Teymuri Babur Dehli sultanları Sikəndər Lodi və İbrahim şah Ludinin burada yerləşən sarayını yenidən qurmuş və sözdə sərf etmişdir. Baoli (su kəməri).

Sonralar Sultan Hümayun tez-tez burada dayanırdı.

Qalanın özü 1558-ci ildə paytaxtı Dehlidən Aqraya köçürən Böyük Əkbərin təşəbbüsü ilə 1565-ci ildə başladı.

Burada o, köhnə və uçuq-sökük Bədəlqar qalasını bərpa etdi (saray tarixçisi Əbdül-Fəzala görə). Artıq 1571-ci ildə qala tamamilə Rajasthani qırmızı qumdaşı divarı ilə əhatə olunmuşdu. Böyük Əkbərin davamçıları, ilk növbədə Şah Cahan 17-ci əsrin əvvəllərində qalanı genişləndirdilər. Əkbərin altında mərmər elementləri olan qırmızı qumdaşı üstünlük təşkil etdiyi halda, Şah Cahan dövründə qızıl və qiymətli daşlarla işlənmiş ağ mərmər tikinti materialı kimi istifadə edilmişdir.

1648-ci ildə paytaxt yenidən Dehliyə köçürüldü, bununla əlaqədar Qırmızı Qala bir müddət öz əhəmiyyətini itirdi.

1658-ci ildə hakimiyyəti ələ keçirdikdən sonra Aurangzeb atası Şah Cahanı Qırmızı Qalada ev dustaqlığında saxladı və 1666-cı ildə orada öldü.

1761-ci ildə Bharatpur knyazlığının catları Aqranı Muğallardan fəth etdilər və 13 il ərzində Qırmızı Qalada möhkəmləndilər.

Cahavir Singh, Cahangirin qara mərmər taxtında oturaraq, Bharatpuru Aqradan idarə etdi.

1768-ci ildə orada öldürüldü.

1774-cü ildə Aqra Nəcəf Xan tərəfindən tutuldu (1775-ci ilə qədər Catları demək olar ki, bütün mülklərindən məhrum etmiş, onlara yalnız Bharatpur yaxınlığında qalmışdı).

1785-ci ildə Aqra və Qırmızı Qala Maratha Maharaca Mahaji Shinde tərəfindən tutuldu.

1803-cü ildə qala İngilis qoşunları tərəfindən tutuldu.

1857-ci ildə Sepoy üsyanı zamanı qala silahlı toqquşmalara səhnə oldu.