Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyası Naxçıvan Bölməsinin Əlyazmalar Fondu H. Əliyevin 07 avqust 2002-ci il tarixli " təsis edilməsi haqqında" sərəncamına müvafiq olaraq yaradılmış, 08 aprel 2005-ci ildə fəaliyyətə başlamışdır.

Naxçıvan əlyazmalarının toplanması, sistemə salınması, kataloqlaşdıdırlması, qorunması, tədqiqi, nəşri və təbliğidir.

• Əlyazmaların toplanması şöbəsi.
• Əlyazmaların kataloqlaşdırılması, tədqiqi və nəşri şöbəsi.
• Əlyazmaların mühafizəsi, gigiyenası və bərpası laboratoriyası.

Naxçıvanın tarix və mədəniyyətinə aid yeni məlumatların əldə olunması və təbliği istiqamətində: Məhəmməd Həsən Ordubadinin "Astronomiya" əsərinin tərcüməsi və tədqiqi, Mirzə Məhəmməd Haşim ibn Museyib Naxçıvaninin "Həqaiqiət-Tarix" əsəri haqqında ilk məlumat, Suli Fəqihin "Yusif və Züleyxa" əsərinin tərcümə və tekstaloji tədqiqi, Məhəmməd Naxçıvaninin "Səhabəd Dumu" əsərinin mətn xüsusiyyətlərinin təhlili, Hatif İsfəhaninin "Tibbinamə" əsərinin aşkarlanması və ilk tədqiqi, Fazil Naxçivaninin "Tibbinamə" əsərinin ilkin araşdırılması, tibbinamələrin mətn xüsusiyyətləri və tərcüməsi, Əliqulu Mirzayi Naxçıvaninin "Əqaide-fəlsəfə" əsərinin ilk tədqiqi, Naxçıvanı tədqiq və Tətəbbö Cəmiyyətinin ərəb əlifbası ilə yazılan 41 iclas protokolunun əlyazma mətnlərinin araşdırılması və təhlili.