Hərbi abidə II və IV əsrlər arasında inşa edilmişdir. VII əsrin sonunda, islamın yayılması ilə panikaya düşən Bizanslıların dəstəyi ilə qala ətrafında divar inşa edilmişdir. 60 kom (2 fut) qalınlığına çatan qala divarları diqqətlə oyulmuş və möhkəm şəkildə quraşdırılmışdır. Tikintidə əhəngdaşından istifadə edilmişdir. Kompleksin yeganə girişi divarların cənub fasadındakı kiçik qapıdır. Divarların mərkəzində Roma üslubunda tikilmiş 4 mərtəbəli qüllə var. Hər tərəfdən gözəl mənzərəsi olan qüllənin cənub-qərbində Qara dəniz yerləşir. Kilsədəki daş qurbangah, xaç və bəzi balıqları ehtiva edən freskalar günümüzə qədər gəlib çatmışdır. Kilsənin yaxınlığında təbii qaynaqdan gələn su ilə dolmuş 25 metr dərinliyində sistern yerləşir.

Anakopiya VIII əsrdə baş tutmuş Ərəb-Bizans müharibələrinə şahidlik etmişdir. 736–737-ci illərdə Ərəb xəlifəsi II Mərvan 60.000 nəfərlik ordusu ilə Abxaziya çarlığının paytaxtı olan Anakopiyaya hücuma keçdi. Gürcü salnamələri qalanın Abxaziya çarı rəhbərliyi altında 1000 iberiya və 2000 abxaz qüvvəsi tərəfindən müdafiə olunduğunu yazır. Səlnamələr Ərəb ordusundan 35000 insanın epidemiyaya məruz qalaraq öldüyünü yazır. Həmçinin əlavə edirlər ki, müharibə zamanı 3000 insan həlak olmuşdur. Anakopiyanın uğurlu müdafiəsi Gürcüstan tarixinin mühüm dönüş nöqtələrindən biri kimi qəbul edilir. Bu məğlubiyyət nəticəsində Mərvanın Bizansa şimaldan, yəni Abxaziya ərazisindən keçərək hücum etmək planı baş tutmadı.

788-ci ildə ərəb lideri Süleyman ibn İsamın qərbdən qalaya hücum etmək cəhdi də uğursuzluqla nəticələndi. VII əsrin ikinci yarısında yunan kahinləri Anakopiya dağının zirvəsində kiçik bir məbəd tikdirdilər. VII–VIII əsrlər arasında dağın ətəyində başqa bir məbəd də tikilmişdir.

Bölgənin təhlükəsizliyini təmin etmək və qülləni əvvəlki kimi istifadəyə yararlı hala gətirmək üçün 2008-ci yenidənqurma işləri aparılmışdır.