Şamil Qafarov 1950-ci ilin yanvar ayının 19-da Azərbaycan Respublikasının Ağdam şəhərində müəllim ailəsində dünyaya göz açmışdır.

Atası Saleh Mustafa oğlu Qafarov 1912-ci ildə Şuşa şəhərində anadan olmuşdur. 1985-ci ilə qədər Ağdam şəhərində coğrafiya müəllimi işləmişdir. 1985-ci ilin mart ayında vəfat etmişdir.

Anası Qafarova Humay Bəylər qızı 1920-ci ildə Ağdam rayonunda anadan olubdur. O, evdar qadın olumuş və 1997-ci ildə vəfat etmişdir.

İlk ailə tərbiyəsi və təhsil Ş. Qafarovun bütün sonrakı həyatını müəyyənləşdirmişdir. O, 1957–1967-ci illərdə Ağdam şəhərində 1№li orta məktəbdə, 1967–1971-ci illərdə isə D. Bünyadzadə adına Azərbaycan Xalq Təsərrüfatı İnstitutunun Sənayenin iqtisadiyyatı fakültəsində təhsil almış və oranı əla qiymətlərlə bitirmişdir.

Təyinatla Bakı Maşınqayırma Zavoduna göndərilmiş və 1972–1973-cü illərdə Murmansk vilayətinin Severomorsk şəhərində hərbi gəmidə matros kimi xidmət göstərmişdir. 1974–1975-ci illərdə isə Azərbaycan SSR Dövlət Plan Komitəsi nəzdindəki Elmi-Tədqiqat İqtisadiyyat İnstitutunda elmi işçi vəzifəsində çalışmışdır. Elm və təhsilə olan marağı, daim axtarışda olma həvəsi onu S. M. Kirov adına Azərbaycan Dövlət Universitetinin aspiranturasına gətirmişdir. 1975–1978-ci illərdə burada siyasi iqtisad ixtisası üzrə aspiranturada təhsil almışdır.

Aspiranturanı qurtarandan sonra, 1978-ci ildən təyinatla siyasi iqtisad kafedrasında müəllimliyə başlamış, 1980-ci ildə görkəmli iqtisadçı alim, əməkdar elm xadimi, Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyasının müxbir üzvü, iqtisad elmləri doktoru, professor Teymur Süleyman oğlu Vəliyevin rəhbərliyi altında namizədlik dissertasiyasını müdafiə etmişdir.

Ş. S. Qafarov 1983-cü ildə ADU-nun Siyasi iqtisad kafedrasının baş müəllimi, 1986-cı ildə isə dosenti seçilmişdir. O, müəyyən maneələrə baxmayaraq 1998-ci ildən demokratik yolla universitetin böyük istinad kafedrası olan, İqtisadi nəzəriyyə kafedrasının müdiri vəzifəsinə seçilmişdir.

Dərin analitik təhlil və araşdırma tələb edən ictimai əmək bölgüsü qanununu özünə tədqiqat mövzusu seçən alim (qeyd etmək lazımdır ki, SSRİ məkanında ictimai əmək bölgüsünü qanun kimi tədqiq edib, namizədlik dissertsiyası müdafiə edən ilk iqtisadçı da məhz o olmuşdur) bütün sonrakı elmi yaradıcılığında araşdırmalarını bu istiqamətdə davam etdirərək, 2001-ci ildə "İctimai əmək bölgüsünün sosial-iqtisadi problemləri" mövzusunda doktorluq dissertasiyası müdafiə etmişdir.

Ş. S. Qafarov müstəqil Azərbaycan Respublikasının iqtisadi nəzəriyyə üzrə dissertasiya yazıb müdafiə edən ilk iqtisad elmləri doktorudur. Azərbaycan Respublikası Prezidenti yanında Ali Attestasiya Komissiyasının sədri akademik Azad Mirzəcanzadə olan dövrdə (10 il müddətində) doktorluq müdafiə etmək böyük hünər və fəxr sayılırdı. Dünya şöhrətli akademikin dövründə hər il bütün ixtisaslar üzrə cəmi 15–20 nəfər müdafiə edirdi. Bu onun prinsipiallığından, qorxmazlığından və elmə əsl qiymət verməsindən irəli gəlirdi. Yəqin ki, gələcəkdə onun bu xidmətləri özünün əsl qiymətini tapacaq.

