8 oktyabr 1991-ci ildə Azərbaycan "Azərbaycan Respublikasının Dövlət müstəqilliyi haqqında Konstitusiya Aktı"-nı qəbul etdi və bununla dövlət müstəqilliyini bərpa etdi. Bundan sonra Azərbaycan İslam Əməkdaşlıq Təşkilatına üzv olmaq üçün ərizə verdi. 1991-ci ildə Dakarda keçirilən zirvə toplantısında Azərbaycan İslam Əməkdaşlıq Təşkilatına (sonra İslam Konfransı Təşkilatına) müraciət etdi.

Eyni ildə təşkilatın nümayəndə heyəti Azərbaycana səfər edərək Ermənistan-Azərbaycan münaqişəsinin sülh yolu ilə həlli imkanlarını öyrənmək üçün səfər edib.

1994-cü ilin mayında Heydər Əliyevin müvafiq sərəncamına əsasən Səudiyyə Ərəbistanı Krallığının Azərbaycandakı səfiri İƏT-in Baş Katibi Daimi Nümayəndəsi səlahiyyətini alıb.

12 dekabr 1994-cü ildə İslam Konfransı Təşkilatının 7-ci sammiti Mərakeşdə keçirilmişdir. Burada Azərbaycan prezidenti də iştirak etmiş və çıxış etmişdir. Zirvə toplantısında Qarabağ münaqişəsi və Azərbaycana iqtisadi yardımın göstərilməsi ilə bağlı qətnamə qəbul edilib. Qərar BMT qətnamələrinin yerinə yetirilməsini və Ermənistan silahlı qüvvələrinin Azərbaycanın işğal olunmuş ərazilərindən dərhal çıxarılmasını tələb edir.

Digər bir qətnamə beynəlxalq təşkilatlara Azərbaycana təcili humanitar və maliyyə yardımı göstərilməsini tələb edir.

VIII İƏT sammitində iştirak etmək üçün 8 dekabr 1997-ci ildə Heydər Əliyev Tehrana səfər etmişdir. Səfər zamanı prezident İKT baş katibi İzəddin Laraki ilə görüşüb. Görüş zamanı Heydər Əliyev ümidvar olduğunu bildirib ki, İƏT-in 8-ci zirvə toplantısında Azərbaycanın problemləri ilə bağlı xüsusi bir qərar qəbul olunacaq. Heydər Əliyev Tehranda keçirilən VIII İƏT sammitində çıxış etdi. İzəddin Larakinin sözlərinə görə:

İKT-nin Tehran sammitində Azərbaycan Respublikasına iqtisadi yardımın göstərilməsi ilə bağlı növbəti qətnamələr qəbul edilmişdir.

12-13 noyabr 2000-ci ildə Dohada İKT sammitində və 16-17 noyabr 2003-cü ildə Putrajaya şəhərində (Malayziya) Azərbaycan Xarici İşlər Nazirliyi səviyyəsində təmsil olundu. Bu sammitlərdə Azərbaycanın ədalətli mövqeyi müdafiə olundu, Ermənistanın işğal olunmuş ərazilərindən çıxarılması, Azərbaycanın ərazi bütövlüyünə hörmət, BMT-nin qətnamələrinə riayət olunması və s. Tələb olunan sənədlər qəbul edildi.

İslam Konfransı Təşkilatının Gənclər Forumunun açılış iclası 2004-cü ildə Azərbaycanda keçirilmişdir.

7-8 dekabr 2005-ci ildə İKT-nin ən yüksək səviyyədə üçüncü təcili toplantısı Məkkə şəhərində keçirilmişdir. Burada İlham Əliyev iştirak etmiş və çıxış etmişdir:

Səfər çərçivəsində Azərbaycan prezidenti Malayziyanın baş naziri Abdullah Əhməd Bədavi, Pakistan prezidenti Pervez Müşərrəf, Rusiya Federasiyasının Federal Şərq rayonundakı səlahiyyətli nümayəndəsi Kamil İsxakov, İƏT-in baş katibi Ekmələddin İhsanoğlu, Türkiyə Böyük Millət Məclisinin sədri Bülend Arınçem və digər rəsmi şəxslərlə görüşlər keçirib.

19-21 iyun 2006-cı il tarixlərində Bakıda İKT-yə üzv ölkələrin xarici işlər nazirlərinin 33-cü iclası başlayıb. Bu sessiyada Təşkilatın sədri Azərbaycana köçürüldü.

2006-cı il 4 oktyabr tarixində İSESCO-nun prezidenti Osman əl-Tuvejri Azərbaycana səfərdə olmuşdur. Osman əl-Tuvejri Mehriban xanım Əliyevanı təhsil və mədəniyyətlərarası dialoqun inkişafı sahəsində xidmətlərinə görə İSESCO-nun xoşməramlı səfiri elan etdi.

İKT-nin baş katibi E.İhsanoğlu aprelin 27-də Azərbaycana gəldi. Səfərin məqsədi "Tolerantlıq və anlaşmanın inkişafında mediyanın rolu" adlı beynəlxalq konfransda iştirak etmək idi.

Həmin gün Mehriban xanım Əliyeva və İSESCO-nun baş direktoru Əbdüləziz bin Osman əl Tuveyri Heydər Əliyev Fondu ilə İSESKO arasında əməkdaşlıq haqqında protokol imzaladılar. Bu protokol beş illik müddətdə əməkdaşlığın əsas prinsiplərini tənzimləyir və elm, mədəniyyət, təhsil sahələrində inkişafın təmin edilməsini, birgə layihələrin hazırlanması və həyata keçirilməsini, fəaliyyətlərin əlaqələndirilməsini təmin edir.

