Azərbaycanda ilk yunanlar Qarabağın Mehmana kəndində məskun olmuşlar. Kənd Tərtər çayının sahilində yerləşir. 23 may 1830-cu ildə yunan icmasının başına Vasili Andrianov təyin edilir. 1851-ci ildə Trabzonlu usta Harlanpiy Kundurov Ordubadda iki mis emalı zavodu inşa edir. Zavodlar Oxçuçayın yuxarı axarı və Sayad-Daş dağının ətəklərində inşa edilir. Burada əsasən Trabzonlu işçilər işləyir. Onlar üçün hətta məktəb və kilsə fəaliyyət göstərirdi. Kilsənin keşişi Nikolas Lavos olmuşdur. H. Kundurovun oğlu zavodların sahibi olur və onları qədər idarə edir.

Yunanlar əsasən XIX əsrdə tikinti sahəsində çalışırdılar. Xüsusi ilə kilsə tikintisi üstünlük təşkil edirdi. 1850-1857-ci illərdə Bakıda inşa edilən Nikolayevsk kilsəsini Senyon Qiter və Xaralampiy Palistovun başçılığı ilə inşa etmişlər. Kilsə 400 nəfərə eyni anda xidmət edə bilirdi. Şamaxı yunanları tərəfindən isə Altıağac kəndində 1854-1855-ci illərdə Murad Xarlamov, Dmitriy İlev və Vasili Yeqorov tərəfindən inşa edilir. XIX əsrin sonlarına qədər Bakı quberniyasında bir dənədə olsun yunan milliyətinin nümayəndəsi yaşamamışdır. Ancaq 1897-ci il siyahıya alınması zamanı 278 yunan qeydə alınır. Yelizavetpol quberniyasında isə bu zaman 658 yunan yaşayırdı. Emiqrantların böyük əksəriyyəti işçilər idilər. Onlar əsasən Türkiyə və Gürcüstandan gələnlər idilər.

1907 ildə Bakıda 800 yunan yaşayırdı. Onların çoxu Kiçik Asiyadan gələnlər idi. Bu zaman yunanlar öz dillərinin qorunması üçün tədbirlər görürlər. Yunanların sayı Bakı şəhərində 1917-ci ilə qədər dəyişməz olaraq qalır. Etnoqraf Andrey Popovun məlumatına görə Bakı və Yelizavetpol quberniyalarında cəmi 2161 yunan qeydə alınmışdır.

Yunanların ikinci dalğası birinci dünya və vətəndaş müharibəsindən sonra Azərbaycana köç edirlər. Təkcə şəhərlərdə 1168, kənddə isə 58 yunan yaşayırdı. 1937-ci ildə yunanların Bakı mərkəzi bağlanır. Bundan sonra yunanların represiyası başlanır. İlk yunanlardan həbs olunan piyanoçu Yanis Karayanid olur. Bu zaman ölkədə yaşayan 904 yunandan 35 həbs olunur. Ailələrin bir qismi Batum və Odessadan SSRİ-ni tərk edir. 1949-cu ilin 13-14 iyun tarixlərində bütün qafqazın yunanları Cənubi Qazaxıstana köçürülür.

1990—1992 illərdə Azərbaycanda müharibə ilə əlaqədar vəziyyət pisləşir. Bakı və Sumqayıtdan bu zaman 100 yunan miqrasiya etməli olur. Qarabağ müharibəsi ilə əlaqədar isə Mehmana kəndi boşalır. Heydər Əliyevin hakimiyyəti illərində vəziyyət nisbətən stabilləşir. 1993-cü ildə Azərbaycanda Yunanıstanın səfirliyi açılır. 1994-cü ilin iyul ayında yunanların mədəniyyət mərkəzi açılır. 1997-ci ildə 100 yunan ailəsindən ibarət «Aqro» icması təşkil edilir.

Hazırda Azərbaycanda 535 nəfər yunan yaşayır. Onlar Respublikanın inkişafına öz tövhələrini verirlər.