1955-ci il 24 martda İstanbulda dünyaya gəlib. İbtidai təhsilə Şişli Terakki İbtidai məktəbində başlamışdır. 5-ci sinifdə müəllimini təhqir etdiyinə görə məktəbdən qovulduqdan sonra Beyazıt İbtidai məktəbinə getdi. Orta məktəb təhsilini İşık Liseyində başladı. Sonra Robert Kollecinə keçdi və orada orta məktəb təhsili başa vurdu.

1973-cü ildə Robert Kollecini bitirib. 1978-ci ildə Albanidəki Nyu-York Dövlət Universitetini geologiya fakültəsini və 1979-cu ildə də eyni universitetin magistr pilləsini bitirmişdir.

1981-ci ildə İstanbul Texniki Universiteti Mədən fakültəsinin ümumi geologiya şöbəsində köməkçi kimi işə başladı. 1982-ci ildə Nyu-York Dövlət Universitetində doktorluq dərəcəsi aldı. 1984-cü ildə London Geologiya Cəmiyyətinin Prezident Mükafatını və 1986-cı ildə TÜBİTAK Elm Mükafatını aldı. Elə həmin il İstanbul Texniki Universitetinin Mədən fakültəsinin ümumi geologiya kafedrasında dosent oldu. 1988-ci ildə Nevşatel Universiteti Elm Fakültəsindən Fəxri Elmlər doktoru olmuşdur. 1990-cı ildəAvropa Akademiasına qəbul edildi və cəmiyyətin ilk türk üzvü oldu. Elə həmin il Avstriya Geologiya Xidmətinin müxbir üzvü, 1991-ci ildə isə Avstriya Geologiya Birliyinin üzvü oldu.

1992-ci ildə İstanbul Texniki Universiteti Dağ-mədən fakültəsinin ümumi geologiya kafedrasında professor vəzifəsinə yüksəldi. 1993-ci ildə Türkiyə Elmlər Akademiyasının ən gənc qurucu üzvü oldu və akademiya Şurasına seçildi. Elə həmin il TÜBİTAK Elm Şurasının üzvü oldu. 1994-cü ildə Rusiya Təbiət Elmləri Akademiyasının üzvü və Fransa və Amerika geoloji birliklərinin fəxri üzvü seçildi. Fransız Fizika Cəmiyyəti və Paris Ali Normal Məktəbi tərəfindən də "Ramm" Medalına layiq görülmüşdür. 1997-ci ildə Şəngör Fransa Elmlər Akademiyası tərəfindən yer elmləri sahəsində nüfuzlu "Lutaud" mükafatına layiq görülmüşdür. 1998-ci ilin may ayında Şəngör, Kollec de Fransın ziyarətçi professoru oldu. Burada "Fransız geoloqlarının 19-cu əsrdə tektonikanın inkişafına verdiyi töhfə" mövzusunda dərs verdi və 1998-ci ilin 28 mayında Fransa KollecininKollec de Fransın medalını aldı. 1999-cu ildə London Geologiya Cəmiyyəti ona "Bigsby" medalı verdi. 2000-ci ilin aprel ayında ABŞ-nin Milli Elmlər Akademiyasının xarici üzvü seçilmiş ilk türk oldu. Fuad Köprülüdən sonra Rusiya Elmlər Akademiyasına seçilən ikinci türkdür. 2013-cü ildə Leopoldina Təbiət Tədqiqatçıları Akademiyasının üzvü seçildi.

Cəlal Şəngör 1986-cı ildə Oya Şəngör ilə evlənmişdir. H.C.Asım adlı oğlu 1989-cu ildə dünyaya gəlib.

• "Zümrütname" (1999)
• "Hasan Ali Yücel ve Türk Aydınlanması" (2001)
• "Zümrüt Ayna: Bilimsel Düşünce Üzerine Denemeler" (2003)
• "Yaşamın evrimi fikrinin Darwin döneminin sonuna kadarki kısa tarihi" (2004)
• "99 Sayfada İstanbul Depremi" (2006)
• "Bilgiyle Sohbet - Popüler Bilim Yazıları" (2014)
• "Dahi Diktatör" (2014)
• "Aptalı Tanımak" (2015)
• "Newton Neden Türk Değildi?" (2015)
• "Bir Toplum Nasıl İntihar Eder?" (2016)
• "Cehennemdeki Üniversiteliler" (2016)
• "Bilimin Büyüsü" (2019)
• "Jeolojinin Eduard Suess'e Kadarki Kısa Tarihi" (2020)
• "Senin Cahilliğin Benim Yaşamımı Etkiliyor" (2023)
• "Cehaletten Kurtulma Sanatı & Kim Kimdir?" (2024)
• "Cehaletten Kurtulma Sanatı & Ne Nedir?" (2024)

• "Orogeny" (with A. Miyashiro and K. Aki, 1982)
• "Cimmeride Orogenic System and The Tectonics of Eurasia" (1985)
• "Tectonic Evolution of the Tethyan Region" (1989)
• "The Large Wavelength Deformations of the Lithosphere: Materials for a History of the Evolution of Thought from the Earliest Times to Plate Tectonics" (1996)
• "Rifts of the World" (with Boris Natalin, 2001)
• "Is the Present the Key to the Past or the Past the Key to the Present?: James Hutton and Adam Smith versus Abraham Gottlob Werner and Karl Marx in Interpreting History" (2001)
• "The Large Wavelength Deformations of the Lithosphere" (2003)
• "The Permian Extinction and the Tethys: An Exercise in Global Geology" (with Saniye Atayman, 2009)
• "The Face of the Earth: The Legacy of Eduard Suess" (2014)
• "Revising the Revisions: James Hutton's Reputation Among Geologists in the Late Eighteenth and Nineteenth Centuries" (2020)

• "Орогенез" (с А. Миясиро и К. Аки, 1985)
• "Рифты мира (учебно-справочное пособие)" (c Б. А. Натальиным, 2009)

• "Une Autre Histoire De La Tectonique" (2005)

• "Globale Geologie und ihr Einfluss auf das Denken von Eduard Suess: Der Katastrophismus-Uniformitarianismus-Streit" (2009)