Hökmdarlığının 5-ci ilindəExnaton Mərkəzi Misirdə, indiki yerləşdiyi ərazidə, indiki Qahirədən 300 km cənubda, Nil çayının şərq sahilindəki dağlarda, qapalı bir vadidə Axetaton şəhərini ("Aton səması") qurmuşdur. İki il sonra şəhər paytaxt elan edilmişdir. Axetaton kifayət qədər qısa müddətdə sıfırdan tikilmişdir. Sürət naminə şəhər binalarının əksəriyyəti daşdan deyil, kövrək çiy kərpicdən tikilirdi.

Axetaton şəhəri təxminən 15 il, Exnatonun ölümünə qədər mövcud olmuşdur. Firon olduqdan sonra Tutanxamun paytaxtı Memfisə köçürmüş və general Horemheb Axetatonun mərkəzi binalarının bir hissəsini dağıtmışdır. Exnatonun hakimiyyətinin son illəri ilə bağlı mənbələr azdır. Bu, ilk növbədə onun xatirəsini məhv etmək cəhdləri ilə əlaqədardır. Bundan sonra hökmdarların sürətli ardıcıllığı dövrü baş vermiş və nəticədə yeni fironlar sülaləsinin meydana çıxması ilə yekunlaşmışdır. Bu, Exnatonun hakimiyyəti dövründən sonrakı siyasi böhrana işarə etmişdir.