1878-ci ildə Bakı valiliyinin valisi Valerian Pozen, Bakı meri Stanislav Despot-Zenoviçə şəhərin böyüyən rus icması üçün ibadət yeri azlığı ilə bağlı narahatlığını bildirdi.

^[rus.] yeni bir kafedral tikmək fikrini dəstəklədi və Persidskaya küçəsində (indiki Muxtarov küçəsi) 1859-cu ildə köhnə bir müsəlman qəbiristanlığını sökdükdən sonra meydana gələcək geniş bir ərazidə kilsənin tikilməsini təklif etdi.

Bu rus hakimiyyəti ilə Bakının müsəlman icması arasında 10 il davam edən mübahisələrə səbəb oldu. Təklif olunan bütün alternativlər səlahiyyətlilər tərəfindən rədd edildi və sonunda müsəlman liderlər qəbiristanlıqdakı kafedralın binasına qarşı etirazlarını bir kənara qoymalı oldular. 10 iyul 1886-cı ildə imperator III Aleksandr torpağın kilsəyə verilməsini rəsmən təsdiqlədi. Alman əsilli memar Robert Marfeld tərəfindən dizaynın ilk layihəsi 30 iyul 1888-ci ildə təsdiq edildi.

8 oktyabr 1888-ci il tarixində imperator III Aleksandr və ailəsi (böyük oğlu, gələcək İmperator II Nikolay da daxil olmaqla) ilə birgə Bakıya gəldi və kilsənin təməl daşının qoyulması mərasimində iştirak etdi. Mərasimə Bakının xristian, müsəlman və yəhudi elitası qatıldı.

Kilsənin memarı alman Robert Marfeld, onun köməkçisi isə İosif Qoslavski idi. Fəqət inşaat büdcəsi tezliklə tükəndi və Bakı sakinləri tikilmənin davamı üçün 200 min manat ianə verdilər. Bu məbləğin 75% müsəlmanlar tərəfindən verilmişdir, o cümlədən Hacı Zeynalabdin Tağıyevin ianə verdiyi 10 min manat. Daha 10 min manat Bakının yəhudi icmasından yığıldı. Binanın tikintisi 1898-ci ildə başa çatdı.

1936-ci ildə stalinist hökumət kilsəni sökmək qərarına gəldi. Həmin il kilsə partlayıcı maddə vasitəsi ilə məhv edildi. Hazırda kilsənin yerində Bülbül adına orta ixtisas musiqi məktəbi, 189 və 190 saylı orta ümumtəhsil məktəbləri yerləşir.