Hər iki ölkə ortaq bir mədəniyyət, tarix və dil vardır. Min illərlə iki xalq arasında mədəni əlaqələr mövcud olmuşdur. Fars dilinin şərq ləhcəsi olan Dari, Əfqanıstanın rəsmi dilindən biridir. Əfqanıstanda İranda olduğu kimi bir İslamdan öncə qeyd olunan Novruz bayramı vardır. 1978-ci ildə Əfqanıstandakı siyasi qeyri-sabitliyə görə ölkələr arasında münasibətlər pisləşmişdi. 1998-ci ildə Taliban Məzari-Şərifdəki İran konsulluğunu ələ keçirdi, orada olan heyət və diplomatları güllələdi. Bu hadisədən sonra İran bu ölkəyə hərbi bir hücum planlaşdırdı. Lakin BMT Təhlükəsizlik Şurasının və ABŞ-nin müdaxiləsi iranlıları bu planları tərk etməyə məcbur etdi. 2001-ci ildə Əfqanıstanın şiə azlığının Taliban tərəfindən təzyiqlərə məruz qalmağa başladı. Bu zaman İranın Şimali Alyansa dəstək verməyə başlaması ilə dövlətlərarası münasibətlərdə gərginlik artdı. 2001-ci ilin oktyabrında Beynəlxalq Təhlükəsizliyə Yardım Qüvvələri tərəfindən Əfqanıstanın işğalı və Talibanın süqutundan sonra İran və Əfqanıstan arasında ikitərəfli münasibətlər yaxşılaşdı. 2010-cu ildə NATO İranı Taliban İslamçılarına dəstək verməkdə ittiham etdi.

2001-ci ilin sonlarında Taliban hökuməti devrildikdən sonra iki xalq arasında ticarət kəskin şəkildə artdı. İran və Əfqanıstan Məşhəd ilə Heratı birləşdirən yeni bir dəmir yolu xətti çəkməyi planlaşdırır. 2009-cu ildə İran Əfqanıstanda ən çox yollar və körpülərin tikintisi, eləcə də kənd təsərrüfatı və səhiyyə sahəsində ən böyük investorlardan biri olmuşdur. Əfqanıstan Ticarət və Sənaye Palatasına görə, 2008-ci ildə İranın Əfqanıstana ixracı 800 milyon dollar təşkil etmişdir. İran Əfqanıstandan 4 milyon dollar dəyərində mal (meyvə, mineral, qiymətli zərgəlik məhsulları) idxal etmişdir. İran Əfqanıstana əsasən neft məhsulları, sement, tikinti materialları, xalçalar, məişət texnikası və yuyucu vasitələr ixrac etdir. İran isə Əfqanıstandan fındıq, xalça, kənd təsərrüfatı məhsulları, eləcə də əl işləri idxal edir. Əfqanıstan kənd təsərrüfatı məhsulları xaricində ehtiyaclarının 90 faizini idxal edir.

Əfqanıstan əsas tiryək istehsalçısıdır. Əfqanıstan dünya heroinin 90% -ni istehsal edir. Bu narkotik vasitələrin bir qismi İrana, oradan da Avropa ölkələrinə qaçaqmalçılıqla daşınır.