Prezidentin 21 fevral 1863-cü il tarixli fərmanı ilə Baş Hökumət Arxivinin (ispanca: Archivo General del Gobierno) funksiyaları tənzimləyirdi ki, bu arxiv yeni yaranmaqda olan qurumların sənədlərindən ibarət olmalı və Maliyyə Naziri tərəfindən idarə olunmalı idi. Lakin 1896-cı il iyulun 7-də president Xose Santos Zelaya hökumətin icra, məhkəmə və qanunvericilik qollarının saxlanması, habelə bələdiyyələrin arxivlərinin saxlanması üçün repozitoriya kimi Baş Milli Arxivin yaradılması haqqında fərman verdi.

31 mart 1931-ci il zəlzələsi müstəmləkə dövrünə aid sənədləri ehtiva edən, Sección de Tierras da daxil olmaqla arxivlərin əksəriyyətini məhv edən yanğına səbəb oldu.

1959-cu ilin oktyabrında arxivin fəaliyyətini tənzimləmək üçün daha bir fərman verildi. 1979-cu ilə qədər İdarə Nazirliyinin tabeliyində olub, o zaman Mədəniyyət Nazirliyinin nəzarətinə keçib. 1988-ci ildə aparılan inzibati islahatlarla arxiv Təhsil Nazirliyinin Baş Mədəniyyət İdarəsinin tabeliyinə keçib. Daha sonra Nikaraqua Tarix İnstitutuna aid edildi və 1990-cı ildən Nikaraqua Mədəniyyət İnstitutu tərəfindən idarə olunur.

• Baş Milli Arxivin funksiyalarına aşağıdakılar daxildir:
• Dövlət qurumları tərəfindən hazırlanmış sənədlərin toplanması, baxılması və dövlət qulluğuna verilməsi;
• Qanuni və şəxsi kolleksiyalara qulluq etmək və mühafizə etmək, və çap nəşrləri və digər media vasitəsilə tarixi maraq doğuran sənədlərin yayılması

• Arxivdə aşağıdakı kolleksiyalarda təşkil edilmiş təxminən on milyon sənəd var:
• Müstəmləkə Bölməsi (1526–1821): Kosta Rika Milli Arxivindən əldə edilmiş fotokopiyalar toplusu, xronoloji ardıcıllıqla.
• Prezident kolleksiyası (1900–1979): Şəxsi Katib, Prezident Katibi, Baş Komandanlıq Katibi, İnformasiya və Mətbuat Katibi üçün bölmələrə bölünmüş inzibati arxivlər.
• İdarəetmə Toplusu (1925–1979): İdarəetmə Nazirliyinin və Ədliyyə, Polis və Xeyriyyə kimi ona bağlı qurumların arxivləri.
• Təhsil Kolleksiyası (1900–1984): Həcmi, sənədli quruluşu və əhatə etdiyi illər baxımından ən dolğun topludur. Bu kolleksiya tam işlənməyib, lakin əsasən xronoloji qaydadadır.
• Maliyyə Kolleksiyası (1931–1954): Maliyyə Nazirliyinin dəftərləri. Buraxılış və xronoloji ardıcıllıqla qruplaşdırılmış 731 kitabdan ibarətdir.
• Nikaraqua Dəmir Yolu Kolleksiyası (1912–1987): Mühasibat kitabları və mal və xidmətlərin inventarları. Hazırda fəaliyyət göstərməyən Nikaraqua Dəmiryol Şirkətinin demək olar ki, tam kolleksiyası.
• Qanunvericilik bölməsi (1943–1979): Rəqəm ardıcıllığı ilə, indeksləşdirilmiş.
• "Somoza García" Bölməsi (1923–1956): Anastasio Somoza García'nın hökumət fəaliyyəti ilə bağlı sənədlər. Mənbəyə görə təsnif edilir, xronoloji sıralanır.
• "Jose Dolores Gámez" Kolleksiyası (1783–1923): Toplu 1894–1899. Reyestr daxildir və rəqəmli qaydada saxlanılır.
• Mosquitia Collection (1894–1895): Mosquitia-nın birləşmə prosesi ilə bağlı əl ilə yazılmış kitablar.
• "Sandino" Kolleksiyası (1896–1935): General Augusto César Sandino ilə bağlı 133 sənəd, o cümlədən Meksika Baş Milli Arxivindən 275 fotokopiya var.
• Fransadakı Nikaraqua Konsulluğunun Arxivi (1898–1937): Konsulluq işlərinin registrləri.
• "Adolfo Díaz" Arxivi (1909–1976): Keçmiş prezident Diazın şəxsi və iş həyatına aid 3800 sənəddən ibarətdir.
• Fototeca (1893–1976): müxtəlif prezident administrasiyalarından insanların, yerlərin, binaların, magistralların və s.-nin 1200 fotoşəkili.
• Mapoteca (1934–1976): Nikaraqua əhalisinin 98 orijinal xəritəsindən ibarətdir.
• Planoteca (1912–1978): Nikaraquada şəhər və kənd əhalisinin ən yüksək təmsilçisi.
• Xüsusi kolleksiyalar: Dörd bölməyə bölünür: Nikaraqua tarixi, Milli Dövri Nəşrlər, Arxiv və Sənədli Mənbələr. Təxminən 1500 cild daxildir.

Arxiv oxu zalı, yardımçı məsləhət kitabxanası, surət çıxarmaq kimi xidmətlər təklif edir.

Baş Milli Arxiv Manaquadakı yeni Palacio Nacional ilə üzbəüz köhnə Palacio Nacional-da yerləşən Nikaraqua Milli Muzeyinin ikinci mərtəbəsində yerləşir.