Abxaziyadakı pravoslav kilsəsi rəsmi olaraq Gürcü Apostol Avtokefal Pravoslav Kilsəsinin (Tsxum-Apxazeti Yeparxiyasının) bir hissəsidir, rəhbəri katolikos-patriarx II İlyadır.Gürcü-abxaz münaqişəsindən sonra Gürcüstanın avtokefal kilsəsi Abxaziyadakı mülkiyyətinə nəzarəti və yurisdiksiyasını itirdi. Bununla belə, Rus Pravoslav Kilsəsi və Konstantinopol Pravoslav Kilsəsi də daxil olmaqla, pravoslav inancının bütün avtokefal kilsələri Abxaziyanı gürcü avtokefal kilsəsinin bir hissəsi kimi tanıyır. Abxaziyadakı pravoslav kilsəsinin hazırkı rəhbəri Tsxum-Apxazeti Yeparxiyasının arxiyepiskopu Danieldir. Bununla belə, Gürcü Pravoslav Kilsəsi orada fəaliyyət göstərə bilmir və onun əksər din xadimləri, eləcə də kilsə Abxaziya müharibəsi zamanı və ondan sonrakı dövrdə qovulub.

Abxaziyadakı müharibədən sonra gürcü kilsəsinin yeganə pravoslav keşişi, etnik abxaz Vissarion (Appliaa) yerli pravoslav icmasına rəhbərlik edib. Sonrakı illərdə qonşu Rusiya Maykop Yeparxiyasının yenicə təqdis olunmuş din xadimləri Abxaziyaya gəldilər və tezliklə Vissarionla münaqişəyə girdilər. Rusiya kilsə rəsmilərinin vasitəçiliyi ilə hər iki tərəf 2005-ci ildə Maykopda hakimiyyətin bölüşdürülməsi razılaşmasına nail ola bildi və kanonik statusu hələ də müəyyən edilməmiş Abxaziya Yeparxiyasına çevrildi. Bununla belə, bu, fikir ayrılığını həll edə bilmədi və yeparxiya bölünməyə davam edir. Hazırda regionda onlarla pravoslav din xadimi var ki, onların əksəriyyəti Rus Pravoslav Kilsəsinə mənsubdur, yeparxiyanın de-fakto rəhbəri Vissarion isə nominal olaraq Gürcüstan Pravoslav Patriarxlığının tabeliyində qalır.

Gürcü kilsə rəsmiləri rus kilsəsinin Moskvaya sadiq keşişləri yetişdirməklə və göndərməklə Abxaziyaya müdaxilə etməsindən şikayətlənirlər. Rus kilsə rəsmiləri İncillərin abxaz dilinə tərcüməsini nəşr etdiriblər ki, bu da Gürcü Pravoslav və Apostol Kilsəsinin etirazına səbəb olub, bu da Pravoslav Kilsəsinin kanon qanunlarının pozulması, başqa bir pravoslav kilsəsinin daxili işlərinə qarışmaq və Abxaziyadakı gürcü pravoslav əmlakının ilhaqını təşkil edir. Rus Pravoslav Kilsəsi iddia edir ki, Maykop Yeparxiyasının din xadimləri Abxaziyada müvəqqəti xidmət edirlər, çünki yerli pravoslav dindarların Gürcü Pravoslav Kilsəsi ilə əlaqəsi yoxdur.

Abxaziya bölgəsində abxaz xalqından sonra ikinci ən böyük etnik qrupu təşkil edən Abxaziyada yaşayan etnik ermənilərin əksəriyyəti, ümumilikdə 215.000 nəfərdən 45.000 nəfərlə Abxaziya əhalisinin 20%-ni təşkil edən Erməni Apostol Kilsəsinə mənsubdur.

Abxaziyadakı Katolik Kilsəsi üçüncü ən böyük xristian məzhəbidir və əsasən ermənilər, polyaklar və Abxaziyada yaşayan mühacirlərdən ibarətdir. Müqəddəs Taxt-Tacın Abxaziya ilə diplomatik əlaqələri yoxdur, lakin apostol nunsisinin iki yüksək səviyyəli səfəri təyin olunub.

•  
  Yeni Afon Monastrı
•  
  Suxumidəki kilsə
•  
  Mokvi Kafedralı
•  
  Lixni Kilsəsi