1988-1992 ayrı-seçkilik nəticəsində faktiki olaraq bütün azərbaycanlı əhalisi Ermənistanı tərk etmək məcburiyyətində qalır. Bura 1988-1989-cu illərdə Ermənistandan Azərbaycana köçmüş 220 min azərbaycanlı, 18 min kürd və 3500 rus daxildir. 1989-cu ildə Ermənistanda azərbaycanlıların sayı 84860 nəfər çox olmuşdur (və ya Ermənistan SSR əhalisinin 2,6%-i).

1998-ci ildə Vətəndaşlıq qanunu qəbul edilir. 1999-cu ildə “Qaçqınların və məcburi köçkünlərin (ölkə ərazisində məcburi köçkünlərin) statusu haqqında” və “Məcburi köçkünlərin və onlara bərabər tutulan şəxslərin sosial müdafiəsi haqqında” qanunlar qəbul edilmişdir. və

Dağlıq Qarabağdakı münaqişəsi zamanı 597 000 məcburi köçkün, o cümlədən Dağlıq Qarabağdan (40 628 nəfər, münaqişədən əvvəl Dağlıq Qarabağ əhalisi) Azərbaycanın işğal olunmamış digər ərazilərində məskunlaşmaq məcburiyyətində qalır. Azərbaycan hökumətinin hesablamalarına görə, məcburi köçkünlərin 63%-i yoxsulluq həddində yaşayır, halbuki ümumi əhalinin 49%-i yoxsulluq həddində olmuşdur. Münaqişədən sonra paytaxt Bakıya 154 minə yaxın insan pənah aparmışdır. Beynəlxalq Miqrasiya Təşkilatının məlumatına görə, 40 000 məcburi köçkün düşərgələrdə, 60 000 sığınacaqlarda və 20 000 vaqonlarda yaşayırdı. 40 000 məcburi köçkün Avropa İttifaqı tərəfindən maliyyələşdirilərək salınan qəsəbələrdə yaşayırdı. Üstəlik Birləşmiş Millətlər Təşkilatının Qaçqınlar üzrə Ali Komissarlığı daha 40 000 nəfəri mənzillə təmin etmişdi. Daha 5000 məcburi köçkün tərk edilmiş və ya sürətlə dağılmaqda olan məktəblərdə yaşayırdı. Digərləri qatarlarda, yarımçıq tikililərdə, yolların kənarında və ya turizm və tibb müəssisələri kimi ictimai binalarda yaşayırdılar. On minlərlə insan yeddi çadır şəhərciyində yaşayırdı, burada pis su təchizatı və kanalizasiya mədə-bağırsaq infeksiyalarına, vərəmə və malyariyaya səbəb olur.

Ermənilərin ABŞ-nin Azərbaycana humanitar yardıma məhdudiyyətlər qoyması ilə bağlı vəkilliyi səbəbindən hökumət məhdud və əsasən qeyri-adekvat milli və beynəlxalq yardıma daha yaxşı istiqamətlənmək üçün məcburi köçkünlərdən yaşayış yerlərini qeydiyyatdan keçirməyi tələb edib. Məcburi köçkünlərin çoxu kənd yerlərindən idi və şəhər əmək bazarına inteqrasiya etməkdə çətinlik çəkirdilər. Bir çox beynəlxalq humanitar təşkilatlar ölkənin neft gəlirlərinin artmasını əsas gətirərək məcburi köçkünlərə yardımı azaldır və ya dayandırır. Məcburi köçkün olan azərbaycanlı uşaqlar arasında körpə ölümü əhalinin qalan hissəsi ilə müqayisədə 3-4 dəfə çox müşahidə edilir. Məcburi köçkünlər arasında ölü doğum səviyyəsi hər 1000 doğuşa 88,2 təşkil etmişdir. Köçkünlərin əksəriyyəti 27 ildən artıqdır ki, ağır şəraitdə yaşayırlar. 2001-2002-ci illərdə başlanmış qaçqınlar və məcburi köçkünlər üçün yeni qəsəbələrin salınması sayəsində 2007-ci ildən etibarən qaçqınlar üçün çadır şəhərcikləri bağlanmışdır

.

• İlqar Cəfərovun fotoşəkillərində Qarabağ müharibəsi qaçqınları
•  
  Beyləqan rayonunda qaçqınlar üçün düşərgə.
•  
  Murov dağı aşan Kəlbəcər rayonundan olan qaçqınlar.
•  
  Yevlaxdakı qaçqınlar.

Axısqa türkləri - 1990-cı ildə Orta Asiyadan (Fərqanə, Özbəkistan) 50 minə yaxın Axısqa türkü Azərbaycana köçürülərək sığınacaq alır. 1998-ci il Vətəndaşlıq Qanununa əsasən, onların hamısı vətəndaşlıq hüququna malikdir.

Çeçenlər - İkinci Çeçenistan müharibəsi zamanı Azərbaycana 12 min çeçen qaçqını köçmüşdür. 2003-cü ildə ölkədə 5 min çeçen qaçqını yaşayırdı. Bu rəqəm 2007-ci ildə isə 2 min nəfər olmuşdur.

