Bu vulkan qərbdən şərqə doğru uzanan Mişovdağ tirəsinin suayrıcının cənub hissəsində yerləşmişdir. Vulkan kraterinin burada yerləşməsinə baxmayaraq onun bütün axın materiallları cənub yamaca toplanmışdır. Palçıq vulkanının qurluşunda Paleogen, orta Miosen və aşağı Pliosen dövr süxurları iştirak edir. Brekçiyalarda Məhsuldarqatın qumdaşları, təbaşir dövrünün əhəngdaşları parçalarına da rast gəlinir. Palçıq vulkanının əsasında Paleogen dövr çöküntüləri iştirak edir. Vulkan iri Mişovdağ tektonik quruluşunun çatmavari hissəsinə yaxın bir zolaqda yerləşmişdir. Onun ox hissəsində Məhsuldarqat, səthində isə Abşeron dövr çöküntüləri iştirak edir. Antiklinal bir neçə dizyunktiv pozulmalarla parçalanmışdır. Qırışığın şimal qanadı 300°, cənub qanadı isə 500° -yə qədər olan bucaq altında düşür (Ə.Ə.Yaqubov, Ə.Ə.Əlizadə, M.M.Zeynalov, 1971).

Böyük Mişovdağ palçıq vulkanı krateri zəif parçalanmış relyefə malik olub, onu şimaldan əhatə edən düzənliyin səthindən 100 m-ə qədər, cənubdan isə 250 m ucalır. Onun krater hissəsi qərbdən şərqə uzanan ellipsi xatırladır. Ətrafda krater valları demək olar ki, yoxdur. Fəaliyyətdə olan qrifon və qaynamalar da az deyildir. Kraterin yamacları cavan yarğanlarla parçalanmışdır. Yarğanların yamaclarında bedlend, gilli karst formaları inkişaf etmişdir.

Böyük Mişovdağ palçıq vulkanının bir neçə iri püskürmə fazasına məxsus olan axınları vardır. Ən cavan axın şimal-şərqdə olub, 800-1000 m məsafədə uzanır. Onun alt hissəsində ondan da qədim olan axın şərqə doğru iki km-dən artıq bir məsafədə uzanır.