Krım tatar yazıçısı Əşrəf Şəmizadənin və sənətçi Səidə Bodaninskayanın ailəsində anadan olub. Aydın Şəmizadənin ilk uşaqlıq illəri Krımda keeçib. Atası Əşrəf Şəmizadə 1937-ci ildə represiyalara uğrayan ziyalılardan olub, lakin buna baxmayaraq, ailəyə toxunulmayıb və onlar Simferopolda qalıb, lakin Böyük Vətən müharibəsi illərində 18–20 may 1944-cü il tarixləri aralığında Krımdan Krım tatarlarının deportasiyası həyata keçiriləndə bu Şəmizadə ailəsinə də toxunub. Şəmizadənin ana babası məşhur inqilabçı və V. Leninin silahdaşı olmasına baxmayaraq SSRi rəhbərliyi Krım tatarlarının sürgünü zamanı heç kəsə güzəştə getmədiyi kimi, onlara da güzəşt olunmayıb. Aydın Şəmizadə 1944-cü ildə ailəsi ilə birlikdə Özbəkistana sürgün edilib.

Aydın Şəmizadə 1953-cü ildə Özbəkistanda Yanqıyol şəhərində orta məktəbi bitirib. Ardından 1958-ci ildə Şəmizadə Daşkənd Dövlət Universitetinə daxil ola bilib. O, 1963-cü ildə bu universitetin fizika-riyaziyyat fakültəsindən məzun olub. Əmək fəaliyyətinə Daşkənd Tibb İnstitutunda başlayıb. Sonra isə Daşkənd Dövlət Universitetinin Fizika fakültəsində çalışıb. Onun elmi pedaqoji fəaliyyət istiqaməti kosmik şüalar fizikası və Günəş fizikası olub.

Şəmizadə klassik musiqini sevir və tələbəlik illərindən atletika və alpinizmlə, sonralar isə uzun illər dalğıclıqla məşğul olub.

1968-ci ildən Aydın Şəmizadə Moskvada yaşamağa və işləməyə başlayıb. Moskvada Şəmizadə fizika-riyaziyyat elmləri doktoru elmi dərəcəsinə yiyələnib. Aydın Şəmizadə bir neçə kitab, onlarla elmi məqalə və tezis müəllifidir. Fizika üzrə bir neçə beynəlxal elmi konfrans və simpoziumun iştirakçısı olub.

Aydın Şəmizadə elmi fəaliyyətlə yanaşı bədii yaradıcılıqla da məşğul idi. Atasının yolunu davam etdirən Aydın bəy bir neçə tarixi romanın müəllifidir. O, ötən əsrin 90-cı illərindən böyük nəsr əsərləri yazmağa başlayıb. Onun bədii yaradıcılığında əsasən uşaq xatirələri və Krım tatarlarının deportasiyası xüsusi yer tutur.

Aydın Şəmizadə öz dədə-baba yurdu Krıma 1990-cı illərin əvvəllərinə qayıtmağa müvəffəq olub. Burada o, bağ evi almış, qızılgül baxçası salmışdır.

Şəmizadə "İnsan talelərinin ipləri" trilogiyasının müəllifidir. Bu trilogiyaya "Mavi Mustanglar", "Qırmızı Merkür", "Qızıl Möhür" daxildir. Bundan əlavə o, şeir və hekayələr toplusunu da nəşr etdirib. Aydın Şəmizadə 2019-cu ildə "Açıq Avrasiya" ədəbi müsabiqəsinin laureatı olub. Dövrü mətbuatda bəzən Aydın Şem imzası ilə nəşr edilirdi.

Aydın Şəmizadə 2020-ci il oktyabrın 17-də koronavirus infeksiyasının kəskinləşməsi səbəbindən Moskvada 87 yaşında vəfat edib. Vəsiyyətinə uyğun Krımda, Ağməsciddə Abdal qəbristanlığında dəfn olunub.