Mağara artıq XVIII əsrdən məlumdur. Mağara və daxilində olan göl haqqında ilk elmi məlumat 1886-cı ilə təsadüf edir. 1896-cı ildə yerli qəzetlərin birində mağara və göl haqqında geniş məlumat çap edilmiş və o vaxtdan bu ərazi aşqabadlıların sevimli məkanına çevrildi. 1976-cı ildə mağara geoloqlar tərəfindən araşdırılmış, sonralar isə Aşqabad speleoloqları mağaranı tədqiq etmiş. V.H. Dublyanski mağaranı geniş təsvir etmiş

Mağara Koy silsiləsində, Duqun dağı ətəyində yerləşir. Mağara girişindən 800 metr aralı, dərin dərə ilə Koy çayı axır. Bu çay mağara daxilindəki göl suyunun yer səthinə çıxışıdır. Beş girişi olan mağara əsas böyük əhəngdaşlı zaldan ibarətdir. Zal 55 metr dərinlikdə yerləşir. Eni 50 metr, uzunluğu 250 metr və hündürlüyü 26 metrdir. Mağara dibi meyillidir və çoxlu qırıntı məhsullarından və müxtəlif orqanizimlərə məxsus quanodan ibarətdir.. Mağaranın cənub-şərqində yer altı Kou-Ata gölü yerləşir. Gölün uzunluğu 75 metr, eni isə 23 metrdir. Dərinliyi 14 metr olan gölün sahəsi 3000 м²-dir. Suyun həcmi — 6,5 min м³-dir. Gölün suyu yetərincə yüksəkdir (37°С) və mineralaşma dərəcəsi azdır. Ortalama 2,63 q/l suda silisium turşusu (147 mq/l), stronsium (50,6 mq/l) və sulfid turşusu (10,5 mq/l) var. Ümumən 25 element aşkar olunmuş. Mağara havası yetərincə sulfid turşusu buxarı ilə doymuş. Nisbi rütubətlənmə 100 % yaxındır.

Mağara ölkə üzrə tanınmış istirahət mərkəzi hesab olunur. Mağara girişindən gölə qədər beton pilləkənlər mövcuddur. Xüsusi yerlərdə geniş müşahidə meydançaları qurulmuş. Elektriklə təchiz olunmuş mağaraya ekskursiyalar təşkil olunur. Qayıqla göldə üzmək mümkündür.«Koy-Ata» gölünün adı türkmən dilindən tərcümədə "mağaranın atası" mənasını verir. Göldə çimmək orqanizimə müsbət təsir göstərir və qan dövranını yaxşılaşdırır. Son on illikdə gölün su səviyyəsi yetərincə yüksəlmiş.

Mağara daxilində yarasa, gəmircilər, göyərçin, daşğqarğası, dra-dra göycəqarğa və yaşayaır. Həmçinin onurğasızların 50 növünə mağara daxilində rast gəlinib. Orqanizimlərin qalıqları 1300 m² sahəyə, 670 м³ həcmə malikdir.