1980-ci illərdə BƏƏ İran-İraq müharibəsində bitərəfliyini qoruyurdu. Bu münaqişə BƏƏ-də daxili bir gərginlik mənbəyi olur, çünki Əbu-Dabi İraqa dəstək verməyə meylli idi. Dubay İrana daha çox rəğbət bəsləyirdi. 1988-ci ildə müharibə bitdikdən sonra İran BƏƏ ilə xüsusi və dostluq münasibətləri qurmağa çalışır. 1992-ci ildə Körfəz müharibəsi bitdikdən sonra bölgədə ABŞ-nin hərbi mövcudluğuna qarşı çıxan İranla, ABŞ ilə danışıqlar aparan BƏƏ arasında münasibətlər pisləşir. 1992-ci ilə qədər BƏƏ İranın ərəb ölkələri arasında ən yaxın ticarət ortağı olur. Beləliklə 1992-ci ilin aprelində İran və Birləşmiş Ərəb Əmirlikləri arasında Fars körfəzindəki mübahisəli adalarla bağlı başlayan böhran gözlənilməz olur. Üç kiçik Əbumusa adası, Böyük və Kiçik Tunb adaları üzərində suverenlik mövzusunda İranla ərazi mübahisəsi iyirmi ildir qalır. 1992-ci ildə Əbumusadakı İran rəsmiləri BƏƏ-dən işçilərin adaya gəlməsinə icazə vermir ki, bu da ümumi suverenlik müqaviləsinə zidd idi. 1970-ci ildə İran, BƏƏ yaranmazdan əvvəl bu üç adaya iddialarını açıqlayır. 1971-ci ildə müstəqillik ərəfəsində Əbumusa üzərində yurisdiksiyaya sahib olan Şarja əmirliyi London və Tehran arasında bağlanmış bir müqavilə imzalayır. Müqaviləyə görə İran adanın şimal hissəsində hərbi qarnizon qurma haqqına sahib olur və Şarja adanın cənub hissəsində mülki əhali üzərində nəzarət əldə edir. Razılaşmada İran və Şarjanın dənizdəki neft sahəsindən əldə etdikləri mənfəəti bölüşəcəyi nəzərdə tutulur, lakin ada üzərində tam suverenliyin əsas məsələsi gələcəkdə həll edilməli olur. Böyük və Kiçik Tunb Ras əl-Hayma əmirliyinin iddia etdiyi, lakin 1971-ci ildən bəri İran tərəfindən işğal olundunan, yaşayış olmayan iki adadır. Şarja əmirliyindən fərqli olaraq Ras əl-Xayma heç vaxt İranın adalara iddialarını dəstəkləməmiş və İngiltərənin adaların İran tərəfindən işğalına müdaxilə etməməyi seçdiyinə qarşı çıxmışdır. Həqiqətən 1971-ci ildə Ras əl-Xayma Əmirliyinin əks reaksiyası onu bir neçə ay BƏƏ-yə qoşulmaqdan çəkinməyə məcbur edir. Əbumusa adasının mülkiyyəti ilə əlaqədar 1992-ci il böhranının ortasında Ras əl-Xayma yenidən Böyük və Kiçik Tunb üzərində suverenlik məsələsini qaldırır və bununlada onsuz da çətin bir vəziyyəti dahada qəlizləşdirir. İlin sonunda İran və Şarja böhrandan əvvəlki status-kvonu bərpa etmək barədə razılığa gəlir, lakin hadisə BƏƏ-ni İranın niyyətləri üzərində düşünməyə vadar edir. 28 noyabr 2013-cü ildə BƏƏ Xarici İşlər Naziri İrana rəsmi səfər edir. 2018-ci ilin iyul ayında BƏƏ səlahiyyətliləri 9 İran vətəndaşının (bəzi mənbələrə görə İslam İnqilabı Keşikçiləri Korpusu ilə əlaqəli) terrorizm ittihamları ilə hesablarını dondurdular ki, bu da ABŞ-nin İrana qarşı siyasətini dəstəkləmək kimi yozula bilər.

İran İş Şurasının məlumatına görə, BƏƏ-də təxminən 8000 iranlı sahibkar və ticarət firması qeydiyyatdan keçib. BƏƏ-də təxminən 500.000 iranlı yaşadığı təxmin edilir. 2005-2009-cu illərdə ölkələr arasındakı ticarət həcmi üç dəfə artaraq 12 milyard ABŞ dolları təşkil etmişdir. BƏƏ-nin İrana ixracatı İran mallarının BƏƏ-yə ixracından dörd dəfə çoxdur.

2017-ci ildə ölkələr arasındakı ticarət həcmi 17 milyard ABŞ dolları təşkil edir. 2018-ci ildə ABŞ-nin İrana qarşı yeni iqtisadi sanksiyalarının tətbiqi İran-BƏƏ əməkdaşlığının həcminə mənfi təsir göstərir.