Başqırdıstan Kənd təsərrüfatı institutu SSRİ Xalq Komisarlar Soveti və Mərkəzi İcrayiyə Komitəsinin 23 iyul 1930-cu ildə 237 saylı qərarı ilə təşkil edilmişdir. İnstitut Ufa Din Seminariyasının binasında yerləşirdi. Təhsil müəssisəsi 1 oktyabr tarixində fəaliyyətə başlamışdır.

1941-ci ildə institut Ufa şəhəri, Karl Marks küçəsi, ev № 3 ünvanında yerləşirdi.

Müharibənin ilk illindəcə institutdan cəbhəyə yüz pedaqoq və tələbə yollanmışdır. Müharibənin gedişində 176 aqromon və zootexnik hazırlanmışdır.

1947-ci ilin əvvəllərinə olan məlumatına görə tələbə sayı 533 nəfər təşkil edir: aqronom 237, zootexnika — 156, veterenar — 140.

1993-cü ildə institut "Universitet" statusu almışdır.

2001 — "Başqırdıstan Dövlət Aqrar Universitetinin" elmi xəbərlər jurnalı buraxılır.

2013 — BDAU elektron jurnalı işıq üzü görür.

• 1930–1933 — Asadullin Əbdürrəhman Qiniyatulloviç.
• 1933–1937 — Qumerov Midxat Nazmudinoviç.
• 1938–1939 — Eqorov Leontiev İvanoviç.
• 1939–1941 — Qaynullin Taji Rafaquddinoviç.
• 1941–1943 — Pşeniçnı Pavel Dmitrieviç, Lenin ordenli.
• 1943–1950 — Rudko Konon Fesedoviç.
• 1950–1951 — Smorodin Qeorqi Stepanoviç.
• 1951–1954 — Ermolayev Aleksey Konstantinoviç.
• 1954–1964 — Sokolov Aleksandr Pertoviç.
• 1964–1973 — Baxtizin Nazif Rayanoviç.
• 1973–1983 — Baykov Aleksandr Mixayloviç.
• 1983–1988 — Şepanski Oleaq İvanoviç.
• 1988–1999 — Radik Minnixanoviç Başırov, professor, texniki elmlər namizədi, Başqırdıstan Elmlər Akademiyasının müxbir üzvü.
• 1999–2007 — Nedorezkov Vladimir Dmitrieviç, professor, kənd təsərrüfatı elmlər doktoru.
• 2007–2008 — Qimayev Eldar Raisoviç, hüquq elmlər dokdoru.
• 2008. — İldar İsmaqiloviç Qabitov, professor, texniki elmlər namizədi, "Başqırdıstan Respublikası elmlər xadimi".

Təhsil 7 fakültədə aparılır:

• Aqrotexnologiya və meşə təsərrüfatı
• Biotexnologiya və veterenar tibbi
• Mexanika
• Tikinti
• Energetika
• Qida texnologiya
• İqtisadiyyat