XV əsrin ortalarından etibarən Səfəvilər daha fəal siyasət yeritməyə başladılar. Onlar uğurlu yürüşlər keçirərək böyük qənimətlər əldə edir və tədricən Ərdəbildə öz mövqelərini möhkəmləndirirdilər. XV əsrin ikinci yarısında Muğanın bir hissəsi, Qarabağ və Azərbaycanın Talış dağlarına qədər olan şərq torpaqları onların təsiri altına düşdü. Həm də Səfəvilərin ayrı-ayrı nümayəndələri (Şeyx Cüneyd, Şeyx Heydər) tarix səhnəsində ruhani başçısı kimi yox, siyasi xadim kimi çıxış edirdilər.

Bu vaxt Azərbaycanın cənubunda Qaraqoyunlu Cahanşah hökmranlıq ednrdi. O, Şeyx Cüneydin qüvvətlənməsindən ehtiyatlandığı üçün dövlətin ərazisini tərk etməyi ondan tələb etdi.1449-cu ildə Cüneyd Ərdəbili tərk etdi, Misiri, Suriyanı, Mesopotamiyanı gəzib dolaşdıqdan sonra Diyarbəkrə qayıtdı və burada Qaraqoyunlu dövlətinin rəqibi Uzun Həsən tərəfindən səmimi qarşılandı və onunla qohumluq əlaqəsi yaratdı. O, dörd ilə yaxın Diyarbəkrdə qaldı. Bu müddətdə Kiçik Asiyada-Kilikiyada qonşu tayfalalarla ilə əlaqəsini möhkəmləndirdi və müridlərinin sayını xeyli artırdı. Ustaclı, şamlı, rumlu, əfşar, qacar, təkəli, zülqədər, varsağ, bayat, qaramanlı, baharlı, alpout, ərəşli, qazaxlı türkdilli tayfaları, Qaradağ, Əhər Talış sufiləri də Səfəvilərə qoşuldular. Bundan əlavə, Cüneyd Türkiyədə, Suriyanın şimalında, Maraş, Antak, Kilis bölgələrində və Mesopotamiyada ətrafına çoxlu mürid topladı.

Cüneyd Ərdəbildən gedəndən sonra hakimiyyəti Şeyx Cəfər idarə edirdi. 1459-cu ildə Cüneyd bir qrup müridlə doğma Ərdəbilə qayıtmaq istədi, lakin Şeyx İbrahimin oğlu Şeyx Cəfər onu Ərdəbilə buraxmadı.1460-cı il martın 3-də Cüneyd buradan Dağıstana və Şirvana yürüş etdi. Şirvanşah I Xəlilullah vəziyyətin ağırlığını görərək Cahanşahla ittifaqa girdi və Dərbənd yaxınlığında Səfəvi qoşununun qabağını kəsdi. Samur çayı sahilində tərəflər arasında böyük toqquşma oldu. Döyüş Səfəvilərin məğlubiyyəti və Şeyx Cüneydin ölümü ilə nəticələndi. Səfəvi müridlərinin bir hissəsi Ərdəbilə qayıtdı.

Şeyx Heydərin vaxtında qazı, sufi dəstələri dürüst hərbi qaydada təşkil olundular. Əvvəlki türkmən başlıqları əvəzinə indi on iki imamın (müqəddəs şiələrin) şərəfinə başlarına on iki zolaqlı qırmızı çalma qoyurdular. Ona görə də, onlara qızılbaşlar deyirdilər. Bu tədbirin həyata keçirilməsi tezliklə Şeyx Heydəri məşhurlaşdırdı. Venesiyalı Katerino Zeno yazır kn, müasirləri ona "qurban olduğum, sadağa olduğum, pirim, mürşüdüm"-deyə müraciət edirdilər. Rum, Qaraçadağ və Talış müridləri ona allah kimi baxır, namazı, kütləvi duanı (ibadəti) rədd edir, şeyxi özlərinin qiblələri, fövqəltəbii xilqət, varlıq hesab edirdilər.

