• məhkəmə ekspertizalarının və tədqiqatların aparılması (elm, texnika, incəsənət, sənətkarlıq və başqa sahələr üzrə obyektiv, hərtərəfli, insan və vətəndaş hüquqlarının və azadlıqlarının qorunması prinsipləri əsasında tədqiqatlar aparılaraq rəy və arayışların verilməsi);
• elmi-tədqiqat fəaliyyəti həyata keçirmək, ekspert tədqiqatının yeni metod və metodikalarını hazırlamaq və təkmilləşdirmək(aktual mövzularda elmi-tədqiqat işlərinin aparılması, ekspert praktikasının ümumiləşdirilməsi, cinayətkarlığın vəziyyəti, strukturu və dinamikasının, onun ayrı-ayrı növlərinin baş verməsinin səbəb və şəraitinin, cinayətkarın şəxsiyyətinin kompleks sistemli-struktur təhlili, cinayətkarlığın proqnozlaşdırılması ilə bağlı olan kriminoloji fəaliyyət, elm və texnikanın müasir nailiyyətlərindən istifadə etməklə ekspert tədqiqatı metodikasının təkmilləşdirilməsi);
• məhkəmə və hüquq mühafizə orqanlarına elmi-metodik kömək göstərmək(məhkəmə-istintaq orqanları işçiləri, ali məktəb tələbələri ilə metodik və praktik məşğələlər keçirmək);
• ekspert profilaktikasını həyata keçirmək(cinayətlərin baş verməsinə şərait yaradan halların aşkar olunması, onların qarşısının alınması üçün profilaktik tövsiyələrin işlənib hazırlanması);
• qanunvericiliklə müəyyən edilmiş digər istiqamətlərdə fəaliyyət göstərmək.

Məhkəmə Ekspertizası Mərkəzinin yaranma tarixi 1938-ci ilin avqust ayında Azərbaycan SSR Ədliyyə Xalq Komissarlığı nəzdində təşkil edilən Kriminalistika kabineti ilə bağlıdır. Bu kabinet azsaylı personaldan ibarət olmaqla qrafoloji ekspertizalar aparmaqla fəaliyyətə başlamışdır.Lakin 1951-ci ilin iyun ayında SSRİ Nazirlər Sovetinin sərəncamı ilə həmin kabinet ləğv edilmiş, kabinetin əmlakı və Azərbaycanın hüquq mühafizə orqanları üçün ekspertizaların aparılması vəzifəsi Gürcüstan elmi-tədqiqat kriminalistika laboratoriyasına həvalə edilmişdir. Az sonra, yəni 1956-cı ilin iyununda Azərbaycan SSR Nazirlər Sovetinin sərəncamı ilə Bakı elmi-tədqiqat kriminalistika laboratoriyası yaradılmış və bu laboratoriyada qrafoloji, ballistik, trasoloji ekspertizalar aparılmışdır. 1960-cı ilin dekabrında isə bu laboratoriyanın əsasında Azərbaycan Respublikası Nazirlər Sovetinin Hüquq Komissiyası yanında Azərbaycan Elmi-Tədqiqat Məhkəmə Ekspertizası İnstitutu yaradılmışdır.

Cinayətkarlığın kompleks tədqiqini, hüquq pozuntularının qarşısının alınması üzrə elmi cəhətdən əsaslandırılmış proqnozların və konstruktiv təkliflərin işlənib hazırlanmasını təmin etmək məqsədilə Azərbaycan Respublikası Nazirlər Sovetinin qərarı ilə 1991-ci ilin iyununda institutun adında və fəaliyyətində dəyişiklik edilərək Azərbaycan Elmi-Tədqiqat Məhkəmə Ekspertizası, Krminalistika və Kriminologia Problemləri İnstitutu adlandırılmışdır.

Azərbaycan Respublikası Prezidentinin "Ədliyyə orqanlarının inkişafı haqqında" 17 avqust 2006-cı il tarixli Fərmanı ilə Elmi-Tədqiqat Məhkəmə Ekspertizası, Kriminalistika və Kriminologiya Problemləri İnstitutu Məhkəmə Ekspertizası Mərkəzi adlandırılmış və Mərkəz baş idarə səlahiyyətli qurum kimi təsdiq edilmişdir.

Hazırda Mərkəzdə 20 məhkəmə ekspertizası növü və 41 ekspert ixtisası üzrə tədqiqatlar aparılaraq rəy və arayışlar verilir.

"Azərbaycan ədliyyəsinin inkişafına dair 2009–2013-cü illər üçün Dövlət Proqramı"nda, eləcə də Dövlət Proqramının həyata keçirilməsi üzrə tədbirlər planında Məhkəmə Ekspertizası Mərkəzinin beynəlxalq qurumlara inteqrasiyası və bənzər qurumlarla əməkdaşlığa dair müəyyənləşdirdiyi vəzifələrə uyğun olaraq 2010-cu ilin may ayındakı müraciəti əsasında Azərbaycan Respublikası Ədliyyə Nazirliyinin Məhkəmə Eksperizası Mərkəzi 10 fevral 2011-ci ildə Avropa Məhkəmə Ekspertizası İnstitutları Birliyinin (European Network of Forensic Science Institutes – ENFSI) üzvlüyünə qəbul edilmiş və onun 34-cü ölkəni təmsil edən 60-cı üzvü olmuşdur.

"MEM-in ISO/IEC 17025 "Sınaq və kalibrasiya laboratoriyalarının yetərliliyi üçün ümumi şərtlər" standartı üzrə akreditasiya fəaliyyətinin nəticəsi olaraq 24 oktyabr 2012-ci il tarixdə müvafiq xahişlə Türk Akreditasyon Kurumuna (TÜRKAK-a) müraciət edilmiş, 5–8 fevral 2013-cü il tarixində TÜRKAK-ın audit heyəti sahə auditini həyata keçirmişdir.

Nəhayət, Türk Akreditasyon Kurumunun (TÜRKAK) İdarə Heyətinin 14 may 2013-cü il tarixli qərarı ilə Azərbaycan Respublikası Ədliyyə Nazirliyinin Məhkəmə Ekspertizası Mərkəzi ISO/IEC 17025 "Sınaq və kalibrasiya laboratoriyalarının yetərliliyi üçün ümumi şərtlər" standartı üzrə akkreditə edilmişdir.

Akkreditasiya ballistik, trasoloji (o cümlədən daktiloskopik), əlyazmaların və sənədlərin texnik ekspertizaları sahəsində 6 ekspert ixtisası üzrə 16 tədqiqat metodunu əhatə edir. Bu metodlar aşağıdakılardır:

• Atəşli silahların tədqiqat metodu
• Döyüş sursatlarının tədqiqat metodu
• Gilizin tədqiqat metodu
• Mərmının tədqiqat metodu
• Atəşsiz silahın (soyuq, qaz və pnevmatik silahlar) tədqiqat metodu
• Əl və yalın ayaq izlərinin tədqiqat metodu
• Alət və vasitə izlərinin tədqiqat metodu
• Tamın hissələri üzrə identifikasiyası tədqiqat metodu
• Ayaq izlərinin tədqiqat metodu
• Seriya nişanlarının tədqiqat metodu
• Sənədlərin tədqiqat metodu
• Sənədlərdə təhrif edilmənin tədqiqat metodu
• Möhür və ştamp izlərinin tədqiqat metodu
• Qiymətli kağızların və pul nişanlarının tədqiqat metodu
• Əlyazmaların tədqiqat metodu
• İmzaların tədqiqat metodu