi Afrika ilə təbii resursları üçün ticarət əlaqələri başlatmışdır. Buna görə də Cənubi Afrikada yaşayan yaponlara statusu verilmişdir. Bu isə Cənubi Afrikada aparteid rejiminə qarşı olan siyasətçilərin narazılığına səbəb olmuşdur. Bundan əlavə, Yaponiyanın ağ azlığın qurduğu hakimiyyətə dəstək verməsi Qara Afrika ölkələrinin tənqidinə səbəb olmuşdur. 1983-cü ildə Tanzaniyanın Yaponiyadakı səfiri Əhməd Hassan Diria yapon turistlərinin Cənubi Afrikanı ziyarət etməsindən əldə olunan gəlirin aparteidi gücləndirdiyini bildirmişdir.

1994-cü ildən Yaponiya ilə CAR arasındakı güclü ticarət əlaqələri yerli bürokratik münaqişələrə görə məhdudlanmışdır.