Müasirlərinin məlumatına görə, Şeyx Heydər son dərəcə cəsur idi. O, xeyli qoşun və silah topladıqdan, nominal asılı olduğu qaynı-Uzun Həsənin oğlu Yaqub padşahla razılığa gəldikdən sonra 1483-cü ildə Dağıstana və Şirvana yürüş etdi. Qızılbaşlar bu yürüşdən xeyli qənimətlə və əsirlə geri qayıtdılar. 3487-ci ildə ikinci dəfə yürüş etdilər. Bu dəfə altı min nəfər əsir gətirdilər. Şeyx Heydərin uğurlu iki yürüşü qonşu dövlətləri, həmçinin, Sultan Yaqubu da qorxuya saldı. O, Səfəvilərin güclənməsindən ehtiyat etdiyinə görə, Heydərin Şirvana sonuncu yürüşü zamanı (1488) Şirvanşah Fərrux Yasara kömək etdi. Öz sərkərdəsi Süleyman bəy Bicanoğlunun komandanlığı altında qızılbaşlarla döyüşə qoşun göndərdi. Birləşmiş qoşunla toqquşmanın labüd olduğunu görən şeyx cənuba- Tabasarana döndü. 1488-ci il iyunun 9-da burada, Şahdağın ətəyində Şirvanşahın birləşmiş qüvvələri ilə qızılbaşlar arasında qanlı döyüş baş verdi. hər iki tərəf xeyli itki verdi. Şeyx Heydər öldürüldü.

Beləliklə, XV əsrin ikinci yarısında Səfəvilərin öz hakmiyyətlərini Şirvana yaymaq cəhdləri baş tutmadı. Səfəvilərin Ərdəbil hakimiyyəti zəiflədi. Yaqub padşah Ərdəbili və Səfəvilərin başqa torpaqlarını işğal etdi. Heydərin oğlanlarını- Sultanəlini, İbrahimi və hələ iki yaşı tamam olmamış İsmayılı əsir aldı. Feodal pərakəndəliyi ölkənin ayrı-ayrı hissələri arasında təsərrüfat əlaqələrinin möhkəmlənməsinə mane olur və məhsuldar qüvvələrin inkişafını ləngidirdi. Ağqoyunlu şahzadələri arasında baş verən ara müharibələri feodal hakimlərin özbaşınalığının artması kənd təsərrüfatı və sənətkarlığının tənəzzülünə səbəb oldu, şəhər və kənd əməkçilərinin vəziyyətini ağırlaşdırdı. Belə bir vəziyyət ticarətin də inkişafına mane olur, quldurlar tez-tez mal daşıyan karvanlara basqınlar edirdilər. Feodal pərakəndəliyi, həmçinin, yadellilərə qarşı mübarizədə xalqın birliyinin yaranmasına mane olurdu. Odur ki, Azərbaycanı siyasi cəhətdən birləşdirmək zərurəti meydana çıxmışdı. Bu birləşmə Azərbaycan əhalisinin geniş təbəqələrinin mənafeyinə uyğun gəlirdi. Yalnız belə bir dövlət hakimiyyəti yaratmaqla feodal pərakəndəliyini aradan qaldırıb Azərbaycanın müstəqilliyini qorumaq olardı.1500-cü ilin payızında qızılbaş qoşunu Kürü keçib, Şirvan ərazisinə daxil oldu. Fərrux Yasar Şamaxını müdafiə etməkdə acizlik göstərərək, Qəbələyə qaçdı. Qızılbaşlar müqavimətə rast gəlmədən Şirvanın paytaxtını tutdular. Fərrux Yasarla İsmayılın qoşunu arasında döyüş 1500-cü ilin sonunda, Gülüstan qalasından bir qədər aralı Cabanı adlanan yerdə baş verdi. Döyüşdə Şirvanşahlar məğlub oldular. Şahgəldi ağa Fərrux Yasarın başını kəsib İsmayıla gətirdi. Qızılbaşlar Şirvanşahların böyük sərvətini ələ keçirdilər.

Fərrux Yasarın döyüşdən salamat çıxan oğlu İbrahim (Şeyxşah) Xəzər sahilindəki Şəhrin adlı yerə gəlib dağınıq qoşunu toplamaqa başlayır, lakin Hadim bəy Hülafənin (Hülafə bəy) gəlişini eşidib gəmi ilə Gilana adlayır.

