Anapski rayonu 26 yanvar 1923-cü ildə Kuban-Qara dəniz diyarının Çernomorsk dairəsinin tərkibində qurulmuşdur. Əvvəlcə rayon aşağıdakı yaşayış məntəqələrindən ibarət idi: Anapa, Anapskaya, Blaqoveşçenskaya, Vinogradnı, Varvarovka, Vityazevo, Natuxayevskaya, Pavlovka, Psebeps, Raevskaya (Qırmızı-Medvedovskaya), Sukko, Supsex.

2 iyun 1924-cü ildən bu rayon Cənub-Şərqi vilayətin bir hissəsi olur.

16 noyabr 1924-cü ildən Şimali Qafqaz diyarının, 1934-cü il 10 yanvar tarixindən Azov-Qara dəniz ərazisinin və 13 sentyabr 1937-ci ildən Krasnodar diyarının bir hissəsi olur.

16 aprel 1940-cı ildə rayon ərazisinin bir hissəsi yeni qurulan Varenikovski rayonuna daxil olur.

22 avqust 1953-cü ildə ləğv edilmiş Varenikovski və Verxnebakanski rayonlarının ərazilərinin bir hissəsi Anapa rayonunun bir hissəsi olur.

11 fevral 1963-cü ildə ləğv edilmiş Temryuk rayonunun ərazisi rayonun bir hissəsi olur.

12 yanvar 1965-ci ildə Anapa şəhəri respublika tabeli şəhər statusu olur. Bununlada rayon tabeliyindən çıxarılır. Temryuk rayonu isə əvvəlki sərhədlərinə qaytarılır.

1982-ci ildə Natuxayevski, Misxakski və Rayevski kənd məclisləri Novorossiysk şəhərinin Primorski rayonuna verilir.

1 yanvar 1985-ci il tarixinə Anap rayonunda 7 kənd məclisi mövcud idi: Anap, Vinoqradnı, Vityazevski, Qay-Kodzorski, Qostaqaevski, Pervomayski (Yurovka k.), Supsexski.

2006-cı ildə Anapski rayonu və Anapa şəhərinin bələdiyyə islahatı zamanı, kurort şəhərində şəhər dairəsi statusuna sahib bir bələdiyyə qurulur.

Anapski rayonu isə inzibati ərazi vahidi statusunu qoruyur.

Anapski rayonunda 8 kənd inzibati ərazi vahidliyinə 48 yaşayış məntəqəsi daxildir. Kənd inzibati dairələri:Anapski, Vinoqradnı, Qaykodzorski, Qostaqayevski, Ciqinski, Pervomayski, Ppimorski və Supsexki.