Cəfər Cəfərov 1960-cı il aprel ayının 21-də Naxçıvan şəhərində mühəndis ailəsində anadan olmuşdur.

1977-ci ildə Bakı şəhəri 158 №-li orta məktəbi bitirmiş və Azərbaycan Dövlət Universitetinin Tarix fakültəsinə daxil olmuşdur. 1980–1983-cü illərdə universitetin göndərişi əsasında təhsilini Moskva Dövlət Universitetinin (MDU) Tarix fakültəsində davam etdirmişdir. 1983-cü ildə MDU-nun Tarix fakültəsinin aspiranturasına daxil olmuş, 1987-ci ildə dissertasiya işini müdafiə edərək tarix elmləri namizədi alimlik dərəcəsi almışdır. Moskvada təhsil alan Azərbaycan Tələbə və Aspirantları Şurasının sədr müavini olmuşdur.

1987–1994-cü illərdə Bakı Dövlət Universitetinin Tarix fakültəsində böyük laborant, "Azərbaycan tarixi" kafedrasının müəllimi, baş müəllimi, dosenti, 1990–1994-cü illərdə BDU-da Tarix üzrə ixtisaslaşmış doktorluq şurasının elmi katibi, 1992–1994-cü illərdə Tarix fakültəsinin dekan müavini vəzifəsində işləmişdir.

1994–1998-ci illərdə Azərbaycan Respublikası Gənclər və İdman Nazirliyinin Gənclərlə İş üzrə Baş İdarəsinin rəisi vəzifəsində çalışmışdır.

1998–2003-cü illərdə BMT İnkişaf Proqramı və Azərbaycan hökumətinin "Azərbaycanda QHT/İƏT-lərin institusional potensialının artırılması ilə Vətəndaş Cəmiyyətinin gücləndirilməsi" birgə layihəsinin milli koordinatoru olmuşdur.

2003–2004-cü illərdə Beynəlxalq Mətbuat Mərkəzinin (BMM) direktoru vəzifəsində işləmişdir.

2004–2006-cı illərdə BMT İnkişaf Proqramı və Azərbaycan hökumətinin " Azərbaycan Respublikasında yoxsulluğun azadılması məqsədilə daxili turizmin səmərəli inkişafının təmin olunması üzrə Azərbaycan Respublikasının Gənclər, İdman və Turizm nazirliyinə institusional yardım" birgə layihəsinin milli koordinatoru olmuşdur.

2013-cü il 17 fevral tarixində Azərbaycan Respublikasının Prezidenti yanında Ali Attestasiya Komissiyasının qərarı ilə professor elmi adi verilib.

2006–2014-cü illərdə Azərbaycan Turizm İnstitutunun rektoru, 2014–2016-cı illərdə isə Azərbaycan Turizm və Menecment Universitetinin rektoru vəzifələrində çalışmışdır.

Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 23 iyun 2016-cı il tarixli Sərəncamı ilə Cəfər Cəfərov Azərbaycan Dövlət Pedaqoji Universitetinin rektoru təyin edilmişdir.

2017-ci ildə Applied Sciences Krems IMC Universitetinin təqaüdçüsü adına layiq görülmüşdür.

2017-ci ildə "Humanist Pedaqogika Beynəlxalq Mərkəzi" tərəfindən "Humanist pedaqogikanın cəngavəri — "Ürək və Qu quşu" qızıl nişanı təqdim edilib.

2018-ci ildə Əbu-Dabidəki Paris-Sorbon Universitetinin İkitərəfli əməkdaşlığın möhkəmləndirilməsindəki səylərinə görə fəxri fərmanına layiq görülmüşdür.

2019-cu ildən Respublika Elmi Tədqiqatların Əlaqələndirilməsi Şurası: Azərbaycan tarixi üzrə Elmi Şurasının üzvüdür.

2019-cu ildə "Azərbaycan Xalq Cümhuriyyətinin 100 illiyi (1918–2018)" və "Bakı Dövlət Universitetinin 100 illiyi (1919–2019)" Azərbaycan Respublikasının yubiley medalları ilə təltif olunmuşdur.

2020-ci ildə Türkiyənin Ali Təhsil Keyfiyyət Şurasının Xarici Qiymətləndiricisi (ekspert) seçilmişdir.

2021-ci il 17 dekabr tarixində Azərbaycan Respublikasının Prezidentinin Sərəncamı ilə "Şöhrət" ordeni ilə təltif edilmişdir.

2023-cü il mayın 20-də mədəniyyət və incəsənət, elm, təhsil və beynəlxalq əlaqələrin inkişafındakı səmərəli xidmətlərinə görə Özbəkistanın Kokand Dövlət Pedaqoji İnstitutunun fəxri professoru adı ilə təltif olunub.

2024-cü ildə Azərbaycan Respublikasının Prezidentinin müvafiq Sərəncamı ilə "Heydər Əliyevin 100 illiyi (1923–2023)" Azərbaycan Respublikasının yubiley medalı ilə təltif edilib.

2024-cü ilin oktyabr ayından Avrasiya Universitetlər Birliyinin (EURAS) idarə heyətinin üzvüdür.

Azərbaycanda keçirilmiş bir sıra, o cümlədən də xaricdə keçirilmiş 100-dən çox beynəlxalq seminar, konfrans və simpoziumların iştirakçısı olmuşdur. Müasir Azərbaycan tarixi, demokratikləşmə, mülki cəmiyyətin inkişafı, dövlət idarəçiliyi, turizmin inkişafı ilə bağlı Azərbaycanda və xaricdə nəşr olunmuş 90-a yaxın elmi əsərin müəllifidir. Rus, ingilis, türk dillərində sərbəst danışır.