XV əsrdə Bakı Azərbaycanın iri ticarət və sənətkarlıq mərkəzi, habelə, Xəzər sahilində mühüm liman idi. Şamaxı ilə yanaşı o, Şirvan hakimlərinin iqamətgahı idi. Xəzinə və böyük dəyərli Şirvanşahlar sarayı burada yerləşirdi. İbrahim Amini yazır ki. Qalanın dörd tərəfdən xarici aləmlə əlaqəsi var idi. Onların üçü dənizə, biri isə quruya çıxırdı. Qalanı həm də dərin xəndəklər müdafiə edirdi.

Bakının sakinlərn çoxdan idi ki, Şirvanşahlara bağlı idilər. Məhz onların köməyilə şəhər lazımi iqtisadi inkişaf zirvəsinə qalxmışdı. Cabanı döyüşündən sonra İsmayıl Muğana Mahmudabada (Salyan yaxınlığında) qışlamağa getdi. Burada o, xəbər tutdu ki, Bakı sakinləri xərac verməkdən imtina edir və qızılbaşlara inadlı müqavimət göstərirlər. 1501-ci ilin yazında İsmayıl Bakı qalasını ələ keçirmək üçün öz sərkərdələrindən Məhəmməd bəy Ustaclı və İlyas bəy Xunuslunu ora göndərdi. Onlar qalanın təslim olmasını tələb etdilər. Fərrux Yasarın oğlu Qazı bəy Şirvanın dağlıq yerlərində Səfəvilərə qarşı müqaviməti davam etdirdiyi üçün qalanı onun arvadı müdafiə edirdi. O isə verilən təklifi qəti surətdə rədd etdi. Həsən bəy Rumlunun məlumatına görə, hətta o, qalanın təslim olması təklifini gətirən Səfəvi elçisinin və şəhəri təslim etməyi məsləhət görən Bakı darğası Əbdül Fəttahın edam edilməsini əmr etdi. Bakılıların inadlı müqavimətini və sərkərdələrinin uğursuz cəhdlərini görən İsmayıl 1501-ci ilin yazında ən yaxşı sərkərdəsi Hülafə bəyi Bakıya göndərdi. Mühasirənin sonunda isə özü gəldi. İsmayılın əmrilə qızılbaşlar qala divarları altından lağım atıb bürclərdən birini uçurduqdan sonra şəhərə daxil oldular. Qızılbaşlar şəhəri talan edib, Şirvanşahların xəzinəsini ələ keçirdilər. Bakı əhalisinin kütləvi qırğınından ehtiyat edən 70 nəfər şəhər əyanı əllərinə Quran götürərək, İsmayılın yanına gəlib şəhər əhalisini bağışlamağı xahiş etdilər. İsmayılın göstərişilə talan və qırğın dayandırıldı. Gələnlər, qazı və şeyxlər şəhər darvazalarını qızılbaşların üzünə açdılar. Hadim bəyin göstərişi ilə Şeyx Cüneydin ölümünə səbəb olan Fərrux Yasarın atası I Xəlilullahın qəbri açılıb sümükləri yandırıldı. Şirvan sərdabəsi dağıdıldı. Bakı istila sdildikdən sonra Şirvan qızılbaşlardan asılı vəziyyətə düşdü, lakin bu asılılıq hələ tam deyildi.

Cabanı döyüşündə İsmayıl tərəfindən darmadağın edilmiş Şirvan qoşununun bir hissəsi Gülüstan, Buğurd və Surxab qalalarında müqavimət göstərməyi davam etdirirdilər. Ona görə də, İsmayıl Bakını tutduqdan sonra Gülüstan qalasına doğru irəlilədi. Anonim tarixçi yazır ki, İsmayıl "dövlətin sutunlarını" -Hüseyn bəy Lələni, Məhəmməd bəy Ustaclını, Əbdi bəy Şamlunu, Hadim bəy Hülafəni, Qara Piri bəy Qacarı yanına çağırıb soruşdu: "Siz Azərbaycan taxtını, yoxsa Gülüstan qalasını istəyirsiniz?" Onlar "Azərbaycanı istəyirik",- deyə cavab verdilər. Aydındır ki, İsmayıl və qızılbaş əyanları Təbriz taxtını ağqoyunlulardan geri alıb Azərbaycanda öz hakimiyyətlərini qurmağı başlıca vəzifə hesab edirdilər.