Qaçqınlar və məcburi köçkünlər Azərbaycan ərazisində aşağıdakı hüquqlara malikdirlər:

• müvəqqəti yaşayış yerinə pulsuz gediş və orada əmlakın daşınması;
• səhiyyə orqanlarının tələbi ilə tibbi müayinədən keçmək və lazımı dərmanları pulsuz almaq;
• tənha pensiyaçıların və əlillərin müvafiq sosial təminat müəssisələrinə yerləşdirilməsi;
• bu qanunla müəyyən edilmiş müddətdə qaçqın və ya məcburi köçkün statusu almaq;
• maddi və digər zərərin ödənilməsi məsələsinin qaldırılması;
• pozulmuş hüquqların müdafiəsi üçün məhkəmə işinin başlanması;
• humanitar yardımdan istifadə;
• dinlərini sərbəst şəkildə yerinə yetirmək;
• qaçqın şəhadətnaməsi və Azərbaycan Respublikası hüdudlarından kənara səyahət etmək hüququ verən səyahət şəhadətnaməsi almaq.

Qaçqın və ya məcburi miqrant statusu almış şəxslər Azərbaycan Respublikasının qanunvericiliyində əcnəbilər və vətəndaşlığı olmayan şəxslər üçün nəzərdə tutulmuş hüquqlardan istifadə edir və öhdəlikləri daşıyırlar.

İkinci Qarabağ müharibəsindən sonra Azərbaycan Prezidenti İlham Əliyev hakimiyyət orqanlarının qaçqın və məcburi köçkünləri mərhələli şəkildə Qarabağa qaytaracağını bəyan edir. Azərbaycanın Qaçqınların və Məcburi Köçkünlərin İşləri üzrə Dövlət Komitəsinin sədri Rövşən Rzayev bildirib ki, “750 min məcburi köçkünün 60-70%-dən çoxu öz vətənlərinə qayıdacaq”.

Azərbaycan xalqının üzləşdiyi ilk qaçqınlıq dönəmi 1917-1920-ci illərdə baş vermişdir. Bu dövrdə yüz minlərlə azərbaycanlı Qərbi Azərbaycandan, həmçinin Naxçıvan, Qarabağ və digər bölgələrdən didərgin salınmışdır. 1917-18-ci illərdə təkcə Yeni Bayazid, Eçmiədzin və İrəvan qəzalanndan olan qaçqınların sayı 200 minə çatmışdı. Ümumiyyətlə, erməni qəddarlığı və təcavüzü nəticəsində 1918-20-ci illərdə İrəvan, Zəngəzur, Şuşa və Şamaxıdan 300 mindən çox azərbaycanlı qaçqın düşmüşdü. Həmin dövrdə təkcə İrəvan quberniyasından şərqi Azərbaycana 150 mindən çox qaçqın gəlmişdi. 1919-cu il oktyabrın 1-nə kimi Azərbaycanda təkcə İrəvan quberniyasından 5848 ailə, yaxud 30741 nəfər qaçqın var idi. Qaçqınların sayı Azərbaycanın mərkəzində - Bakıda hakimiyyəti ələ keçirmiş daşnak S.Şaumyanın rəhbərlik etdiyi Bakı Sovetinin antiazərbaycan siyasəti, yerli türk-müsəlman əhaliyə qarşı həyata keçirilən dəhşətli soyqırımları nəticəsində daha da artmışdı. Azərbaycanlı qaçqınlara yardım məqsədilə Zaqafqaziya seymindəki müsəlman fraksiyasının tələbi ilə xüsusi qurum - qaçqınlar şöbəsi yaradılmışdı. Lakin seymdə təmsil olunan ermənilərin azərbaycanlılara qarşı həyata keçirilən soyqırım siyasətini dəstəkləmələri nəticəsində bu şöbə işinin öhdəsindən gələ bilməmişdi. Bakı şəhəri də daxil olmaqla, ölkə ərazisinin bir hissəsinin daşnak-bolşevik qüvvələrinin nəzarətində olduğu vaxt Gəncədə fəaliyyətə başlayan Azərbaycan Xalq Cümhuriyyəti Hökuməti qaçqınlara kömək etmək üçün dərhal ciddi səylər göstərmiş və bu problemin həlli üçün Xudadat bəy Rəfibəylinin başçılığı ilə yaratmışdır. Problemin dərinliyini və ciddiliyini nəzərə alan Hökumət 1918-ci ilin oktyabrında iki müstəqil nazirliyə bölür. Qaçqınlar problemi ilə məşğul olmağa başlayır.

Ermənistan SSR-dən Azərbaycan SSR-in Kür-Araz ovalığına 100 minə yaxın insanın üç mərhələdə köçürülməsi planlaşdırılır. 1948-ci ildə 10 min, 1949-cu ildə 40 min və 1950-ci ildə 50 min nəfərin köçürülməsi nəzərdə tutulur. Lakin Azərbaycan SSR ərazisində tikinti işlərinə kifayət qədər vəsait ayrılmadığından bu planlar belə qısa müddətdə həyata keçirilə bilmir. Azərbaycan SSR Nazirlər Sovetinin müraciəti əsasında köçürmə proqramına düzəlişlər edilərək 1954-cü ilə qədər uzadılır.