Yaponiya Bosniyada sülhü təmin etmək üçün 1995-ci ildə yaradılmış üzvü olmuşdur. Yaponiya Bosniya və Herseqovinanın müstəqilliyini 23 yanvar 1996-cı ildə tanımışdır. İki ölkə arasında diplomatik əlaqələrin əsası 9 fevral 1996-cı ildə qoyulmuşdur. 1998-ci ilin fevralında Yaponiyanın Sarayevoda rəsmi nümayəndəliyi açılmışdır. Bu nümayəndəlik 2008-ci ilin yanvarında səfirlik səviyyəsinə qaldırılmışdır. Bosniya və Herseqovinanın Yaponiyadakı səfirliyi 1998-ci ilin dekabrında açılmışdır.

1999-cu ilin sentyabrında Serb Respublikasının baş naziri Milorad Dodik Yaponiyaya rəsmi səfər etmişdir. Yaponiya ilə Bosniya və Herseqovina arasında ilk sammit görüşü 2005-ci ilin martına gerçəkləşmişdir. Belə ki, Bosniya və Herseqovina Nazirlər Kabinetinin sədri Yaponiyaya rəsmi səfər etmişdir. Bosniya və Herseqovinanın rəyasət heyətinin sədri Jelko Komşiç 2019-cu ildə Naruhitonun taxta çıxma mərasimində iştirak etmişdir.

Boşnak müğənni Yadranka Stoyanoviç Yaponiya incəsənətinə, xüsusilə, hayku və ukiyo-eyə maraq göstərmiş, 1988–2011-ci illərdə Yaponiyada fəaliyyət göstərmişdir. O, Yaponiya filmləri və teleserialları üçün bir sıra mahnılar ifa etmişdir. Stoyanoviç 2016-cı ildə Banya Luka şəhərində ölmüşdür. Yaponiyanın "" musiqi qrupu 2016-cı ildə Sarayevo və Banya Luka şəhərlərində onun xatirəsinə konsertlər vermişdir.

2016-cı ildə Yaponiya ilə Bosniya və Herseqovina arasındakı münasibətlərin 20 illiyi qeyd olunmuş, bu münasibətlə Bosniya və Herseqovinada şamisen, Ryukyu musiqisi kimi mədəniyyət tədbirləri keçirilmişdir.

Bosniya futbol məşqçisi 2006–2007-ci illərdə Yaponiya milli futbol komandasının baş məşqçisi olmuşdur. Yaponiya futboluna verdiyi töhfələrə görə 2016-cı ildə "Doğan günəş" ordeni ilə təltif olunmuşdur. Onun sitatları və sözləri Yaponiyada xeyli populyar olmuş, "Osimin sözləri" adı ilə nəşr olunaraq 400.000-dən çox nüsxə satmışdır. Digər boşnak futbol məşqçisi də 2015–2018-ci illərdə Yaponiya millisinin baş məşqçisi olmuşdur.

Dil

2000-ci ilin martında Derventa şəhərində yerləşən bir liseydə yapon dili tədris olunmağa başlamışdır. 2007-ci ildə liseydə yapon dilinin tədrisi dayandırılsa da, 2019-cu ildə dərslər bərpa olunmuşdur. 2013-cü ilin oktyabrında Sarayevo Universitetində yapon dilinin tədrisi başlanmışdır. Hazırda Sarayevo Universiteti Bosniya və Herseqovinada yapon dilinin tədris olunduğu yeganə ali təhsil müəssisəsidir. Sarayevoa Universiteti 2015-ci ildə Sakura şəbəkəsinin üzvü olmuşdur. 2014–2017-ci illərdə Banya Lukada yerləşən bir liseydə yapon dili tədris olunmuşdur.

2018-ci ilin məlumatına əsasən Bosniya və Herseqovinanın təhsil müəssisələrində 65 nəfər yapon dilini öyrənir.