Azərbaycan Milli Şurası və Hökumətinin həyata keçirmək istədiyi tədbirlərin "həddindən çox demokratik" istiqamətindən narazı qalan Azərbaycan burjuaziyası və mülkədarlarının müəyyən dairələrinin təsirilə Nuru Paşa Azərbaycan Milli Şurası və Hökumətini şübhə ilə qarşıladı. İyunun 16-da Gəncəyə gələn Azərbaycan Milli Şurasının iyunun 17-də Məhəmməd Əmin Rəsulzadənin sədrliyi ilə iki iclası keçirildi.

Birinci qapalı iclas iyunun 17-də saat 12-də şəhər idarəsinin binasında toplandı. Azərbaycan Xalq Cümhuriyyəti Hökumətinin sədri Fətəli xan Xoyski söz alaraq bildirdi ki, Məhəmməd Əmin Rəsulzadə və Məmməd Həsən Hacınski ilə birlikdə onlar Qafqazdakı türk ordusunun komandanı Nuru Paşanın yanında olmuş və Tiflisdə yaradılmış Milli Şura və Azərbaycan Hökuməti haqqında ona məlumat vermişlər. Nuru Paşa cavabında bildirib ki, bir əsgər kimi o, mülki işlərlə kifayət qədər tanış deyil, ona görə də bu barədə onun mülki işlər üzrə müşaviri Əhməd bəy Ağaoğluna müraciət etsinlər. Əhməd bəy Ağaoğlu ilə görüşlərindən bəhs edən Fətəli xan Xoyski məlumat verdi ki, danışıq zamanı Əhməd bəy Ağaoğlu Türkiyə hökumətinin və onun Gəncədəki nümayəndəliyinin Azərbaycanın daxili işlərinə qarışmayacağını bildirdi, lakin Milli Şuranın yeni Hökumət yaradaraq özünü buraxmasını tələb etdi.

İyunun 17-də saat 2-də Milli Şuranın çox gərgin şəraitdə keçən ikinci iclasında Fətəli xan Xoyski Tiflisdə təşkil etdiyi Hökumətin fəaliyyəti barədə qısaca məlumat verərək Şura üzvlərindən onun Hökumətinin istefasını qəbul etməyi xahiş etdi. Uzun və gərgin müzakirədən sonra iclas Azərbaycan Milli Şurasının buraxılması, bütün qanunverici və icraedici hakimiyyətin yeni yaradılacaq Azərbaycan Müvəqqəti Hökumətinə verilməsi haqqında iki mühüm qətnamə qəbul etdi.

Milli Şuranın buraxılması haqqındakı birinci sənəddə göstərilirdi ki, həm daxili, həm də xarici siyasət sahəsində Azərbaycanda yaranmış ağır vəziyyəti nəzərə alaraq, Azərbaycan Milli Şurası bütün hakimiyyəti Fətəli xan Xoyskinin sədrliyi ilə təşkil olunmuş Müvəqqəti Hökumətə həvalə edir və ona tapşırır ki, öz hakimiyyətini tezliklə çağırılacaq Müəssislər Məclisindən başqa kimsəyə güzəştə getməsin.

Müvəqqəti Hökumətin hüquq və vəzifələri haqqındakı ikinci sənəddə qeyd olunurdu ki, Azərbaycan Hökumətinə Azərbaycanın dövlət istiqlaliyyətini və mövcud siyasi azadlıqları ləğv etmək, aqrar və digər bu kimi mühüm inqilabi əhəmiyyətli qanunları dəyişdirmək səlahiyyəti verilmir. Azərbaycan Hökuməti altı aydan gec olmayaraq Müəssislər Məclisini çağırmalıdır. Hökumət qalan məsələlərdə bütün səlahiyyətlərindən istifadə etməkdə sərbəst idi.

Azərbaycan Milli Şurası iyunun 17-də Fətəli xan Xoyskinin sədrliyi ilə Azərbaycan Xalq Cümhuriyyətinin ikinci hökumət kabinəsinin tərkibini təsdiq etdi. 19 iyun 1918-ci il tarixində hökumət üzvləri arasında müvəqqəti portfel paylanması baş tutdu. Bu postlar nazirlərin ilk iclasınadək müvəqqəti hesab olunurdu. Bundan əlavə Xudadat bəy Məlik-Aslanov müvəqqəti olaraq poçt və teleqraf naziri, Ağa Aşurov ərzaq naziri, Məmmədhəsən Hacınski isə dövlət nəzarətçisi vəzifəsinə təyin olunmuşdur.

1918-ci il sentyabrın 15-də Azərbaycan və türk hərbi qüvvələrindən ibarət Qafqaz İslam Ordusu Bakını azad etdi. Sentyabrın 17-də isə Azərbaycan Xalq Cümhuriyyəti Hökuməti Bakıya köçdü. Bakı müstəqil Azərbaycanın paytaxtı elan olundu.

Bununla da bütün Şimali Azərbaycan ərazisi Fətəli xan Xoyskinin başçılıq etdiyi Azərbaycan Xalq Cümhuriyyəti Hökumətinin hakimiyyəti altına keçdi.

Azərbaycan Xalq Cümhuriyyəti Hökuməti Bakıya köçdükdən sonra, 1918 il oktyabrın 6-da Fətəli xan Xoyskinin təşkil etdiyi ikinci Hökumətdə dəyişikliklər edildi və vəzifələr yenidən bölüşdürüldü.

Azərbaycan hökumətinin 1 noyabr 1918-ci il tarixli digər bir qərarı ilə Azərbaycan hökuməti yanında Hərbi nazirlik təsis edilmiş, Nazirlər Şurasının sədri hərbi nazir təyin edilmiş, Səməd bəy Mehmandarov isə hərbi nazirin müavini təyin edilmişdi.

