1922-ci ildə Nobel mükafatına layiq görülən Nansen mükafat məbləğini qaçqınlara yardım üçün ayırdı və 1930-cu ilin mayında ölümünə qədər bu işi davam etdirdi. Onun ölümündən sonra Millətlər Liqası qaçqınların işilə məşğul olacaq Nansen təşkilatını yaratdı və təşkilat 1 aprel 1931-ci ildən Cenevrədə fəaliyyətə başladı. Təşkilatın əsas vəzifəsi qaçqınlara maddi yardım göstərmək və siyasi dəstək vermək idi. Yeni yaradılmış təşkilat bir sıra problemlərlə üz-üzə qaldı. Davam edən erməni — türk böhranı Nansen təşkiltını 50 minə yaxın insanı 1935-ci ilə qədər köçürməyə məcbur etdi, onlardan 40 mini Suriya və Livana, 10 mini isə İrəvana köçürüldü.

1933-cü ildə Almaniyada nasistlərin hakimiyyətə gəlməsilə Avropada da qaçqınlara bağlı vəziyyət çətinləşdi. Nasistlərin antisemit siyasəti kütləvi yəhudi qaçqınlarını ortaya çıxardı. 1935-ci ildə Saarın Almaniyaya verilməsindən sonra təşkilat oradan 4 minə yaxın qaçqının Paraqvaya keçməsinə yardım etdi. Lakin yeni yerlərdə qaçqınlara ehtiyatla yanaşırdılar və onlar iqtisadi həyatdan təcrid edilirdilər, belə olan halda təşkilat ehtiyacı olanlara müavinət ödəməyə davam edirdi. Bu pullar əsasən F. Nansen tərəfindən verilən 250 min norveç kronundan ibarət fonddan verilirdi. 1938-ci ilədək artıq 800 min qaçqına yardım edilişdi. 1933-cü ildə Millətlər Liqasının 14 ölkəsi tərəfindən qaçqınlar haqda konvensiyanın qəbul edilməsi də Nansen təşkilatının işinə yardım edirdi. İspaniya vətəndaş müharibəsi Avropada qaçqınların növbəti dalğasını yaratsa da Nansen təşkilatının ütün cəhdlərinə baxmayaraq onlara kömək etmək mümkün olmadı. Buna baxmayaraq, 1938-ci ildə təşkilat Nobel Sülh mükafatını əldə etdi.

1933-cü ildə Millətlər Liqası Almaniyadan olan qaçqınların işi üzrə komissiya təsis etdi. 1935-ci ildə bu komissiyayla Nansen təşkilatının birləşdirilməsilə bağlı bir sıra addımlar atıldı. Nəticədə Millətlər Liqası tərkibində qaçqınların işi üzrə yeni Ali komissiya yaradıldı və bu komissiya tədricən hər iki təşkilatı əvəz etdi. Yeni yaradılmış Ali komissiya 1 yanvar 1939-cu ildə Londonda fəaliyyətə başladı və beləliklə Nansen təşkilatının fəaliyyəti dayandırıldı.