Şarl Anri Oqüst Şefer 1820-ci ildə Paris şəhərində doğulmuşdu. Ali təhsilini École Nationale des Langues Orientales Vivantesdə tamamlamışdı. Fransanın Osmanlı ölkəsindəki Qüds, İzmir və olan təmsilçiliklərində uzun müddət mütərcim kimi çalışdıqdan sonra 1849-cu ildə İstanbul səfirliyinin başmütərcimliyinə təyin edilmişdi. 1856-cı ildə Parisə döndü; ertəsi il École des Langues Orientales Vivantesin Fars dili müəllimi, 1867-ci ildə isə müdiri olaraq təyin edildi. 1860-cı ildə Suriya, 1862-ci ildə Qırmızı dənizlə ilgili olaraq dövləti təmsilən o bölgələrə göndərilmişdi. Ölümünə qədər işlədiyi məktəb müdiri kimi məktəbin kitabxanasını zənginləşdirən Şefer rəsmi vəzifələri ilə bağlı verilən bir çox dövlət nişanının sahibi idi.

Şefer, İslam tarixi və coğrafiyasıyla ilgili önəmli çalışmalar işləyib hazırlamışdı. Bəzi Farsca İslam tarixi qaynaqlarının tənqidi nəşri və Fransızca tərcümələri ilə yanaşı İslam dünyasına dair Şərqdə və Qərbdə yazılmış bir çox səyahətnamə və xatiratı çap etmiş və Fransızcaya çevirmişdir. İslam dünyasında keçirdiyi illərdə topladığı çox saylı Ərəbcə, Farsca və Türkcə əlyazmalardan zəngin bir kolleksiya yaratmış, daha sonra bu kitabların 800 ədədini Bibliothèque Nationaleyə hədiyyə etmişdir.

Şarl Anri Oqüst Şefer 1898-ci ildə vəfat etmişdir.