Ammonifikasiya – tərkibində azot olan üzvi maddələrin (zülal, nuklein turşuları, sidik cövhəri və s.) mikroorqanizmlər tərəfindən parçalanıb sərbəst ammoniumun (amonyakın) əmələ gəlməsi prosesidir.

Ammonifikasiya təbiətdə azotun dövranının mühüm mərhələsi olub torpağı azotun mənimsənilən forması ilə zənginləşdirir.

Orqanizmlərin fəaliyyəti və məhv olması nəticəsində torpağa və su hövzələrinə çoxlu miqdarda tərkibində azot olan üzvi maddələr daxil olur. Ammonifikasiya prosesi nəticəsində onlar minerallaşır və yenidən bitki və müxtəlif mikroorqanizmlər tərəfindən mənimsənilə bilir. Yaxşı aerasiyalı neytral, kifayət qədər rütubətli torpaqlarda Ammonifikasiya prosesi müvəffəqiyyətlə keçir.