XIX əsrin əvvəllərində İran Bəhreyn adalarına nəzarəti itirməsinə baxmayaraq, fars (sonradan İran) hökuməti uzun müddət iddialardan imtina etmir. Məsələn: 1922-ci ildə (Qacar sülaləsi dönəmində) Bəhreynin İranın bir hissəsi olaraq göstərildiyi poçt markası buraxılır. Rza Şah Pəhləvi dövründə Bəhreyn rəsmi olaraq İngiltərə tərəfindən işğal edilmiş ərazi hesab edildi. Pəhləvi hökuməti 1927-ci ildə Böyük Britaniya ilə Nəcd və Hicaz Krallığı arasında imzalanmış müqaviləyə qəti şəkildə etiraz etmişdir. Bu müqavilədə Bəhreyndə ingilis hüquqlarının tanınması, İranın "ərazi bütövlüyünün" pozulması hesab edilmişdir. Hətta 1928-ci ilin mayında bu məsələyə baxılması üçün müraciət edilir, amma sonunda məsələ həllini tapmır.

1960-cı illərin əvvəllərində ingilislər Fars körfəzindəki bire çox protektoratlara müstəqillik verdi. Bundan sonra İranın SAVAK təşkilatı bu halda Bəhreynin tutulması üçün bir plan hazırlamağa başladı. Öz agentlərini Bəhreynə turistlər adı altında göndərdi. Səyyahlar və ya iş adamları, eyni zamanda bəzi İran siyasi və hərbi liderləri Manamaya gələrək şiə əhalisinin onları yaxşı qəbul edilməsindən söhbət vaşdılar. Bu İran hökumətini Bəhreyni ələ keçirəcəyinə inamı artırırdı. Lakin bu fəaliyyətlər ingilislər tərəfindən aşkarlanması və açıqlanması səbəbindən plan gerçəkləşməmiş qaldı. 1958-ci ildə İran hakimiyyəti hətta Bəhreynin 14-cü əyalət olduğunu elan etdi və ona parlamentdə 2 yer verdi..

Bəhreyn 1971-ci ildə Birləşmiş Krallıqdan müstəqillik qazandıqdan sonra, İran Böyük və Kiçik Tunb adaları və Əbu Musa adasına ərazi iddiaları təqdim etdi. Ərazi mübahisəsi İranın lehinə həll edildi, bunun müqabilində İran rəsmi olaraq (hökumət səviyyəsində) Bəhreynin müstəqilliyini tanıdı digər ərazilər olan iddialardan imtina etmək məcburiyyətində qaldı.

1979-cu ildə İranda İslam İnqilabı baş verdi, bu da Şah Məhəmməd Rza Pəhləvinin devrilməsinə səbəb oldu. Bu andan etibarən İran İslam Respublikası hökuməti Bəhreyndəki radikal şiə qruplarına dəstək olmağa başladı. Beləliklə İranda «Bəhreynin Qurtuluşu İslam Cəbhəsi» təşkil olundu. Onun lideri Hadi əl-Mudarrisi 1979-cu ildə Ayətullah Sadek Rouhani ilə birlikdə Bəhreynə gəldi və burada iki ay boyunca İrana qoşulma çağırışları ilə xütbə oxudu. Hər ikisi Bəhreyndən qovuldu və Tehran bu insanların İranın rəsmi mövqeyini ifadə etmədiklərini söylədi. 1981-ci ildə Bəhreyn İslami Qurtuluş Cəbhəsi Bəhreyndə dövlət çevrilişinə cəhd göstərdi. Amma sonunda liderlərinin həbsi ilə nəticələndi. Baxmayaraq ki, Bəhreyn hakimiyyəti tərəfindən həbs olunan 73 nəfər arasında İran vətəndaşı yox idi, Bəhreyn hökuməti İranı bu təşkilatları maliyyələşdirməkdə günahlandırdı. İran bu faktla əlaqəsini rədd etdi və nəticədə Bəhreynin Tehrandakı səfirliyi bağlandı. İran-İraq müharibəsinin sonunda iki dövlət arasındakı münasibətlər bir qədər yaxşılaşdı. İran İslam Respublikası hökuməti heç vaxt Bəhreynin suverenlik hüququna qarşı mövqe sərgiləməmişdir. Bununla belə İranda buraxılan 2 qəzetdə bu daima vurğulanır. 1994 və 1996-cı illərdə Bəhreyndə şiə iğtişaşları baş verdi. İran nümayəndəsi Manamanın vətəndaşlarının hüquqlarına hörmət etməsini tələb etdi. Buna cavab olaraq Bəhreyn səfiri 1996-cı ildə Tehrandan geri çağrıldı. 1997-ci ildə iki ölkə arasındakı münasibətlər yenidən səfirlər səviyyəsinə qaytarıldı.

2009-cu ilin yanvar ayında Bəhreyndə böyük şiə etirazları baş verdi. Etirazçıların sayı 120 min nəfərə çatırdı. Bəhreyn hakimiyyəti İranı bu etirazların təşkilində iştirak etməkdə günahlandırdı. Etirazların səbəbi ölkənin əhalisinin əksəriyyəti təşkil edən şiələrin (təxminən ölkə əhalisinin 70 %) azlıq təşkil edən sünnilərdən az imtiyazlı mövqe tutması ilə əlaqədar idi.

2011-ci il Bəhreyn iğtişaşları zamanı hökumət İranın ölkənin daxili işlərinə müdaxilə etdiyini və etirazçılara dəstək verdiyini yenidən elan edir. Səudiyyə qüvvələrinin mediadakı etirazların yatırılmasına kömək etmək üçün ölkəyə hücumu açıq şəkildə İran agentlərinin Bəhreyndəki fəaliyyətinə reaksiya adlandırıldı. İran hakimiyyəti isə yenidən bu hadisələrdə iştirakını rədd etdi və etirazçılara qarşı sərt müdaxiləni pislədi. 2011-ci ildə Bəhreyn hakimiyyəti İranın Manamadakı səfirliyini bağlamaqla hədələdi.

4 yanvar 2016-cı ildə Səudiyyə Ərəbistanından sonra Bəhreyn İranla diplomatik əlaqələrini kəsdi. İran diplomatlarına ölkəni tərk etmək üçün 48 saat vaxt verildi. Buna səbəb məşhur şiə təbliğçisi Nimr ən-Nimrin Riyadda edam edilməsi olur.