1947-ci ildə Pakistan müstəqliyini elan etdikdən sonra BMT üzvlüyünə səs keçirilərkən Əfqanıstan buna qarşı çıxır. Lakin bir necə aydan sonra qərarını dəyişmişdir. Pakistan ilə Əfqanıstan arasında münasibətlər getdikcə pisləşməyə başlamışdır. 26 iyul 1949-cu ildə Pakistan hərbi hava qüvvələrinin Dyuranda xəttini keçib əfqan kəndi üzərindən uçmasından sonra Loya cirqada toplantı keçirilmişdir. Bu hadisədən sonra Əfqanıstan Dyuranda xəttinin sərhəd olması tabımadığını, əvvəllər sərhədlə bağlı imzalanmış bütün müqavillərdən imtina etdiyini bəyan edir. 1950 və 1951-ci illərdə Əfqanıstan istiqamətdən Pakistan ərazisinə qanunsuz hərbi birləşmələr Pakistan ərazisinin bir qismini əfqanıstana birləşdirmək cəhdlərini edir. Ancaq bütün cəhdlər uğursuzluğa uğrayır. Buna cavab olaraq Pakistan Əfqanıstanla bütün diplomatik əlaqələri kəsir, diplomatlarını geri çağırır və Kabula neft ixracını üç ay müddətində dayandırır. 1970-ci illərdə iki ölkə arasında münasibətlər yenidən pisləşir. Zülfüqar Əli Bhuttonun hökuməti ilə puşdu və bəlluc millətçiləri arasında münaqişə baş verdikdə Əfqanıstanın onları dəstəkləməsi əsas səbəblərdən biri idi. Bundan sonra Pakistan sərt tədbirlər görməyə başlayır. İlk öncə Əfqanıstan hökumətinin əsas düşməni olan islamçıları dəstəkləyir. Onlar gələcək mücahidlər olan Əhməd Şah Məsud və Gülbəddin Hikmətyari də dəstəkləyirlər. Bu əməliyyatlar uğurla nəticələnir. 1977-ci ildə Məhəmməd Davud hökuməti bütün sərhəd məsələlərində kompiramisə getməyi belə qərara alır. Buna səbəb isə Pakistan konstitusiyasında puştulara muxtariyyət verilməsi imkanının olması idi. Ancaq bu Bhutto hökuməti tərəfindən önlənilir.

1978-ci ildə Pakistanda hakimiyyətə başda Məhəmməd Ziyaülhaqq olmaqla hərbiçilər hakimiyyətə gəlir. Əfqanıstanda isə SSRİ tərəfindən Sovet hamimiyyəti qurulur. Əfqanıstan üsyançıları başda Gülbəddin Hikmətyar və Məhəmməd Rəbbani silahlandırılır. Üstəlik onlara Pakistan kəşfiyyatı yardım göstərir.

1979-cu ili dekabrında SSRİ Əfqanıstana qoşun çıxardır. Bundan sonra Pakistanla ABŞ arasında isti münasibətlər yaranır. ABŞ Prezidenti Cimmi Karter Soyuq müharibədə "cəbhə dövləti" adlandırır və ölkəyə 400 milyom ABŞ dolları yardım təklif edir. Ancaq Məhəmməd Ziyaülhaqq bundan imtina edir. Ronald Reyqanın dövründə ABŞ PAkistanı Sovetlərlə mübarizəyə cəlb edə bilir. Pakistana 3,2 mlrd dollar yardım göstərilir. Üstəlik 40 ədəd F-16 təyyarəsi Pakistana hədiyyə edilir. 1986-cı ildə isə növbəti proqramla 4 mlrd dollar yardım göstərilir. Bunun 57 % iqtisadi, yerdə qalanı isə hərbi yardımlar idi.

1985-ci ildə SSRİ-də hakimiyyətə Mixayıl Qarbaçov gəlir. Onun Əfqanıstan müharibəsinə münasibəti fərqli olur. 1989-cu ilin fevralından sovet qoşunları Əfqanıstandan çıxarılır. Bundan sonra ABŞ və Pakistan arasında münasibətlər kəskinləşdi. Belə ki, ABŞ Əfqanıstanda islamçıların hakim mövqedə olmasından narahat idi.

2001-ci ildə başlanan Əfqanıstan müharibəsi zamanı Beynəlxalq güclər əvvəlcə Şimal Alyansını daha sonra isə Əfqanıstan hökumətini dəstəkləməyə başlayırlar. Ona qədər isə Əfqanıstan ərazisinin böyük hissəsi talibblərin əlində olmuşdur. 2002-ci ildə BMT sesiysında Pakistan 3.8 milyon qaşqını qəbul etməyə razılıq verir. Pakistan sərhədə qoşun çıxardaraq baryerlər təşkil edir. bunu səbəblərindən biri də xarici terrorçuların böklgəyə gəlişini əngəlləmək olur. Bundan sonra Əfqanıstan, Pakistan və ABŞ silahlıları sərhəddə tez-tez reydlər keçirərək məsələni həll etməyə çalışırdılar.

2007-ci ilin mayında Əfqanıstan-Pakistan sərhəd toqquşması baş verir. Pakistan qüvvələri Əfqanılstan ərazisinə daxil olaraq burada post qururlar. Qısamüddətli münaqişədə onlarla insan həlak olur. 2017-ci ili mayında isə Bəllucistanın Çaman şəhərində iki ölkə ordusu arasında toqquşma baş verir. Hər iki tərəf itki vermişdir.

2017-ci il məlumatına görə Pakistanda 2–2.4 milyon arası əfqan əsilli qaçqın yaşayır.

2006-cı ildə iki ölkə arasında ticarət dövriyyəsi 0,8 mlrd ABÇ dolları olmuşdur. 2013-cü ildə isə iki ölkə arasında ticarət dövriyyəsi 2.1 mlrd dollara çatdırılır. 2015-ci ilə olan məlumata görə Pakistan Əfqanıstanın əsas ticarət tərəfdaşıdır. 2016-cı ildən isə iki ölkə arasında ticarət əlqələri azalaraq 1,5 mlrd dollara düşmüşdür. 2017-ci ildə isə siyasi münasibətlərin pisləşməsi ilə bu rəqəm 500 milyon dollar olmuşdur.