Fətəli xan Xoyskinin təşkil etdiyi ikinci Hökumət Gəncədə çox çətin və mürəkkəb bir şəraitdə fəaliyyətə başladı. Azərbaycan Xalq Cümhuriyyəti Parlamentinin ilk iclasında Fətəli xan Xoyski demişdi:

Yaranmış çətin və mürəkkəb şəraitdə Fətəli xan Xoyski Hökumət aparatının təşkili işini davam etdirdi. Nazirlər Şurası və ayrı-ayrı nazirliklərin idarə aparatı yaradıldı. İyunun 27-də Fətəlixan Xoyski Hökuməti tərəfindən Azərbaycan dili dövlət dili elan olundu. Avqustun 28-də tədris müəssisələrinin milliləşdirilməsi haqqında qərar qəbul edildi. Fətəli xan Xoyski Hökumətinin Gəncədə 1918 il iyunun 19-da qəbul etdiyi ilk qərar bütün Azərbaycanda hərbi vəziyyətin elan edilməsi oldu. Avqustun 11 -də ümumi səfərbərlik elan edildi. 1894–1899 illərdə anadan olmuş kişi cinsindən bütün müsəlman vətəndaşlar orduya çağırıldı.

Xoyski Hökumətinin Gəncə dövründə qəbul etdiyi ən mühüm qərarlardan biri də 1918 il iyulun 15-də Fövqəladə Təhqiqat Komissiyasının yaradılması idi. Bu qərara əsasən Birinci dünya müharibəsi (1914–18) illərində Cənubi Qafqaz ərazisində yerli müsəlman əhalisinə qarşı törədilmiş vəhşiliklər və onların əmlaklarına qəsd ilə bağlı məsələlər araşdırılmalı, bu işdə günahkar olan şəxslər aşkar olunub, cinayət məsuliyyətinə cəlb edilməli idilər.

Bakıya köçdükdən sonra Azərbaycan Xalq Cümhuriyyəti Hökuməti istər ictimai-siyasi, istərsə də təsərüfat və mədəni quruculuq sahəsində daha mühüm tədbirlər həyata keçirməyə başladı. Müəssislər Məclisinin çağırılması işinin təşkili üçün Nazirlər Şurasının sədri, daxili işlər və xalq maarifi nazirlərindən ibarət komissiya yaradıldı. 1918-ci il noyabrın 9-da Azərbaycan Hökuməti Fətəli xan Xoyskinin təqdimatı ilə ölkənin üçrəngli bayrağını təsdiq etdi.

1918 il iyunun 17-də Gəncədə öz fəaliyyətini dayandırmış Azərbaycan Milli Şurası həmin il noyabrın 16-da Bakıda yenidən fəaliyyətə başladı. İlk iclasda çıxış edən Fətəli xan Xoyski Milli Şura üzvlərinə müraciət edərək bildirdi ki, Hökumətin Müəssislər Məclisini çağırmaq işinin təşkilinə vaxtı çatmadığı üçün Milli Şuradan bu işin icrasını öz üzərinə götürməsini xahiş edir. Bu təkliflə razılaşan Milli Şura özünün noyabrın 19-da Məhəmməd Əmin Rəsulzadənin sədrliyi ilə keçən iclasında 120 nəfərdən ibarət Parlament yaratmaq haqqında Azərbaycan Xalq Cümhuriyyəti Hökuməti tərəfindən təqdim olunmuş qanun layihəsini qəbul etdi. Milli Şuranın sədri tərəfindən imzalanmış " Bütün Azərbaycan əhalisinə!" müraciəti noyabrın 29-da dərc edildi. Həmin qanuna əsasən 1918 il dekabrın 7-də Hacı Zeynalabdin Tağıyevin Nikolayev küçəsindəki (indiki İstiqlaliyyət küçəsi) qız məktəbinin (indiki Əlyazmalar İnstitutu) binasında Azərbaycan Xalq Cümhuriyyəti Parlamentinin ilk iclası keçirildi. İclas Milli Şuranın sədri Məhəmməd Əmin Rəsulzadənin giriş nitqi ilə açıldı. Parlamentin rəhbər orqanları seçildikdən sonra Hökumətin fəaliyyəti barədə məruzə üçün söz Azərbaycan Xalq Cümhuriyyəti Hökumətinin sədri Fətəli xan Xoyskiyə verildi. O, öz Hökumətinin çox mürəkkəb tarixi şəraitdə gördüyü işlər barədə geniş hesabat verdi. Fətəli xan Xoyski məruzəsinin sonunda dedi.

Fətəli xan Xoyski öz Hökumətinin istefasını qəbul etməyi yeni yaranmış parlamentdən xahiş etdi. Parlament 2-ci hökumətin istefasını qəbul etdi. Yeni —III Hökumət kabinəsinin təşkili və ona rəhbərlik yenə də Fətəli xan Xoyskiyə tapşırıldı. Parlamentin sədr müavini Həsən bəy Ağayevlə Fətəli xan Xoyskinin arasında gedən yazış malardan da görünür ki, Fətəli xan Xoyski yeni Hökumətin təşkilindən imtina etmiş, yalnız Həsən bəy Ağayevin təkidli xahişindən sonra o, bu işə razılıq vermişdir.

• Azərbaycan Xalq Cümhuriyyəti Ensiklopediyası. I cild. Bakı: "Lider". 2004. səh. Azərbaycan Xalq Cümhuriyyəti hökuməti. ISBN 9952-417-14-2.