O, 1938-ci ildə Limada yapon mühacirləri Naoiti Fujimori və Mutsue İnomotonun oğlu olaraq anadan olub. 1956-cı ildə orta məktəbi bitirmişdir. 1961-ci ildə Kənd Təsərrüfatı fakültəsini bitirərək kənd təsərrüfatı mühəndisi diplomu aldıqdan sonra 1964-cü ildə Fransanın Strasburq Universitetində fizika, 1969-cu ildə Viskonsin Universitetində riyaziyyat üzrə magistratura pilləsini bitirib. 1974-cü ildə o, yapon əsilli Perulu olan Susana Higuchi ilə evləndi. Uğurlu akademik karyerası sayəsində 1984-cü ildə Peru Milli Kənd Təsərrüfatı Universitetinin rektoru təyin edilib. 1988-ci ildə müxtəlif televiziya proqramlarında çıxış etməyə başladı. 1990-cı ildə Peruda keçirilən prezident seçkilərində o, məşhur yazıçı Mario Varqas Llosa ilə yarışdı və heç kim ona şans verməsə də, prezident seçildi.