Azərbaycan SSR Elmlər Akademiyası Rəyasət Heyətinin 14 aprel 1972-ci il tarixli iclasnın qərarı ilə akademiyanın Fizika İnstitutunun nəzdində Şəki Zona Elmi Bazası (ŞZEB) yaradılmışdır. Bu müəssisənin yaradılmasında məqsəd Şəki-Zaqatala iqtisadi rayonunun sənaye və kənd təsərrüfatını daha da inkişaf etdirmək, elmin qabaqcıl nailiyyətlərini istehsalata tətbiq etməklə səmərəliliyi artırmaqdan ibarət idi. Sonralar Elmi Bazada müvafiq qruplar “Geologiya”, “Genofond”, “Biokimya” və “Biofizika” qrupları yaradılmışdır. 1972-ci ildə AEA-nın Fizika institutunun nəzdində Şəki Zona elmi bazası kimi yaradılmış, 1977-ci ildə Radiasiya bölməsinin tabeliyinə keçirilmiş, 1995-ci ildən müstəqil Şəki Regional Elmi Mərkəzinə çevrilmişdir. 1972-ci ildən ipəkçilik, fizika, kimya, geologiya, mədəni və yabanı bitkilərin genofondu laboratoriyaları, 1990-cı ildən sellərin öyrənilməsi və folklorşünaslıq və el sənətləri laboratoriyaları fəaliyyət göstərir. Azərbaycan Pespublikasının Şəki-Zaqatala zonası zəngin təbii coğrafi şəraitə malikdir. Bu bölgə əlverişli iqlimi, məhsuldar torpaqları, rəngarəng bitki və heyvanat aləmi, sənaye və kənd təsərrüfatı obyektləri, yol və kommunikasya sistemləri, tarixi, mədəni, irsi və təbii sərvətləri ilə fərqləndiyinə görə və bu bölgədə kompleks elmi-tədqiqat işləri aparılması üçün hər cür şəraitin olması nəzərə alınaraq, Şəki-Zaqatala bölgəsinin iqtisadiyyatının və mədəniyyətinin daha da inkişaf etdirilməsi əsas fəaliyyət istiqaməti kimi müəyyən edilmiş, aşağıdakı problemlərin elmi araşdırılması Şəki ZEB-na və hal-hazırda AMEA-nın Şəki REM-nə həvalə olunmuşdur:

• Bölgənin landşaftının, yerli flora və fauna ehtiyatlarının öyrənilməsi və istifadə edilməsi, təbiət abidələrin bərpası;
• Torpaqların məhsuldarlığının yüksəldilməsi və onların eroziyadan qorunması, meşə bitkilərinin inkişaf etdirilməsi, sel axınları ilə mübarizə tədbirlərinin müəyyənləşdirilməsi
• Bölgənin becərilən perspektiv bitkiləri üzrə genetika-seleksiya işləri və stasionar tədqiqatların aparılması;
• Biogeokimyəvi əyalətin tədqiqi. Bölgəyə xas olan yerli cins heyvan, quş və həşəratların genetikası və fiziologiyasının öyrənilməsi. Tibbi-bioloji tədqiqatlar aparılması üçün xətti təcrübi (laborator) tinglik və şitilliklərin, heyvan, quş və həşəratların yetişdirilməsi məqsədi ilə yetişdirmə müəssisələri (məntəqələri) yaradılması;
• Bölgənin xalq təsərrüfatı ilə əlaqəli bütün effektiv sahələrin inkişaf perspektivlərinin iqtisadi və coğrafi imkanlarının öyrənilməsi;
• Tut və qeyri-tut (vəhşi) ipəkqurdu baramasının kompleks fiziki metodlarının tədqiqi, heyvandarlıq, quşçuluq və arıçılıqda fiziki amillərin tətbiqinin stimullaşdırılması;
• Böyük Qafqazın cənub yamacının müvafiq zonasında mövcud olan yeraltı sərvətlərin sonrakı perspektivlərinin aşkar edilməsi məqsədi ilə axtarış işlərinin aparılması, eləcə də, sənayedə istifadə edilməsi və işlənməsi imkanları üçün yerli xammal ehtiyatlarının öyrənilməsi;
• Bölgədə təşəkkül tapan folklor və el sənətkarlığına aid olan örnəklərinin toplanması, sistemləşdirilməsi, araşdırılması və nəşr üçün hazırlanması;
• Bölgənin qədim dövr, orta əsrlər, yeni və müasir tarixinin, arxeologiyasının və etnoqrafiyasının araşdırılması, elmi nəşrlərdə və KİV-də işıqlandırılması

