Böyükkişi Ağayev 1928-ci ildə Sabirabad rayonunda dünyaya göz açmışdır. Onun əsl adı və soyadı Böyükbəy Məlikov (Babası Böyükbəy Məlikovun şərəfinə) olmuşdur. Bolşeviklərin ölkəmizi işğalından sonra qatı millətçi hesab olunan Məlikovlar nəsli üçün yaranan təhlükəni hiss edən atası, onun ad-soyadını dəyişərək Böyükkişi Ağayev olaraq yazdırmışdır. 1934-cü ildə birinci sinifə daxil olmuş, 1944-cü ildə orta məktəbi əla qiymətlərlə, fərqlənmə diplomu ilə bitirmişdir. Hələ uşaq yaşlarından tibb elminə böyük maraq göstərən B. Ağayev 1944-cü ildə istəyinə nail olur. O, Azərbaycan Tibb Institutunun müalicə fakültəsinə daxil olur. Cərrahiyəyə xüsusi həvəs göstərdiyi üçün hələ tələbəlik illərində gecələr təcili cərrahliq xidməti üzrə növbələrə qalır. B. Ağayev eyni zamanda klinik cərrahlıq üzrə tələbə elmi cəmiyyətinin də fəal üzvlərindən biri olmuşdur. 1949-cu ildə Tibb Institutunu (Hazırkı Azərbaycan Tibb Universiteti) bitirdikdən sonra rektorluq onu cərrahiyə üzrə 6 aylıq təkmilləşdirmə kursuna göndərir. Geri qayıtdıqdan sonra isə Səhiyyə nazirliyinin sərəncamı ilə Sabirabad rayon xəstəxanasına cərrah-həkim təyin edilir. 1954-cü ildə müsabiqə yoluyla 2-ci Moskva Tibb Institutunun cərrahiyə üzrə klinik aspiranturasına qəbul olunur. 1957-ci ildə aspiranturanı bitirib, tibb elmləri namizədi alimlik dərəcəsini aldıqdan sonra Həştərxan Tibb Institutunun cərrahiyə kafedrasında assisent vəzifəsinə təyin olunur.

B. Ağayev pedaqoji fəaliyyətinə 1959–1960-cı illərdə başlamışdır. Bu illərdə ona, 5-ci kurs tələbələrinə hərbi-tibb cərrahlığı üzrə mühazirələr oxumaq, bilik və təcrübələrini gənc həkimlərlə bölüşmə tapşırılır. B. Ağayev 1960-cı ilin iyulunda Azərbaycan Elmi Tədqiqat Onkoloji Institutunda baş elmi isçi vəzifəsinə təyin olunur. Bu illərdə onkoloji xəstəliklərin inkişafı zamanı su-duz və hormonal mübadilədə baş verən dəyişikliklərin öyrənilməsi və müalicə üsullarının təkmilləşdirilməsi sahəsində apardığı elmi işlər daha sonra Sovetlər Birliyi həkimləri tərəfindən yüksək qiymətləndirilmiş və məhz bu araşdırmalar ona 1966-cı ildə moskvalı alimlər tərəfindən tibb elmləri doktoru adını qazandırmışdır. Tibb Institutunun tələbələri üçün cərrahlıq fənnindən dərsliklərin yazılmasında müstəsna xidmətlər göstərmişdir. Ana dilindəki dərsliklərin çatışmazlığını nəzərə alaraq 1980-ci ildə Azərbaycan dilində "Klinik cərrahiyədən mühazirələr" dərsliyinin birinci hissəsini, 1982-ci ildə isə ikinci hissəsini yazıb çap etdirmişdir. 1989-cu ildə "Cərrahi xəstəliklər" dərsliyinin 1-ci və 2-ci hissələrini hazırlayıb çap etdirmişdir. Elmi-pedaqoji fəaliyyəti, tibb sahəsində göstərdiyi müstəsna xidmətlər nəzərə alınaraq B. Ağayev 1967-ci ildən professor adına layiq görülmüşdür. Həmin il N. Nərimanov adına Azərbaycan Tibb Institutunun hospital-cərrahiyə kafedrasının professoru seçilmişdir. 300-ə yaxın elmi işləri müxtəlif ölkələrdə dərc olunmuşdur. 20-dən çox səmərələşdirici təkliflərin və ixtiraların müəllifidir. 5 dərslik və 3 monoqrafiyanın sahibidir. Xarixi ölkələrdə 5 mühazirə oxumuşdur. 42 namizədlik və 4 doktorluq dissertasiyasının elmi rəhbəri olmuşdur. Akademik B. Ağayev 1973-cü ildən bu günə qədər Azərbaycan Tibb Universitetinin 2-ci cərrahi xəstəliklər kafedrasına rəhbərlik edir. 1980-ci ildən Azərbaycan Elmlər Akademiyasının müxbir, 1989-cu ildən isə həqiqi üzvüdür.

