1937-ci il oktyabrın 14-də Azərbaycan SSR-in rəhbər orqanlarına imzasız məktub daxil olur. "Mən sizə əsl bir müsavatçı haqqında məlumat verməyi özümə borc bilirəm. Akademiyanın elmi işçisi, ADU-nun və APİ-nin müəllimi, xalq düşməni, professor Bala bəy Həsənbəyovun sağ əli, Kirovabad şəhərində anadan olmuş, Bakıda çoxdan yaşayan vətəndaş Ağamir Məmmədov, onun atası, əmisi oğlanları, bir sözlə, bütün məmmədovlar ailəsi Müsavat partiyasının üzvüdürlər. Həsənbəyovun bütün sirlərini Ağamir Məmmədovdan öyrənmək olar…". A. Məmmədov o dəqiqə həbs edilir. Böhtançı-iftiraçı istintaq maşını təcili hərəkətə gəlir. "Sübutlar" çoxdan hazırdır, "şahidlər" sanki qapı dalında gözləyirdilər. Biri deyir, "Ağamir Məmmədovun "Bəhai" və "İslam, yaxud panislamizm" kitablarında onun əksinqilabi görüşləri açıq-aydın görünür". Başqa birisi yazır ki, "Azərbaycanda kəndli üsyanı" adlı broşürsında A. Məmmədov çarizmə qarşı mübarizə aparan kəndlilərlə yanaşı bəy və xanları da mübariz kimi ideallaşdırır".

A. S. Bukşpan adlı bir nəfər isə göstərir ki, "Ağamir Məmmədov özünün "Çarizm dövründə Azərbaycanda təhkimçilik münasibətlərinin qanuniləşdirilməsi" əsərində çarizmin yeritdiyi təhkimçilik qaydalarının indi də təkrar olunduğunu iddia edən görüşləri təbliğ edir". Tarixçi-alim üç aylıq qərəzli istintaqın hər cür əzab və əziyyətinə mərdanə dözür. Bütün sənədlərdə qeyd olunur ki, "Müttəhim A. S. Məmmədov özünü günahkar bilməmişdir".

1938-ci il yanvarın 5-də Ağamir Sadıq oğlu Məmmədov güllələnməyə məhkum edildi.

Qəddarlıq bununla bitmir. Alimin həyat yoldaşı, yazıçı-pedaqoq Rəşid bəy Əfəndiyevin qızı Neymə xanım da 8 il müddətinə azadlıqdan məhrum olunur.

Neymə xanım uzaq Sibirdən qayıdan kimi sədaqətli həyat yoldaşının saf adının təmizə çıxarılması üçün cidd-cəhdlə çalışır. Məhz onun təkidi, tələbi ilə 1938-ci il 5 yanvar tarixli hökm cinayət tərkibi olmadığına görə ləğv edilir.

1938-ci il yanvarın 5-də Ağamir Sadıq oğlu Məmmədov güllələnməyə məhkum edildi.