Məqbərə daha öncə tikilib, bugünkü kompleksin şərq hissəsində yerləşir.

İkincisi, 1530-cu ildə Daşkəndin Özbək hökmdarı Suyunçxoca xanın şərəfinə tikilən iki günbəzli bir məqbərə - xanəgah idi. Suyunçxoca xan (1454-1525) Teymurilər sülaləsindən Uluqbəyin nəslindən olan və Özbək hökmdarı Əbülxair xanın oğlu, Özbək Şeybanilərin sülaləsinin nümayəndəsi idi və Daşkənd vilayətinin (1503 / 1508-1525) hökmdarı idi. Suyunçxoca xanın dövründən və onun varisləri dövründə bölgənin ədəbi həyatında özbək dilinin rolu arır və Daşkənd intellektual elitanın bir çox nümayəndəsinin əsas mərkəzinə çevrilir.

XVI əsrin ortalarında bu mədrəsədə yenidən tikilən kompleksə, o dövrün hakimi Barəqxan ləqəbli Şeybani Novruz Əhməd xanın adı verildi. Barəqxan mədrəsəsi portalının bəzəyi Daşkənd memarlığı üçün xarakterik deyil. Tağı bir yer şəklində hazırlanır — kolab-qızılca; timpan və sütunlar oyma kərpic və müxtəlif mozaika ilə bəzədilmişdir.

XX-ci əsrin əvvəllərində təmir zamanı, mədrəsə binasında olan bəzəklər çıxarılmış və ağ suvaqla suvanmışdır. Bərəqxan mədrəsəsinin dizaynının gözəlliyi tikinti tərzi baxımından Səmərqəndin ən yaxşı memarlıq abidələrinə yaxındır (XV əsrin ikinci yarısında Ağ Saray və Ziyarətgah). Mədrəsə binasında əmir 1946, 1949, 1951 və 1967-ci illərdə aparılmışdır. 1955-63-cü illərdə kolab-korini bərpa edən ustanın adı Şirin Muradovun idi.

Özbəkistan və Mərkəzi Asiya müsəlmanları Dini İdarəsi Bərəqxan Mədrəsəsində fəaliyyət göstərir.

Mədrəsə zəngin şərq əlyazması kitabxanasına da sahibdir. Xəlifə Osmanın dünyaca məşhur Quranı - Osmanlı (Osmanlı) Quranı Bəraqxan mədrəsəsinin kitabxanasının xüsusi otağında saxlanılır. VII əsrin ortalarında yazılmış müqəddəs kitab İslamın əsas mənbəyidir. Quranın orijinal mətni ilə çox böyük ölçülü 353 perqament vərəqdən ibarət olan qədim əlyazma əsrlər boyu xəlifələrin xəzinəsində saxlanılırdı (ardıcılıqla Mədinə, Dəməşq və Bağdad şəhərlərində). Əmir Teymur Bağdaddan Osmanlı Quranını Özbəkistana gətirmişdir. Lakin Rusiya imperiyası XIX əsrdə Mərkəzi Asiyanı işğal etdikdən sonra, müqəddəs kitab Sankt-Peterburqa aparılmışdır. 1917-ci il Oktyabr inqilabına qədər orada saxlanılmış, sonra Quran Ufa şəhəri üzərindən 1924-cü ildə Orta Mərkəzi Asiyaya gətirilmişdir. 1941-ci ildə bu müqəddəs kitab saxlanılmaq üçün Daşkənddəki Özbəkistan Xalqları Tarixi Muzeyinə aparıldı və Özbəkistan SSR zamanında orada saxlanıldı. 1990-cı illərin əvvəllərində Özbəkistan dövlət suverenliyini qazandıqdan sonra Xast İmam meydanında Özbəkistan Respublikasının Prezidenti İslam Kərimov rəsmi qaydada Quranı baş müftiyə təqdim etdi. O, gündən müqəddəs kitab Bərəqxan mədrəsəsinin kitabxanasında qorunur.

• Бароқхон мадрасаси // (PDF). Т.: Ўзбекистон миллий энциклопедияси. 2000—2005.