Böyükağa Məmmədov 3 iyul 1951-ci ildə Bakı şəhərində anadan olub. 1968-ci ildə 150 saylı Bakı şəhər orta məktəbini bitirib. Mirzə Ağa Əliyev adına Azərbaycan Dövlət İncəsənət İnstitutunun (indiki Azərbaycan Mədəniyyət və İncəsənət Universiteti) rejissorluq fakültəsinə daxil olub. İnstitutu bitirəndən sonra öz arzusu ilə Qərbi Sibirə, Rusiya Federasiyasının Omsk vilayətinə təyinat götürür. Bir-neçə il Omsk şəhərinin televiziyasında rejissor işlədikdən sonra, 1976-cı ildə vətənə dönüb Azərbaycan Dövlət Teleradio Komitəsində rejissor vəzifəsində çalışmağa başlayıb. Bu zaman B.Məmmədov SSRİ Mərkəzi Dövlət Teleradio Komitəsinin sifarişi ilə çəkilən "Novatorlar", "Çətin əlaqələr", "Ordubad", "Qobustan", "Kəlbəcər", "Ardıc kolu", "Arif Məlikov", "Məhəbbət əfsanəsi", "Bu Cavaddır", "Rüstəm İbrahimbəyov - xülasə, yaxud başlanğıc", "Naxçıvan" adlı sənədli filmlərin rejissoru olub.

B.Məmmədov respublikada birinci müstəqil studiyalardan sayılan, 1991-ci ildə təsis edilmiş yaradıcılarından biri olmuşdur. Burada çəkilən "Qayıdış" çoxseriyalı sənədli filmindəki rejissor işinə görə o, Azərbaycan Respublikası "Araz" Dövlət mükafatına layiq görülmüşdür. 1994-cü ildə B.Məmmədov müstəqil idarə heyətinin sədri seçilir.

1997-ci ildə "SPACE" Müstəqil Televiziya kanalının yaradılmasında iştirak edib. Elə həmin il fəaliyətə başlayan telekanala icraçı direktor kimi rəhbərlik edib. Bu müddət ərzində bir çox filmlərin və proqramların prodüseri olub. 1998-ci ildə B.Məmmədovun prodüserliyi ilə ümummilli lider Heydər Əliyevin 75 illik yubileyinə həsr olunan, Amerikan "Hollivud" media şirkəti və Azərbaycan "SPACE" Müstəqil Televiziyasının birgə istehsal etdiyi "Ömür və tale" adlı beş seriyalı sənədli film çəkilmişdir.

"SPACE" telekanalının yaradılmasında roluna görə Böyükağa Məmmədov Azərbaycan Jurnalistlər İttifaqının "Zərdabi" mükafatına layiq görülmüşdür.

2000-ci ildə o, qayıdaraq burada uğurla "Yeddi oğul istərəm", "Qohum nigahlar" sənədli filmlərinə prodüserlik etmişdir. Bu filmlər bir çox beynəlxalq festivalların iştirakçısı olmuş və mükafatlara layiq görülmüşdür.

2009-2014-cü illərdə o, Azərbaycan Respublikası Mədəniyyət və Turizm Nazirliyinin "Salnamə" sənədli filmlər studiyasının direktoru vəzifəsində işləmişdir.

2011-ci ildə Azərbaycanın əməkdar incəsənət xadimi adına layiq görülmüşdür. 1 avqust 2018-ci ildə Azərbaycan Respublikası Prezidentinin fərdi təqaüdünə layiq görülmüşdür.

Evlidir, iki övlad, dörd nəvəsi var.

1. Akademik (film, 2010)
2. Azərbaycan milli qəhrəmanları (film, 2010)
3. Boş yerə təbil vurma (film, 2011) (qısametrajlı sənədli film)
4. Fitnə (film, 2016)
5. Şəhadət (film, 2017)