Ağkilsə kəndinin yaranma tarixi XVI əsrin əvvəlinə (1610) təsadüf edir. Kəndin bünövrəsi Ərdəbil və Sulduz əyalətlərindən Göyçə mahalına gələn tayfasından olan dörd qardaşlar tərəfindən salınmışdır. Qardaşlar Göyçə mahalının ozan (aşıq) məktəbinin banilərindən biri olan Aşıq Ələsgərin təmsil etdiyi tayfasının sakinləri ilə xala oğludurlar.

Cənubi Azərbaycan xanları ilə aralarında olan uzun müddətli çəkişmələrə tab gətirə bilmədiklərinə görə, Göyçə mahalına gələrək, indiki Ağkilsə kəndində III-V əsrlərdə yaşamış albanların tarixindən bəhs edən Ağkilsəni özlərinə yaşayış yeri seçərək orda məskunlaşıb yaşamışlar. Kəndin ilk adının Ağkilsə adlandırılması da oradan yaranmışdır.

Kəndin bünövrəsini qoyqn tayfasından dörd qardaşdan biri Ağkilsə kəndindən Dərəçiçək (Razdan) rayonunun kəndinə köçərək orada məskan salmışdır. Kənd rayon mərkəzindən 12 km şərq tərəfdə düzənlikdə yerləşmişdir. Kənd şərq tərəfdən Zərzibil kəndi ilə 2 km, qərb tərəfdən Nərimanlı kəndi ilə 5 km, şimal tərəfdən Zod kəndi ilə 2 km, cənub təfərdən isə ilə 4 km həmsərhəddir.

Kəndin eni 0.5 km, uzunluğu isə 1.5 km-dir. Kəndin 1521 hektar torpağı olmuşdur. Ondan 525 hektarı əkənək, 996 hektarı isə ilə birlikdə biçənək və otaraq sahələridir. Kəndin yarandığı ilk gündən 1988-ci ilin dekabırına qədər iki dəfə dəyişdirilmişdir. Kəndin ilk adı 1975-ci ilin yanvarın 3-nə qədər Ağkilsə, ikici adı isə 1988-ci ilin dekabrına qədər Azad olmuşdur. Bu ad erməni daşnaqlarının apardıqları Antitürk siyasətinin təsiri nəticəsində qoyulmuşdur. Kəndin ərazisində adları Türk toponimlərdən ibarət çox gəzməli və mənzərəli qədim yurd yerləri vardır. Onlardan kəndin şimal tərəfində 2 km məsafədə yerləşən, Qaraqoyunlu kəndinin ərazisi olan çayına 100 m qalmış Ocaq daşı, kəndin yenə şimal tərəfində yerləşən Axund təpəsinin sol tərəfindəki "Bəzirxana"]], kəndin mərkəzindəki "Dədə Ələsgər"-in qəbir üstü abidəsi və XIX əsrin sonlarında kəndin Hacılar tayfasının sakinləri tərəfindən tikilmiş məscid dini, kəndin mərkəzindəki tarixi III-V əsrlərə təsadüf edən albanların 1254-cü ilə qədər yaşamasından bəhs edən, 1254-cü ildə Türk xeyriyyəçisi tərəfindən təmir olunan və balaca giriş qapısının üstündəki daş kitabənin üzərində "Qrabar" əlifbası ilə yazı olan Alban kilsəsi isə tarixi abidədir. Həmin kitabədə yazılan yazının oxunması çox çətin olduğu üçün ermənilər kilsəni özlərinə aid edirdilər. Bu məsələni aydınlaşdırmaq üçün 1958-ci ildə Basarkeçər rayon XDS. İK-nin sədri vəzifəsində işləyən kənd sakini Göyçə mahalının tanınmış və qeyrətli oğullarından biri el ağsaqqalı kilsənin tarixini erməni daşnaqları tərəfindən saxtalaşdırıldığını görüb İrəvan şəhərindən Alban tarixini və əlifbasını kamil bilən professor dəvət edir.

Zod qızıl mədənini direktoru işləmiş Brest qalasının müdafiəçisi olan iştirakı ilə təşkil onunan komissiya həmin daş kitabəni oxuyaraq bir daha təsdiq etdi ki, həqiqətən həmin kilsə albanlara məxsusdur. Kəndin ərazisindəki qədim yurd yerlərindən (Böyük bulaq), , ,((Hallaclı yurdu)) , , , , , , , və adlanan yerləri göstərmək olar. adlanan yerdə aparılan arxeoloji qazıntılar zamanı üç dörd mərtəbəli qəbirlər tapılmışdır. Kəndin ərazisində müxtəlif dövrlərdə kənd və qonşu kəndlərinin əhalisinə xidmət edən 3 ədəd su ilə işləyən un dəyirmanları olmuşdur.

• Alməmməd kişi — Aşıq Ələsgər və Çoban Məhəmmədin atası
• Aşıq Ələsgər,
• Çoban Məhəmməd — şair, ustad aşıq.
• Aşıq Musa (1830-1912) - XIX əsr Azərbaycan aşıqlarındandır.
• Növrəs İman,
• Aşıq Qurban- ustad aşıq.
• Aşıq Musa Ağkilsəli- ustad aşıq.
• Aşıq Talıb,
• İsmixan Didərgin,
• Aşıq Nəcəf Ağkilsəli,
• İslam Ələsgər,
• Haqverdi Talıboğlu,
• Şair Əbdüləzim — el şairi.
• Bəşir,
• ,
• ,
• Bəylər Məmmədov,
• Pənah Qurbanov
• Əli Qurban Dastançı — el şairi.

• Qəşəm Məhərrəmov, İntiqam Məhərrəmov, "Başı dumanlı Göyçə", Gəncə-2007.

1.  (erm.).