Dəmir yolu nəqliyyatı Başqırdıstanın nəqliyyat sistemində həlledici rol oynayır və respublikanın yük dövriyyəsinin təqribən 40%-ini (neft, kimya yükləri, mineral gübrələr, qara metallar üstünlük təşkil edir), sərnişin dövriyyəsinin isə 30%-ini təmin edir. 2003-cü ildə ölkədəki dəmir yollarının ümumi uzunluğu 1458 km idi. Əsas dəmir yolu magistralı Samara – Ufa – Çelyabinskdir.

Bərkörtüklü avtomobil yollarının uzunluğu 22,1 min km-dir. Ən əhəmiyyətli avtomobil magistralları Samara – Ufa – Çelyabinskdir. Respublikanın hüdudlarında isə Ufa – Sterlitamak, Ufa – Beloretsk, Ufa – Birsk hesab olunur.

Gəmiçilik üçün yararlı olan su yollarının uzunluğu 1080 km-dir. Əsas çay nəqliyyatı magistralı Ufa qolu olan Belaya çayıdır. Əsas çay portları Ufa və Birskdir.

Yük dövriyyəsində taxta-şalban, neft yükləri, tikinti materialları, taxıl, metallar və metal məmulatlar, daş kömür üstünlük təşkil edir.

Boru kəməri nəqliyyatı inkişaf etmişdir. Boru kəmərlərinin əsas hissəsi Başqırdıstanın neft hasilatı rayonlarını neft emalı zavodları ilə birləşdirir.

Paytaxt Ufada beynəlxalq aeroport var.