AMEA Şəki Regional Elmi Mərkəzinin fəaliyyət istiqamətləri

• Azərbaycanın insan, heyvan və bitki genofondunun tədqiqi, genetik kolleksiyalarının və məlumat bazalarının yaradılması” (“Tut ipəkqurdunun seleksiyası” şöbəsi)
• “Regionlarda yabanı bitkilərin genetik ehtiyyatlarının təbii areallarında tədqiqi, mühafizəsi, bərpası, çoxaldılması, reintroduksiyası və səmərəli istifadəsi üzrə fəaliyyətin həyata keçirilməsi” (“Bitkilərin biokimyası” və “Bitkilərin Genofondu və Biomüxtəliflik” şöbələri)
• “Təbii fəlakətlərin və texnogen sferadakı baş verə biləcək təhlükələrin proqnozlaşdırılması və operativ məlumatlandırılması” (“Landşaftşünaslıq” şöbəsi)
• “Regionlar üzrə ekosistemə dair tədqiqatların aparılması, ekoturizm potensialından səmərəli istifadənin yollarının müəyyənləşdirilməsi” ("Ekoloji coğrafiya" şöbəsi)
• “Ətraf mühitin mühafizəsi və təbii ehtiyatların, o cümlədən bioloji müxtəlifliyin tədqiqi və səmərəli istifadəsində müasir yanaşmalar” (“Ekoloji Biofizika” şöbəsi)
• “Milli-mənəvi irsin dərindən öyrənilməsi, Azərbaycançılıq ideologiyasına aid məsələlərin işlənib hazırlanması, Azərbaycan tarixinin, xüsusən ən yeni tarixin tədqiqi”(“Tarixi İrs və Etnoqrafiya” və “Folklorşünaslıq və el sənətləri” şöbələri)

İpək çıxımı 8–10% artıq olan xəstəliyə dözümlü tut ipəkqurdu xətləri yaradılmışdır. Biostimulyatorların tut ipəkqurdunun məhsuldarlığına təsiri öyrənilmişdir. Gön-dəri, yun məhsullarının yeni alınmış təbii boyaq maddəsi ilə rəngləmə üsulu təklif edilmişdir. Sel, onu yaradan amillər, formalaşmasının qarşısının alınması məqsədilə təkliflər hazırlanmışdır. Yeni alma və armud sortları yaradılmışdır. Polimetal filiz yataqlarının axtarışında indikatorların rolu öyrənilmişdir. Bölgə folklorunun toplanması, tədqiqi aparılmış, folklor muzeyi yaradılmışdır. Bölgənin Şəki, Qax, Zaqatala, Balakən, Oğuz rayonları üzrə coğrafi problemlər və xeyir-dualar kitabları buraxılmışdır. 2 namizədlik dissertasiyası müdafiə edilmişdir.

• Landşaftşünaslıq şöbəsi
• Ekoloji coğrafiya şöbəsi
• Bitkilərin biokimyası şöbəsi
• Tut ipəkqurdunun seleksiyası şöbəsi
• Ekoloji biofizika şöbəsi
• Genofond və Biomüxtəliflik şöbəsi
• Ədəbi- mədəni mühit, folklor və etnoqrafiya şöbəsi
• Tarixi, arxeologiya və epiqrafika şöbəsi

1. (1972 – 2014) — Zəkəriyyə Əlizadə, geologiya-mineralogiya elmləri doktoru, professor
2. (2014 – indi) — Yusif Şükürlü, fizika-riyaziyyat üzrə fəlsəfə doktoru

• Bolqarıstan Plovdiv Aqrar Universiteti.
• Bolqarıstan Vratsa İpəkçilik və Əkinçilik üzrə Təcrübə stansiyası.
• Tacikistan Kənd Təsərrüfatı Akademiyası Xudjənd İpəkçiik Təcrübə stansiyası.
• Özbəkistan Daşkənd Elmi-tədqiqat İpəkçilik İnstitutu.
• Gürcüstan Kənd Təsərrüfatı Akademiyası.
• Hindistan Maysori İpəkçilik üzrə Təlim və Tədris Mərkəzi

• AMEA Genetik Ehtiyatlar İnstitutu
• AMEA Coğrafiya İnstitutu
• AMEA Dendrologiya İnstitutu
• AMEA Zoologiya İnstitutu
• AMEA Arxeologiya və Etnoqrafiya İnstitutu.
• AR Kənd Təsərrüfatı nazirliyi Gəncə Elmi-Tədqiqat Heyvandarlıq İnstitutu.
• Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyası Naxçıvan Bölməsi