Folklor İnstitutu 1994-cü ildə AMEA Nizami adına Ədəbiyyat İnstitutu nəzdində "Folklor sarayı" Elmi Mədəni Mərkəzi kimi fəaliyyətə başlamışdır. Fəaliyyətinin ilk illərində Mərkəz Azərbaycan folkloru, Türk xalqları folkloru, Aşıq yaradıcılığı və Kompüter mərkəzi kimi struktur bölmələrdən ibarət olmuş, 2000-ci ildə "Kitabi Dədə Qorqud"un 1300 illik yubileyi ilə əlaqədar olaraq Qorqudşünaslıq şöbəsi ilə zənginləşmişdir. 2003-cü ildən isə AMEA-nın müstəqil struktur vahidinə — Folklor İnstitutuna çevrilmişdir.

Azərbaycan folklorunun və mifoloji mətnlərinin respublikanın bütün regionlarından və azərbaycanlıların kompakt yaşadığı xarici ərazilərdən toplanılması, sənədləşdirilməsi, elmi təsnifi, kataloqlaşdırılması, tərtibi və nəşr edilməsi; folklor mətnlərinin variantlarının və qaynaqlarının üzə çıxarılması, Azərbaycan folklorunun tarixi xronoloji ardıcıllıqla inkişaf xüsusiyyətlərinin şərh edilməsi və nəzəri problemlərinin araşdırılması, Azərbaycan folklorunun lokal, regional, etnik, milli və universal xüsusiyyətlərinin və əlaqələrinin tədqiqi, Azərbaycan bölgələrinin zəngin folklor antologiyalarının, folklor və mif mətnləri toplularının yaradılması, çoxcildli folklor, mifologiya və folklorşünaslıq tarixinin hazırlanması.

• Klassik folklor şöbəsi
• Türk xalqları folkloru şöbəsi
• Dədə Qorqud şöbəsi
• Aşıq yaradıcılığı şöbəsi
• Mifologiya şöbəsi
• Mərasim folkloru şöbəsi
• Müasir folklor şöbəsi
• Folklor və yazılı ədəbiyyat şöbəsi
• Folklorun toplanması və sistemləşdirilməsi şöbəsi
• Musiqi folkloru şöbəsi
• Cənubi Azərbaycan folkloru şöbəsi
• Azsaylı xalqların folkloru şöbəsi
• Təhsil şöbəsi
• Xarici əlaqələr bölməsi
• Folklor fondu
• Şəki bölməsi
• Qazax-Borçalı bölməsi
• Redaksiya-nəşr bölməsi
• "Qorqud" folklor ansamblı

• Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyası