Cəfər xan Bayat 1791-ci ildə Nişapur hakimi təyin olunmuşdu.

1798-ci ildə Fətəli şah Qacar Xorasanı Əfşarlar sülaləsinin əlindən tamamilə almaq üçün yürüşə başladı. Şah Xorasana gedən yol boyu şəhərləri fəth edərək irəliləyirdi. Nişapurda məhəl hakimi Cəfər xan Bayat əbləhanə bir işə əl atdı. O, oğlunu girov kimi şahın yanına göndərdi, amma özü Nişapur qalasını şah qoşunlarına təslim etməkdən imtina etdi. Tarixçi Lisanülmülk Sipehr yazır: "Şəhriyar Cəfər xanın bu yöndəmsiz hərəkətindən əsəbləşdi.Bu səbəbdən qoşun Nişapur nahiyəsində qarətə başladı, sakinlərin binalarını, yemək şeylərini, heç nəyə məhəl qoymadan dağıdıb, xarab etdilər. Şəhriyarın qəzəbi ərşə qalxdı. Əmr etdi ki,Cəfər xanın oğlunu hasar divarının ayağına gətirib, atasının gözləri qarşısında onun boynunu vursunlar. Qəzəblənmiş camaat onun üzünə hələ qara tük gəlməmiş oğlunu divarın ayağına gətirib, torpağa yıxaraq qılıncı boğazına dirədilər və soyundurdular. Bir az gözlədilər və qorxutdular ki, bəlkə Cəfər xan barıdan aşağıya gələ.Bu da fayda vermədikdə qoyun kimi onun başını kəsdilər. Ancaq Cəfər xan qarət və təxribatdan, oğlunun qətlindən sonra qılınc və kəfəni boynuna salıb, dərgaha gəldi, günahını boynuna alıb itaət etdi".

Cəfər xanın adlı oğlu vardı.

• Abbasqulu xan Bayat