Bakı limanı Xəzər dənizinin ən qədim limanıdır və Azərbaycanın dövlət quruculuğu tarixinin bir çox mərhələsində mövcud olmuşdur. Əsrlər boyu Bakı Limanı qədim İpək Yolu, eləcə də, Şimali Avropa və Rusiyanı Orta Şərq və Cənubi Asiya ilə birləşdirən Şimal-Cənub nəqliyyat dəhlizi üzərində yerləşərək Şərq və Qərb arasında körpü rolunda çıxış etmişdir. Daha sonra bu marşrut Rusiya, Avropa, Hindistan və digər ölkələrdən olan xarici tacirlər tərəfindən istifadə edilib.

On beşinci əsrin ortalarında Volqa-Don və Xəzər dənizi ticarət marşrutu üzrə Şərqi Avropanı Hindistan ilə birləşdirən yeni ticarət marşrutu kəşf edildi. Bu kəşf bugünkü Bakı Limanının Xəzər dənizi ticarətində, eləcə də, beynəlxalq dəniz ticarətində əsas mərkəz kimi əhəmiyyətini artırmışdır. Əvvəlki əsrlərdə dəniz ticarəti Bakı şəhərinin ən əsas fəaliyyəti olmasına baxmayaraq, Bakı Limanına edilən rəsmi tarixi istinadlara 1564-cü ildən rast gəlinir. 1564-cü ildə Səfəvi hökmdarı I Şah Təhmasibin əmri ilə Şeyx Zahid Bakı Limanının "birinci naziri" təyin edildi.

19-cu əsrin ortalarında müasir Bakı Limanının tikintisinə başlanıldı və 1902-ci il 21 iyul tarixində limana rəsmi olaraq özünüidarəetmə hüququ verildi. Pambıq, meyvə və qənd kimi quru yükün müxtəlif növləri Bakı Limanının, eləcə də, Krasnovodsk (bugünkü Türkmənbaşı), Petrovsk (bugünkü Mahaçqala) və İran limanları kimi Xəzər dənizinin digər limanlarının əsas ticarət malları sırasına daxil idi. Artıq 1900-cü ildə illik yük trafiki 6.5 milyon tona (təqribi olaraq 400 milyon Rusiya pudu) çatmışdır və 1912-ci ildə liman ümumilikdə 157,779 sərnişinə xidmət göstərmişdir. Rusiya İmperiyası tranzit yük kimi Bakı Limanından keçən təxminən 38.1 milyon pud yük ilə Bakı Limanının tranzit imkanlarından faydalanırdı. 1905-ci ildə ən çox yük aşıran liman olmuşdur.

Neftin çıxarılması ilə əlaqədar olaraq 1920-ci ilin iyun ayından avqusta kimi Bakı Limanında neft tankerlərinin təhlükəsiz hərəkətini təmin etmək üçün bir sıra tikinti işləri aparılmışdır. 1923 – 1924-cü illərdə Bakı Limanından həyata keçirilən ticarət həcmi Sovetlər Birliyi üzrə ümumi yük həcminin 27,3 %-ni təşkil etmişdir. Bu nəticə Bakı Limanını Sovetlər Birliyinin aparıcı limanına çevirmişdir.

Bakı Limanı İkinci Dünya Müharibəsi ərəfəsində dövlət sərhədlərinin müdafiəsində fəal rol oynamışdır. Cəbhə bölgəsinə vaxtında çatdırılması üçün qısa zaman ərzində Bakı Limanından əhəmiyyətli həcmdə yüklər aşırmışdı. 1942-ci ilin üç ayında yüklərin həcmi iki dəfə — 187,200 tondan 445,800 tona kimi artmışdır.

İkinci Dünya Müharibəsindən sonra əvvəlki Bakı Limanı vəziyyətini alması üçün limanda genişmiqyaslı yenidənqurma işləri aparılmışdır. 1963-cü ildə yeni bərə terminalı işə salınmış, daha sonra sərnişinlər üçün xidmət körpüsünün inşasına başlanılmışdır. 1972-ci ildə yeni sərnişin binasının tikintisi işləri tamamlanmışdır.

Bakı Limanının hazırkı Əsas Yük Terminalı (ƏYT) Bakı şəhərinin mərkəzində yerləşir. Orada ümumi uzunluğu 545 metr olan üç tərsanə var. Bu tərsanələrdən biri Bakı ilə Türkmənistan arasında sərnişin və avtomobilləri müntəzəm nəql edən Ro-Ro gəmiləri ilə iş üçün istifadə edilə bilər. Sahil divarında dərinlik Xəzər dənizi səviyyəsindən 7 metr yüksəkdir. Tərsanələr qaldırma imkanları qırx tonadək olan on dörd hərəkətli kranla təchiz edilmişdir. Tutumları 1.5–10 ton olan avtokarlar və tutumları otuz səkkiz ton olan konteyner yükləmə dəstləri ümumi və konteyner yükləri ilə iş üçün səmərəli istifadə olunur. Terminal 2013–2014-cü illərdə sement, klinker və armatur da daxil olmaqla, daim bir milyondan artıq ümumi, qalaq və konteyner yüklərinin işlənməsinə imkan vermişdir. Bir gün ərzində tutumları 150 vaqon və 100 avtomobilədək olan cəmi üç gəmi ilə eyni vaxtda işləmək mümkündür. Dəmir yolunun ümumi uzunluğu limanda 400 metr hissəsinə çıxış imkanı ilə səkkiz kilometrdir. Bu dəmir yolu vaqonlarına çıxış imkanı ilə yükün hamar boşaldılması və yüklənməsinə imkan verir. Şuntlamanı iki dizel lokomotivi yerinə yetirir. Terminal yükün limana asan çatdırılmasına imkan verən dəmir yolu və avtomobil çəkiləri ilə təchiz edilmişdir. Açıq meydançanın ümumi sahəsi təxminən 19,000 m² -dir və qorunan anbar ərazisi təxminən 6,000 m²-dir.