Muzey Azərbaycan Respublikası Dövlət Gömrük Komitəsi tərəfindən 23 mart 2006-cı il tarixli 034 saylı əmrə əsasən yaradılmışdır. Azərbaycan Respublikası Dövlət Gömrük Komitəsinin 15 illiyi ərəfəsində Azərbaycanın paytaxtı Bakı şəhərində Azərbaycan Gömrük Tarixi Muzeyinin yaradılması üzrə işlərə yekun vurulmuşdur. Azərbaycanda fəaliyyət göstərən 200-dək müxtəlif təyinatlı muzeylər sırasında öz yeri, mövqeyi ilə fərqlənən zamanın tələbi, gömrük əməkdaşlarının fəaliyyətinin əyani nəticəsidir. Belə ki, Azərbaycan Respublikasının gömrük xidməti öz fəaliyyətində ölkənin iqtisadi suverenliyinin keşiyində durmaqla yanaşı, milli-mənəvi və dini dəyərlərin, mədəni sərvətlərin qorunmasına, qaçaqmalçılıq yolu ilə ölkədən çıxarılmasına, respublika ərazisindən tranzit ölkə kimi istifadə edərək qeyri-qanuni yollarla beynəlxalq dövriyyəsinə qarşı qətiyyətlə mübarizə aparır.

Muzey 2008-ci ildə Milli Muzeylər Şurasına üzv seçilməklə Azərbaycanın muzeyləri "ailəsinə" daxil olmuşdur.

Muzey öz fəaliyyətini ənənəvi müzeyşünaslıq və günün aktual tələblərinə cavab verə biləcək səviyyədə qurur. Xarici ölkə muzeylərindən, o cümlədən gömrük muzeylərinin iş təcrübəsindən bəhrələnərək öz kolleksiyasının təbliğat işini həyata keçirir.

Gömrük Tarixi Muzeyi 2008-ci ilin sentyabr ayından üzvüdür.

Muzeyin kolleksiyasıyasının böyük hissəsini gömrük əməkdaşları tərəfindən saxlanılaraq məhkəmə orqanları tərəfindən müsadirə edilən elmi, tarixi və bədii əhəmiyyət kəsb edən mədəni sərvətlər təşkil edir. Bu sənət nümunələrinin böyük bir qismi zaman-zaman növündən, təyinatından asılı olaraq Bakıda fəaliyyət göstərən muzeylərə, elmi institutlara, həmçinin məxsus olduğu ölkənin dini qurumlarına, kilsə və məscidlərə təhvil verilmişdir.

Muzeyin fəaliyyət dairəsi olduqca əhatəlidir: kolleksiyanın bölmələrini əks etdirən daimi ekspozisiyası, fondu, kitabxanası, arxivi mövcuddur. Mövzu və region baxımından əhatəli muzey toplusunu əsasən gömrük tarixini əks etdirən sənədlər, fotolar, həmçinin ən qədim dövrlərdən başlayaraq son yüzilliyə qədər böyük bir zaman kəsiyində müxtəlif sənətkarlar tərəfindən yaradılmış ecazkar sənət əsərləri təşkil edir.

600-dən artıq eksponata malik muzeyin unikallığı ondadır ki, burada yalnız Azərbaycanın deyil, Qərbi Avropa, Rusiya, həmçinin Şərq ölkələrinin incəsənətini təmsil edən dəzgah rəssamlığı, heykəltəraşlıq və dekorativ-tətbiqi sənət nümunələri, Qədim Roma, Bizans imperiyası, Səfəvilərin hakimiyyəti dövrünə aid sikkələr, XIX-XX əsrlərə aid "Quran" və "İncil" nüsxələri, ikonlar, müxtəlif dinlərə məxsus əşyalar toplanmışdır.

Gömrüyün inkişaf tarixinin və fəaliyyətinin başlıca istiqamətləri nəşr edilmiş "Azərbaycan gömrüyü mədəni irsin keşiyində", "Azərbaycan gömrüyünün tarixi təsviri sənətdə", "Azərbaycan gömrüyü: tarixi ənənələr və müasirlik", "Azərbaycan gömrüyü 20 il–xronoloji reportaj" və digər kitablarda, "Gömrük muzeyinin xəzinəsi poçt markalarında" toplusunda, həmçinin sənədli filmlər toplusunda – "Azərbaycan gömrüyü mədəni irsin keşiyində" adlı kompakt diskdə öz əksini tapmışdır.

  Əsas məqalə: Azərbaycan Gömrük Tarixi Muzeyinin filialı

Azərbaycan Respublikası Dövlət Gömrük Komitəsinin Gömrük Tarixi Muzeyinin "Azərterminalkompleks" Birliyinin nəzdində fəaliyyət göstərən bölməsi 2010-cu ildə Azərbaycan Respublikası Mədəniyyət və Turizm Nazirliyinin qeydiyyatından keçdikdən sonra fond və daimi ekspozisiyadan ibarət muzey filialı kimi formalaşmışdır. Birliyinin inzibati binasında yerləşən filialın müasir avadanlıqlarla təchiz olunmuş fond və daimi ekspozisiyası müasir müzeyşünaslıq tələblərinə müvafiq olaraq qurulmuşdur.

• 2015-04-06 at the Wayback Machine. museums.customs.gov.az  (az.)
• 2015-04-05 at the Wayback Machine. museums.customs.gov.az  (az.)