Yaponiya Albaniyanın müstəqilliyini 1922-ci ildə tanımış və ölkələr arasında diplomatik əlaqələr qurulmuşdur. Belə ki, Albaniyanın xarici işlər naziri 28 yanvar 1922-ci ildə Yaponiyadan Albaniyanın müstəqilliyini tanımasını istəmiş, Yaponiya xarici işlər naziri 18 aprel 1922-ci ildə buna müsbət cavab vermişdir. 20 iyun 1930-cu ildə ölkələr arasında ilk ticarət müqaviləsi imzalanmışdır. 1935-ci ildə Osaka şəhərində Albaniya krallığının fəxri konsulluğu açılmışdır.

İkinci Dünya müharibəsindən sonra Albaniya ilə Yaponiya arasındakı əlaqələr dayanmışdır. 10 mart 1981-ci ilin martında ölkələr arasındakı əlaqələr bərpa olunmuşdur. 1990-cı illərdə Albaniya açıq qapı siyasətini qəbul etdikdən sonra ölkələr arasındakı əlaqələr canlanmağa başlamışdır. 2005-ci ilin dekabrında Tokioda Albaniya Respublikasının səfirliyi açılmışdır. Yaponiya hökuməti 2016-cı ilin martında Tiranada səfirlik açmaq barədə qəbul etmişdir. Tirana səfirliyi 1 yanvar 2017-ci ildə açılmışdır. 2022-ci ildə ölkələr arasında əlaqələrin 100 illiyi qeyd olunmuşdur.

2008-ci ilin fevralında Albaniya baş naziri Yaponiyaya səfər edərək Yaponiya baş naziri ilə görüşmüşdür. O, Yaponiyada olan ilk Albaniya baş naziri olmuşdur. 2019-cu ilin oktyabrında Albaniya prezidenti İlir Meta Yaponiyaya səfər edərək Yaponiya baş naziri Şinzo Abe ilə görüşmüşdür.

Albaniya və Yaponiya hökumətləri arasında 15-dən çox razılaşma imzalanmışdır. 2007-ci ilin sentyabrında imzalanmış razılaşmaya əsasən Yaponiya vətəndaşları üçün viza məhdudiyyəti ləğv olunmuşdur.

1989-cu ildən etibarən alban tələbələr proqramı üzrə Yaponiyada təhsil almaq hüququna malikdirlər. 2011–2017-ci ildə Albaniyanın yapon dili tədris olunmuşdur. 2012-ci ildə Albaniyanın ilk yapon dili lüğəti nəşr olunmuşdur. 2016-cı ildə Tirana Politexnik Universiteti yapon dili dərsləri təklif etməyə başlamışdır.