13-14 mart 2008-ci il tarixlərində İslam Konfransı Təşkilatının 11-ci zirvəsi Azərbaycan xarici işlər nazirinin iştirak etdiyi Dakar şəhərində keçirilmişdir.

2008-ci ilin aprel ayında İƏT Gənclər Forumunun İdarə Heyətinin 6-cı iclası Küveytdə keçirilmişdir. Bu sessiyada Leyla Əliyeva Gənclər Forumunun mədəniyyətlərarası dialoqunun ilk baş koordinatoru seçildi.

İKT-yə üzv ölkələrin xarici işlər nazirlərinin 36-cı iclası 2009-cu il mayın 23-də Şamda (Suriya) keçirilib. 2009-cu ildə Bakı şəhəri İslam mədəniyyətinin paytaxtı elan edildi. 17 fevral 2009-cu il tarixində Azərbaycan Respublikasının Prezidenti və İSESKO-nun baş katibi iştirak etdiyi ilin təntənəli açılış mərasimi olmuşdur.

11 noyabr 2009-cu il tarixində Bakıda 40 illik yubileyinə həsr olunmuş "İnsanlararası dialoq: Azərbaycandan baxış" adlı beynəlxalq konfrans keçirilmişdir.

İKT baş katibi Ekmələddin İhsanoğlu Azərbaycanın coğrafi mövqeyi ilə bağlı olan böyük mədəniyyətlər arasında əməkdaşlığın, eləcə də burada müxtəlif mədəniyyətlərin birləşməsinin əməkdaşlığında Azərbaycanın simvoluna çevrilməsi barədə danışdı.

18-20 may 2010-cu il tarixlərində Daşkənddə İKT-yə üzv ölkələrin xarici işlər nazirlərinin toplantısı keçirilmişdir. Duşənbənin Bəyannaməsi və qətnamələri Azərbaycanın işğal olunmuş ərazilərində İslam mədəniyyətinin abidələrinin məhv edilməsini qınayırdı. Qərarlarda işğalın nəticələrinin aradan qaldırılması məqsədilə Azərbaycan dövlətinə iqtisadi və texniki yardım göstərilməsi də nəzərdə tutulmuşdur.

28 İyun 2011 tarixində Astanada Xarici İşlər Nazirləri Şurasının 38. iclası keçirildi. İslam Konfransı Təşkilatı adının İslam Əməkdaşlıq Təşkilatı adına dəyişdirilməsi qərarı verildi.

2013-cü il aprelin 25-26-da Bakıda İslam Əməkdaşlıq Təşkilatının əmək nazirlərinin konfransı keçirilmişdir. Burada "Çərçivə sənədi" qəbul edilmişdir. Bu sənəd əmək, miqrasiya, əmək, təcrübə mübadiləsi və sosial müdafiə sahələrində gələcək prioritetləri müəyyən etmişdir.

İlham Əliyevin təklifi ilə İƏT İşçi Mərkəzi yaradıldı.

2014-cü il 17-18 iyun tarixlərində Bakı şəhərində əmək, məşğulluq və sosial müdafiə məsələlərinə həsr olunmuş "Çərçivə Sənədi"-nin icrası komitəsinin ilk iclası keçirildi.

20-21 oktyabr 2014-cü il tarixlərində Bakı şəhərində "İslam Əməkdaşlıq Təşkilatına üzv ölkələrin inkişafında qadınların rolu" mövzusunda V beynəlxalq konfrans keçirilmişdir.

İKT nümayəndə heyətinin iştirak etdiyi Bakıda 25-27 aprel 2016-cı il tarixlərində BMT Mədəniyyətlər İttifaqının Qlobal Forumu keçirilmişdir.

2016-cı il oktyabrın 18-19-da Daşkənddə İKT-yə üzv ölkələrin Xarici İşlər Nazirləri Şurasının 43-cü iclası keçirilib, Azərbaycan Xarici İşlər Naziri Elmar Məmmədyarov tərəfindən təmsil olundu. Görüş çərçivəsində Ermənistan silahlı qüvvələri tərəfindən işğal olunmuş Azərbaycan ərazilərində İslam tarixi və mədəniyyəti abidələrinin məhv edilməsi ilə bağlı qətnamələr qəbul edildi.

2017-ci il mayın 3-də Azərbaycan prezidenti İlham Əliyev İKT-nin baş katibi Yousif Əl-Seyyimin başçılıq etdiyi nümayəndə heyətini qəbul etmişdir.

10 sentyabr 2017-ci ildə Astanada (Qazaxıstan) İslam Əməkdaşlıq Təşkilatının (İƏT) elm və texnologiya üzrə ilk sammiti keçirilib.

  Əsas məqalə: 2017 İslam Həmrəyliyi Oyunları

2017-ci ildə IV İslam Həmrəyliyi Oyunları Bakıda keçirildi. Açılış mərasimi 12 Mayda reallaşdı və bağlanış mərasimi 22 Mayda reallaşdı. Oyunlarda 54 ölkədən 2800 idmançı iştirak edib. Oyunların idman proqramı 20 idman növüdür.

2016-cı ildə Mastercard tərəfindən nəşr olunan və CrescentRating tərəfindən turizm bazarının təhlili sahəsində ixtisaslaşan "Qlobal Müsəlman Səyahət İndeksi" (GMTI) illik hesabatına əsasən Azərbaycan İslam Əməkdaşlıq Təşkilatı ölkələri arasında müsəlman turistlərin ən yaxşı yerləri siyahısında 20-ci yeri tutur.

• İslam Əməkdaşlıq Təşkilatı
• Bakı prosesi
• 2017 İslam Həmrəyliyi Oyunları
• İSESKO

• 2017-06-03 at the Wayback Machine