1999-cu ildə "Beynəlxalq əmək bölgüsü: formalaşması, dinamikası və strukturu" adlı kitabı, elə həmin ildə "İctimai əmək bölgüsü və onun sosial-iqtisadi problemləri" adlı irihəcmli monoqrafiyası, 2002-ci və 2004-cü illərdə Azərbaycanda ilk dəfə onun rəhbərliyi və müəllifliyi ilə "İqtisadi nəzəriyyə" dərsliyi çap olunmuşdur. O zaman üçün bu, respublikamızda qeyri-iqtisad ali məktəblər üçün ilk və yeganə dərslik idi.

Alim, 2003-cü ilin may ayından Bakı Dövlət Universitetinin professoru vəzifəsinə seçilmişdir.

Ş. S. Qafarovun 2005-ci ildə "Müasir iqtisadi sistem və qloballaşma" adlı 632 səhifəlik irihəcmli monoqrafiyası çap olunub.

Bu əsər tranzitar iqtisadiyyatın bir çox problemlərinin sistemli təhlili baxımından, həmçinin iqtisadi nəzəriyyənin tədrisinin təkmilləşdirilməsinə xidmət edir.

2014-cü ildə "Pulun diktaturası" adlı 552 səhifəlik monoqrafiyası çap olunub. 

Ş. S. Qafarov 2008-ci ildən etibarən elm və tədris sahəsindəki fəaliyyətini respublikada iqtisadiyyat üzrə aparıcı elm-tədris mərkəzi sayılan Azərbaycan Dövlət İqtisad Universitetində davam etdirir.

2010-cu ildə Azərbaycan Dövlət İqtisad Universitetinin professoru seçilmiş və həmin ildə də Azərbaycan Respublikası Prezidenti yanında Ali Attestasiya Komissiyası tərəfindən professorluğu təsdiq olunmuşdur.

Bütövlükdə bu günə qədər professor Ş. Qafarov 6 kitabın 136-dan çox məqalənin müəllifidir.

10-dan çox doktorluq və namizədlik dissertasiyalarının rəsmi opponenti kimi çıxış etmişdir.

2001-ci ildən 2011-ci ilə qədər Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyasının İqtisadiyyat İnstitutunun nəzdindəki respublikada doktorluq dissertasiyası üzrə İxtisaslaşdırılmış Şuranın (D.01.181) üzvü olmuşdur. 2011-ci ildən isə Azərbaycan Dövlət İqtisad Universitetinin nəzdindəki (D.02.052) doktorluq dissertasiyası üzrə İxtisaslaşdırılmış Şuranın üzvüdür.

2013-cü ildən Azərbaycan Respublikasının Prezidenti yanında Ali Attestasiya Komissiyasının iqtisadi məsələlər üzrə Ekspert Şurasının üzvüdür.

Ş. Qafarov uzun müddət Respublika Elmi-Tədqiqatların Təşkili və Əlaqələndirilməsi Şurasının (RETTƏŞ) İqtisadiyyat üzrə Problem Şurasının Büro üzvü, 2002-ci ildə Respublikada keçirilmiş ictimai-kütləvi sorğuya əsasən "Azərbaycanın tanınmış alimləri" Beynəlxalq Layihəsinin qaliblərindən biri olmuşdur.

O, Azərbaycan Respublikası İqtisadi İnkişaf Nazirliyinin 2011-ci ildə elan etdiyi müsabiqədə qalib olaraq "Azərbaycan Respublikasında regional sosial-iqtisadi inkişaf proqramlarının nəticəliyinin diaqnostikası və regional iqtisadi inkişaf modelinin formalaşması" mövzusunda layihənin yerinə yetirilməsində böyük ekspert qismində iştirak etmişdir.

