Rif sistemi mərcan və süngər rifi olaraq müəyyən edilib. Alimlər rifin əhatə etdiyi sahəni 9300 kvadrat kilometr və uzunluğunu 970 kilometrdən çox olaraq qiymətləndirirlər. Bu da onu dünyadakı ən böyük rif sistemlərindən biri edir. Sahə baxımından Kipr adasıyla müqayisə edilə bilər. Rifin sahəsi dənizdə 120 kilometrə qədər uzanır və suda dərinliyi 30-120 metr aralığındadır. Bu rifin mövcud olması qeyri-adidir. Səbəb odur ki, rif sistemləri aşağı duzluluq və yüksək turşuluğa görə Amazon kimi böyük çayların mənsəbinə yaxın yerləşmir. Rifin kəşfindən əvvəl inanılırdı ki, Amazon çöküntü ilə zəngin plyumu ilə Atlantik okeanının qərbindəki rif yayılmış ərazilər arasında böyük bir boşluqdur. Rifdə yaşayan 60-dan çox balıq növü və 73-dən çox süngər növü, lanqustlar və dəniz ulduzları aşkar edilib. 1999-cu ildə kəşf edilən mərcan növləri Karib dənizində tapılanlara oxşardır. Bu da mərcan genlərinin Karibdən Amazon rifinə daşındığına işarə edir.

Amazon deltası regionunda mərcan və süngər rif sisteminin olmasıyla bağlı ilk dəlil 1950-ci illərin sonlarında Amerika Birləşmiş Ştatları araşdırma gəmisinin Amazon deltasının dibindən süngər toplaması idi. 1977-ci ildə rif balığı ilk dəfə olaraq ərazidə müşahidə edilib və 1999-cu ildə Karib dənizindən olan mərcan növləri Amazon deltası yaxınlığındakı təcrid olunmuş ərazilərdə tapılıb. Ancaq 2012-ci ilə qədər rif sisteminin varlığı ilə bağlı heç bir böyük tədqiqat aparılmadı. 2012-ci ildə Rio-de-Janeyro Federal Universiteti və Corciya Universitetindən alimlərin olduğu beynəlxalq elmi tədqiqat komandası "RV Atlantis" gəmisiylə ərazidə araşdırma apardı. Araşdırma 1970-ci illərdəki tapıntılara əsaslanırdı. Bunlardan biri Amazon sahili boyunca potensial rif ərazilərinin göstərildiyi ilkin xəritə idi. Onların kəşfləri və tapıntıları 2016-cı ilin aprelində "Science Advances" elmi jurnalında çap edilən məqalədə təqdim edildi.