Cəfər gənclik çağında İslama gəlmişdir və Hz.Əlidən sonra ikinci kişidir ki islamı qəbul etmişdir. Bir gün atası Əbu Taliblə yoldan keçərkən İslam peyğəmbəri, Əli və Xədicəni Məscidül-Həramda namaz qılarkən görürlər, atası Cəfərə: "Get, onlarla namaz qıl" əmrini verir və o da atasının sözünə əməl edərək, onlarla sıraya dayanıb, namaza başladı ki, bu, onun müsəlman olmasının başlanqıcı olur. Atası isə bu işindən sevinib ona görə şeirlər deyir.

Cəfər islamın öncülərindən idi və İslam peyğəmbəri onu çox sevərdi. Belə ki, Peyğəmbər onun haqqında çoxlu övgülər demişdir. O cümlədən, Peyğəmbər demişdir:Camaat dəyişik kök və soylara bağlıdırlar, amma mən ilə Cəfər bir soy və kökdənik. Başqa yerdə buyurmuşdur: "Ey Cəfər, sən yaradılış və davranışda məndənsən". Cəfər camaat sevən və başqalarına yardım edən birisi idi - belə ki, onun bu özəlliyi üçün Peyğəmbər ona Əbül Məsakin (ابوالمساکین) yoxsullar atası ləqəbini vermişdir.

Məkkədə Qureyşlilərin işgəncə və basqıları nəticəsində yeni müsəlmanların yaşayışları çətinləşir, buna görə besətin 7-ci ilində peyğəmbər seçdiyi müsəlmanlara Həbəşəyə köçmək (Hicrət) əmrini verir. Oranın əhalisi xristian idilər və kralları isə Nəcaşi adlı, camaatı ilə yaxşı davranan birisi idi. 83 nəfərlik bir qrup ki, içlərində qadınlar da vardı Həbəşəyə doğru, Peyğəmbərin təyin etdiyi Cəfərin başçılığıyla yola çıxdılar. Bir dönəm müsəlmanlar Həbəşədə rahat yaşam sürürdülər, amma Məkkəli müşriklər Muhacirləri(Köçərilər) güdmək və geri qaytarmaq üçün iki nəfəri: Əmr Ası və Əbdüllah bin Rəbiəni Həbəşəyə, Nəcaşinin yanına göndərdilər.

Qureyşin göndərilmişləri hədiyyələrlə Həbəşəyə keçib, onları Nəcaşiyə verirkən Muhacirlərin Həbəşədən çıxarlması barədə xahişi ona çatdırırlar. Amma Nəcaşi hər işdən öncə qureyşlilərə dedi: "Mən onların da sözlərini dinləməli və buraya gəlməklərinin səbəbini özlərindən də soruşmalıyam!". Nəcaşi onları çağırdı, Cəfər muhacirlərin başçısı olaraq onunla danışmağa başladı. Danışdığının majiyyəti belədir: Ey böyük, camaat cahiliyyət dönəmində bütlərə tapınıb (sitayiş edib), leş yeyib pis işlərə bulanmışdılar. Allah bizə minnət qoyub, bir peyğəmbəri bizim öz içimizdən ki, onu ata-babasını tanıyırdıq - seçib bizə göndərdi. Bizi təkallahlıq, düz danışıq, yaxşı əmanət saxlamaq, qohumlarımızla yaxşı davranmaq, pis işlər və yalan danışmaqdan üzaq gəzməyə çağırdı. Onun doğru danışan və əmin olduğunu bildiyimiz üçün bircə Allaha, Qurana və gətirdiyi dinə inandıq. Bizim yurddaşlarımız ki, müşrik idilər - yaşamı bizə daraltdılar və bizə inandığımızdan dönmək üçün işgəncələr verdilər. Biz də bu işlər səbəbindən sizin vətəninizə gəldik və sizin bizə dəstək olmağınıza ümid bağladıq. Ümid edirik ki, burada bizə zülm olmayacaqdır… Bu sözlər Nəcaşinin ürəyinə yatdı. O, Cəfərə dediyi Qurandan ona oxumağını istədi. Cəfər isə Məryəm surəsini oxumağa başladı. Bitirdikdən sonra Nəcaşi müşriklərə dönüb dedi: "Mən bunları heç bir zaman sizə verməyəcəyəm və onlar mənim məmləkətimdə yaşayacaqlar". Cəfər və yoldaşları illər boyu orada yaşayıb öz inanclarını qorudular, sonra Hicaza dönmüşlər. Peyğəmbər onun dönüşündən çox sevinmiş və demişdir:Bilmirəm Xeybərin fəthi üçün sevinim ya Cəfərin geri dönməsi üçün!

Cəfər Təyyar namazı Peyğmbərin ona Həbəşədən qayıdandan sonra öyrətdiyi namazdır. Həbəşədən qayıtdıqdan sonra Peyğəmbər ona demişdir: "Sənə elə bir şey öyrədim ki, dünyada hər şeydən üstün olsun sənin üçün. Əgər döyüş meydanından qaçmış və günahın səhraların qumları qədər olsa da, Allah səni bağışlayar". Və Cəfər Təyyar namazı adı məşhur olan namazı ona öyrətmişdir.

Cəfər Mutə döyüşünə ilk komandir olaraq qatılıb, sonunda isə 41 yaşında əvvəlcə iki qolu kəsilərək, şəhadətə yetişdi. Peyğəmbər Cəfərin şəhadətindən sonra onun evinə, zövcəsi Əsmanın yanına gedib, dedi: "Ey Əsma, istəyirsən ki sənə yaxşı bir xəbər verim?". Dedi: "Bəli". Peyğəmbər dedi: "Allah Cəfərə iki kəsilən qolları üçün ona cənnətdə uçmaq üçün iki qanad hədiyyə etmişdir". Ondan sonra Peyğəmbər məscidə gedib bu xəbəri müsəlmanlara paylaşdı və Cəfərin ünvanına təriflər etdi. Məsciddən sonra isə onun evinə gedib, ev əhalisi ilə bir süfrə başında oturmuşdur.

• Səhabə