Prof. Ş. Qafarov 2012–2013-cü illər ərzində Azərbaycan Respublikasının Prezidenti yanında Elmin İnkişaf Fondunun makroiqtisadiyyat istiqaməti üzrə fundamental tətbiqi xarakterli "Azərbaycanda dayanıqlı inkişafın təmin edilməsində fiskal və monetar siyasətin əlaqələndirilməsi mexanizminin qiymətləndirilməsi və təkmilləşdirilməsi istiqamətlərinin müəyyənləşdirilməsi" elmi-tədqiqat layihəsində böyük ekspert olmuş, 2011-ci ilin 1-ci qrant müsabiqəsinin (EİF – 2011–1(3)) qalibidir və müvafiq sertifikat almışdır.

Ş. Qafarov 1982-ci və 1988-ci illərdə (hər dəfə 5 ay müddətində) Moskva Dövlət Universitetinin İxtisasartırma İnstitutunda dinləyici olmuşdur. 1986-cı ildə Kiyevdə, 1987-ci ildə İrəvanda, 1989-cu ildə Sverdlovsk şəhərində, 1992-ci ildə Təbrizdə konfranslarda iştirak etmiş, 1994-cü ildə Moskva Dövlət Universitetində Dünya Bankının təşkil etdiyi, 1995-ci ildə Ankara və İstanbulda Sahibkarlığa kömək proqramı üzrə kurslar keçmiş və müvafiq sertifikatlar almışdır.

Professor Ş. S. Qafarov Azərbaycanda yeganə iqtisadçıdır ki, 3 dəfə DAAD (Alman Akademik Mübadilə Xidməti) müsabiqəsinin qalibi olub. Dəqiq elmlərdə bəlkə də bu mümkündür. İctimai elmlərdə və xüsusən də iqtisad elmi sahəsində bu nadir hadisədir. Müsabiqə qalibi kimi ilk dəfə 1 oktyabr 1998-ci ildən 1 dekabr 1998-ci ilədək Almaniyanın Ştuttqart Universitetinin iqtisadiyyat fakültəsinin dekanı, kafedra müdiri, dünyada nadir olan və Ştuttqartda son illər yaradılan Biznes məktəbinin direktoru, Pentaqon və Bundestaqın iqtisadi məsələlər üzrə məsləhətçisi (hərbin iqtisadi sahədə məsləhətçisi olduğu üçün o, eyni zamanda polkovnikdir), Almaniyada neçə-neçə jurnalların redaktoru və redkollegiyasının üzvü olan professor Ulli Arnoldla birlikdə 1999-cu ildə "Azərbaycana birbaşa investisiya-alman investorlarına kömək mexanizmi" adlı kitabı alman dilində çapdan çıxıb.

Dünya şöhrətli alman iqtisadçısı, professor Ulli Arnold 2003-cü ilin sentyabr ayının 9–15-də professor Ş. Qafarovla birgə tədqiqatı davam etdirmək məqsədilə Almaniyanın hesabına Azərbaycana gəlib.

Professor Ş. Qafarov ikinci dəfə DAAD yolu ilə 2004-cü ildə üç aylıq yenidən Ştuttqart Universitetində elmi fəaliyyətini davam etdirmişdir.

2006-cı ildə professor U. Arnold Ş. Qafarovla elmi-tədqiqat işlərini davam etdirmək üçün yenidən Azərbaycana gəlir.

Professor Ş. Qafarov üçüncü dəfə DAAD müsabiqəsinin qalibi kimi 3 ay (25 iyundan ― 25 sentyabr 2010-cu ildə) Ştuttqart Universitetində fəaliyyət göstərib.

Professor Ş. Qafarovun iqtisadçı alim kimi xidmətləri böyükdür. O, elmi ictimaiyyət tərəfindən qəbul edilir. Alimin həyatında zaman-zaman müəyyən çətinliklər, ona qarşı haqsızlıqlar, anlaşılmazlıqlar olsa da o, sarsılmayaraq elmi fəaliyyətini davam etdirmişdir.

Professor Şamil Saleh oğlu Qafarov bu xidmətləri qarşısında öz layiqli qiymətini alacaqdır.

Ş. Qafarov hal-hazırda Azərbaycan Dövlət İqtisad Universitetinin İqtisadi nəzəriyyə kafedrasının professorudur. Eyni zamanda, Azərbaycan Dövlət İqtisad Universitetinin nəzdində olan İqtisadi Araşdırmalar Elmi-Tədqiqat İnstitutunun böyük elmi işçisidir.

Ailəlidir, bir oğlu, bir qızı var.