1552-ci ildə Qazan xanlığını ruslar işğal etdilər və başqırd tayfaları da onların təcavüzünə məruz qaldılar. Əvvəlcə başqırdların minq tayfası, 1556-cı ildə isə userqan, qıpçaq, burzan və başqaları da Rusiyanın tabeliyini qəbul etdilər. 1598-ci ildə ruslar Sibir xanlığının işğalını başa çatdırdılar və bununla da başqırd torpaqları da tamamilə rus dövlətinin tərkibinə qatıldı. Başqırdlar Rusiyaya yasaq formasında xəz və bal verirdilər. Rusiya Başqırd torpaqlarında daha da möhkəmlənmək üçün başqırd hakimlərini, tarxanlarını öz tərəfinə çəkir, eyni zamanda mərkəzdən bura rus ailələri köçürür və hərbi-strateji əhəmiyyətli şəhərlər salırdı. 1574-cü ildə Ufa şəhəri salındı və 1586-cı ildə isə inzibati mərkəzə çevrildi. Bundan sonra Başqırd torpağında Birsk, Çelyabinsk, Tabınsk və Orenburq şəhər-qalaları tikildi. Bu şəhrlərdə Rusiyanın müxtəlif yerlərindən köçürülmüş əhalidən başqa rus əsgər və zabitləri də yerləşdirilirdi. Ufa şəhərində oturan rus voyevodası başqırdların hakimi sayılırdı. Ağır müstəmləkə rejimi ilə razılaşmayan başqırdlar üsyana qalxdılar. 1662-1664-cü illəri əhatə edən bu üsyanda çoxlu rus ailələri Başqırdıstandan qovulmuş, bir çox qəddar rus hakimləri öldürülmüşdü. Rusiya hökuməti böyük bir ordu yeritməklə bu üsyanı qəddarcasına yatırtmışdı. Başqırd üsyanları, demək olar ki, bütün XVIII əsr boyu müəyyən fasilələrlə davam etmişdir.

Başqırdlar əsasən müsəlmandır.

Başqırdıstanın Rusiyaya birləşdirilməsindən sonra Ufa şəhəri quruldu. Ufa şəhəri ətraf əraziləri ilə birlikdə Ufa uyezdində, XVIII əsrin başlanğıcından isə Ufa əyalətində birləşdirildi. Ufa əyalətinin tərkibinə Kazan qubeyrniyası, 1744-cü ildən isə Orenburq daxil edildi.

Başqırdların əraziləri XVIII əsrlərdən etibarən Uralın orta və cənub hissəsini, Bela və Kama çayları arasında yerləşən meşə-çöl və çöl zonalarını, Yaik çayının orta axarına qədər olan cənub hissəsini, habelə Yaikin orta axarının çöl zonarını əhatə edir. XVIII əsrin birinci yarısında Başqırdıstan 4 "yola" (inzibati dairə) bölünmüşdü. Mərkəz və cənub hissə (Başqırdıstanın)-Noqay yolu, qərb hissə-Kazan yolu, (Uralarxası şərq və) Cənubi Uralarxası torpaqların şərq hissəsi-Sibir yolu, Ufadan şimala uzanan nazik zolaq Osin yolu adlanırdı. Yollar isə öz növbəsində volostlara bölünmüşdü. XVIII əsrin ortalarında 42 volost qeydə alınmışdı. Volostlarda inzibati və polis hakimiyyəti başqırd starşinası və yüzbaşının ixtiyarında idi. Hər bir volostda əhalinin sayından asılı olaraq bir neçə starşina fəaliyyət göstərirdi.

Başqırdıstan Rusiyanın milli tərkibinə görə ən çoxsaylı əyalətlərindən biri hesab olunur. Burada başqırdlardan savayı yüz minlərlə rus, tatar, çuvaş, mari, udmurt və s. xalqlar yaşayırlar. Ufa voyevodası polkovnik Lyutkinanın 1744-cü ildə verdiyi məlumata görə "Başqırdıstanda həmin dövrdə 75 185 rus yaşayırdı". Sonrakı illərdə bu ərazilərdə rus əhalisinin artması bura Mərkəzi Rusiyadan köçürülən rus kəndlilərinin və yeni yaradılmış dağ-mədən sənaye sahələrində işləyən işçilərin hesabına oldu. Başqırdıstanda şəhər əhalisi əsasən Ufada, Birskdə, Menzelində, Osda və s. yerlərdə yaşayırdılar. Bu şəhərlər sənətkarlıq-ticarət mərkəzi olmaqdan başqa, həm də rus hərbi xidmətçilərinin yerləşdiyi qəsəbələr hesab olunurdu. Birski şəhərində 700 mülkdən yarısı hərbi xidmətçilərin əlində idi. Menzelin şəhərində əhalinin əsas hissəsini dvoryanlar (zadəgan) və kazaklar təşkil edirdi. Ufada 160 mülkdən onlarla mülk Polşa şlyaxtaçılarına, yerdə qalan hissələr isə rus dvoryanlarına və yeni xristianlığı qəbul etmişlərə verilmişdi.

XVIII əsrin I yarısından başqırdlar köçəri-maldar təsərrüfatından əkinçiliyə və oturaq həyata keçməyə başladılar. Başqırdıstanın şimal və qərbində, belə ki, Osin və Kazan yolları əhatəsində olan torpaqlarda əhali tamamilə oturaq əkinçi-maldar təsərrüfatına keçmişdi. Başqırdıstanın cənub və şərqində-Noqay və Sibir yollarına aid olan ərazilərdə əhali 2 hissəyə ayrılmışdır. Həm maldarlıqla, həm də əkinçi-maldarlıqla məşğul olurdular.

Başqırdıstanın Sibir və Noqay «yollarında» çoxlu heyvanlar dəvə, at, inək və qoyun saxlayırdılar. Qış heyvanlar üçün çox ağır keçirdi. Çünki qış üçün quru ot tədarükü az görülürdü. Başqırdlar kəndlərində ancaq qışda yaşayırdılar, yayda onlar öz volostlarının ərazisi dairəsində köç edirdilər.

Əhali arasında arıçılıq və ovçuluq məşğuliyyəti geniş yayılmışdı. Başqırdlar köçəri-maldarlıqla məşğul olmalarına baxmayaraq onların 10-15 həyətdən ibarət olan daimi kəndləri var idi. Çox nadir hallarda 50-100 həyətdən ibarət kəndlərə rast gəlmək olardı. Hər bir kənd yay vaxtı kiçik qruplara bölünərək öz volostları daxilində özləri üçün əvvəlcədən müəyyən olunmuş yerlərə köç edirdilər.

XVIII əsrin birinci yarısında Kazan və Osin yollarında əkinçilik böyük sürətlə inkişaf etməyə başlamışdı.