Şamil Əfəndiyev 1994-cü ildə Rusiya Çempionatında mübarizə apardı və turniri gümüş medalla başa vurdu. 1997-ci ildən Azərbaycan yığmasının heyətində çıxış edən Şamil Əfəndiyev 1997-ci ildə Rusiyada Dünya Çempionatını 7-ci, 1998-ci ildə İranda Dünya Çempionatını isə 11-ci pillədə başa vurdu.

1998-ci ildə Belarusda Avropa Çempionatında 8-ci pillənin sahibi olan Şamil Əfəndiyev 2000-ci ildə Budapeşt şəhərində (Macarıstan) baş tutan Avropa Çempionatı zamanı bürünc medal uğrunda görüşdə məğlub oldu və turniri dördüncü pillədə başa vurdu.

Şamil Əfəndiyev Azərbaycanı 2000-ci ildə Sidney şəhərində (Avstraliya) baş tutan XXVII Yay Olimpiya Oyunlarında təmsil elədi. -63 Kq. turnirində çıxış edən Şamil Əfəndiyev qrup mərhələsinin birinci görüşündə Slovakiya nümayəndəsi Stefan Fernya ilə üz-üzə gəldi. Həmin görüşdə Şamil Əfəndiyev rəqibi üzərində 6:1 hesabı ilə qələbə qazandı. Qrup mərhələsinin növbəti görüşündə onun rəqibi Yeni Zelandiya nümayəndəsi Musa İlhan oldu. Bu görüşdə də Şamil Əfəndiyev rəqibi üzərində qələbə qazandı (10:0). Qrup mərhələsinin üçüncü turu isə həlledici oldu. Bu görüşdə Şamil Əfəndiyev son olimpiadanın finalçısı Cənubi Koreya nümayəndəsi Yan Ya-Su ilə üz-üzə gəldi. Həm Əfəndiyev, həm də Ya-Su bütün görüşlərində qalib gəlmişdi və sırf bu görüşün qalibi olimpiadanın yarım-final mərhələsinə vəsiqə qazanacaqdı. Həmin görüşdə Şamil Əfəndiyev rəqibinə 1:6 hesabı ilə məğlub oldu və mübarizəsini qrup mərhələsində dayandıraraq olimpiadanı yeddinci pillədə başa vurdu. 2000-ci ildə idmanla vidalaşdı.