• "Kəskin qarın" cərrahi xəstəliklərində qanın kinin sisteminin vəziyyəti (monoqrafiya), 1979.
• Onkoloji xəstəliklərin inkişafı zamanı böyrəküstü vəzin funksional vəziyyəti və su-duz müabiləsində baş verən dəyişikliklərin öyrənilməsi və müalicəvi tədbirlərin işlənməsi(doktorluq dissertasiyası), Moskva, 1966.
• "Cərrahi xəstəliklər", tibb universiteti tələbələri üçün dərslik, 1989, 2000.
• "Kliniki cərrahlıqdan mühazirələr", 1980, 1982.
• Qastroduodenal qanaxmaların diaqnostikası və müalicəsi. 2000-ci il.
• "Həzm orqanları xəstəliklərinin diaqnostikası" (monoqrafiya), 1985.

• Qastroduodenal qanaxmalarda ilk dəfə iynəsiz inyektorun tətbiqi.
• 12 barmaq bağırsağın güdülünün bağlanması metodunun təkmilləşmiş variantının təklifi.
• Dəridən və qaraciyərdən keçən xolangioqrafiya metodunun təkmilləşmiş variantının təklifi.
• Adrenokortikal çatışmazlığın səbəblərinin öyrənilməsi, su-duz və hormonal mübadilənin tənzim olunması metodlarının təklifi və s.

1. Azərbaycan SSR əməkdar elm xadimi – 1979.
2. Azərbaycan Respublikası Ali Sovetinin Fəxri Fərmanı-1988.
3. ABŞ-nin Biblioqrafik Mərkəzi tərəfindən verilmiş Böyük Qızıl medal – 1997.
4. Azərbaycan Respublikası "Şöhrət" ordeni-1998.
5. 18 aprel 2014-cü ildə akademik Böyükkişi Ağayev səhiyyənin və tibb elminin fundamental, tətbiqi sahələrinin inkişafındakı çoxillik xidmətlərinə və nailiyyətlərə görə akademik Mirəsədulla Mirqasımov adına mükafata layiq görülüb.

1. Beynəlxalq qastro-intestenal (mədə-bağırsaq) klubun üzvü (Hollandiya).
2. Avropa travma və təcili cərrahlıq cəmiyyətinin idarə heyətinin üzvü (Italiya).
3. Avropa cərrahlar cəmiyyətinin (Almaniya) idarə heyətinin üzvü.
4. "Beynəlxalq Şəfqət və Sağlamlıq Fondu"nun sədri.
5. "Avrasiya" cəmiyyətinin üzvü (Türkiyə).

Qeyd:Türkiyənin Ankara Universiteti Tibb Fakültəsinin Daxili Xəstəliklər kafedrasının qastroenteroloqu Prof. Dr. Ali Özden özünün "Arayış ve umuda yolculuk" kitabında "Avrasiya" cəmiyyətinin qurulması barədə belə deyir:"…Prof. Dr. Böyükkişi Ağayev’in bir çox yazımda qeyd etdiyim kimi Türk dilində danışan ölkələr arasındakı əməkdaşlığın inkişafında müstəsna xidmətləri olmuşdur. Ağayev’ə nə qədər təşəkkür etsək azdır. Böyükkişi, soyuq bir qış günü Ankara’ya gələrək Bakı’da müştərək bir konqres təşkil etməyi təklif etdi. Biz də ona Azərbaycan’da da bənzər cəmiyyət qurmasını təklif etdik. O da qısa zamanda "Azərbaycan Avrasiya Cəmiyyəti"ni qurdu. Beləcə,"Türk Gastroenteroloji Cəmiyyəti"nin də maddi və mənəvi köməyi ilə 1997’də, Bakı’da ilk dəfə Avrasiya Gastroenteroloji Konqresi həyata keçirildi.."

• Qədir bəy Məlikov (Həsən bəy Zərdabinin babası Məlik Rəhim bəyin qardaşı)
  • Böyükkişi Məlikov
    • Ağa Məlikov
    • Böyükkişi Ağayev

• Adil Abdullayev, Maarif Ibrahimov, Zabit Cavadov,"Zərdabi Yurdunun Övladları" kitabı, Bakı, 2002.
• Nisə Bəyim, "Taleyin böyüklük töhfəsi" kitabı, Bakı, 2008.
• "Əkinçi" qəzeti, Zərdab rayon sakini dövlət qulluğu veteranı Talıb Bayramovun təşəbbüsü ilə yazılan "Həmyerlimiz akademik Böyükkişi Ağayevin əsl soaydı Böyükbəy Məlikov imiş" məqaləsi, Zərdab, 31 mart 2009.

• 2013-11-05 at the Wayback Machine