Şahin Mustafayev 7 fevral 1962-ci ildə Bakıda anadan olub.

1984-cü ildə Azərbaycan Dövlət Universiteti Şərqşünaslıq fakültəsini fərqlənmə diplomu ilə bitirdikdən sonra Azərbaycan Elmlər Akademiyasının Şərqşünaslıq İnstitutunda baş laborant vəzifəsində əmək fəaliyyətinə başlayıb.

1985–1986 illərdə Moskvada SSRİ Elmlər Akademiyası Şərqşünaslıq İnstitutunda elmi staj keçdikdən sonra həmin institutda aspiranturaya daxil olub.

1990-cı ildə aspiranturanı bitirib M. V. Lomonosov adına Moskva Dövlət Universiteti Asiya və Afrika ölkələri İnstitutununun nəzdində fəaliyyət göstərən Müdafiə şurasında "XVI əsrin birinci yarısında Kiçik Asiyanın şərq vilayətlərində Osmanlı sosial-siyasi strukturunun formalaşması" mövzusunda dissertasiya müdafiə edib və tarix elmləri namizədi elmi adını alıb.

2011-ci ildə Bakı Dövlət Universiteti Tarix fakültəsinin nəzdində fəaliyyət göstərən Müdafiə şurasında "XI-XV əsrlərdə Kiçik Asiyanın türk mühitində etnosiyasi proseslər" mövzusunda dissertasiya müdafiə edib və tarix üzrə elmlər doktoru elmi adını alıb.

1990-cı ildən etibarən Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyası akad. Z. M. Bünyadov adına Şərqşünaslıq İnstitutunda müxtəlif elmi vəzifələrdə işləyib, hal-hazırda isə İnstitutunun elmi işlər üzrə direktor müavini vəzifəsini tutur.

1999-cu ildə YUNESCO-nun "Hirayama – İpək Yolu" proqramı ilə Böyük Britaniyanın Oksford İslam Araşdırmaları Mərkəzində və Bodlean Kitabxanasında elmi tədqiqat işləri ilə məşğul olub.

2005–2006-cı illərdə Fulbright proqramı ilə ABŞ-nin İndiana Universitetində elmi tədqiqat aparıb.

2008–2013-cü illərdə YUNESKO-nun nəzdində Beynəlxalq Mərkəzi Asiya Tədqiqatları İnstitutunun (Səmərqənd, Özbəkistan) direktoru vəzifəsində fəaliyyət göstərib.

2015-ci ildən etibarən Azərbaycan Respublikası Prezidenti yanında Ali Attestasiya Komissiyasının Rəyasət Heyətinin üzvü kimi fəaliyyət göstərir.

Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 1 noyabr 2018-ci il Fərmanı ilə Azərbaycan Milli Ensiklopediyasının Redaksiya Heyətinin üzvü təyin edilib.

2014–2019-cu illərdə Respublika Elmi Tədqiqatları Əlaqələndirmə Şurasının nəzdində Tarix elmləri üzrə Problem şurasının sədri olaraq fəaliyyət göstərib, hal-hazırda isə Ümumi tarix üzrə elmi şuranın sədri vəzifəsini yerinə yetirir.

2016-cı ildə YUNESCO-nun İpək Yolu Online Platform proqramının Azərbaycan üzrə əlaqələndiricisi və Beynəlxalq bürosunun vitse-prezidenti vəzifələrinə seçilib.

Elmi əsərləri dünyanın bir sıra ölkələrində müxtəlif dillərdə dərc edilib. Bir çox beynəlxalq elmi konfransların iştirakçısı olub.

1. YUNESCO-nun "Hirayama – İpək Yolu" proqramının stipendiyası (1998)
2. Fulbright proqramının stipendiyası (2005)
3. Qazaxıstan Respublikası Təhsil və Elm nazirliyinin "Qazaxıstanda elmin inkişafı üçün" nişanı (2008-ci il)
4. Özbəkistanın "Dostluq" ordeni (02.12.2022)

1. Восточная Анатолия: от Ак-Коюнлу к Османской империи. Москва: Издательская фирма "Восточная литература" РАН, 1994.

2. Səlcuqilərdən Osmanlılara: XI–XV əsrlərdə Anadolunun türk mühitində etnosiyasi proseslər. Bakı: "Elm" nəşriyyatı, 2011

3. Tiflis əyalətinin müfəssəl dəftəri (Qazax və Borçalı. 1728-ci il). Bakı: "Pedaqogika" nəşriyyatı, 2001

4. Lori vilayətinin icmal dəftəri. Bakı: "Nurlan" nəşriyyatı, 2003

5. От сельджуков к османам: этнополитические процессы в тюркской среде Малой Азии в XI–XV веках. Москва: ИВ РАН – МИЦАИ, 2017

6. Концепция верховной власти и права в "Огузнаме" Языджи-оглу Али // "Османская империя: проблемы внешней политики и отношений с Россией". Москва, Институт Востоковедения РАН, 1996, cc. 10–23

7. Anadolu və Azərbaycanın türk mühitindəki etnik-siyasi dəyişmələr kontekstində qızılbaşlıq (problemin qoyuluşu) // Orta əsrlər Şərqi. Akademik Z. M. Bünyadovun xatirəsinə həsr olunmuş məqalələr toplusu. Bakı: 2000, ss. 107–114

8. Tarixi qaynaqların işığında "Kitab-i Dədə Qorqud"un yazıya alındığı etnik və mental mühit // Azərbaycan tarixinin çağdaş problemləri. Bakı: Xəzər Univərsitəsi nəşriyyatı, 2000, ss. 214–229

9. The Ottoman and Aqqoyunlu Legislative Codes on the Taxation of International Silk Trade in 15th – early 16th Centuries // Collection of Materials of UNESCO International Symposium on the Silk Roads. China, Xian, 2002, pp. 120–123

10. Renessans dövründə türklərə və Osmanlı-Səfəvi münasibətlərinə bir baxış (Busbekin "Türk məktubları") // Elmi Araşdırmalar. № 1–4, Bakı, 2002, ss. 196–204

11. Дневники Юсифа Везира Чеменземинли: азербайджанский интеллигент в процессе аккультурации // Elmi Araşdırmalar. № 1–4, Bakı, 2002, cc. 204–209

12. Вакф Узун Хасана Ак-Коюнлу в Диярбекире // От Стамбула до Москвы. Сборник статей в честь 100-летия профессора А.Ф.Миллера. Москва: Издательство "Муравей", 2003, cc. 53–59

13. Mardində Ağqoyunlu Qasım b. Cahangir vəqfi // Orta əsrlər Şərq tarixi: Qaynaqlar və araşdırmalar (Akademik Z. M. Bünyadovun 80 illiyinə həsr olunmuş məqalələr toplusu), Bakı, "Nurlan" nəşriyyatı, 2003, ss. 98–113

14. The Diaries by Y. V. Chemenzeminli: the Azerbaijani Intellectual in the Process of Acculturation // Looking at the Colonizer: Cross-Cultural Perceptions in Central Asia and the Caucasus, Bengal and Related Areas. (B. Eschment – H. Harder (eds.)). Berlin. Ergon Verlag, 2004, ss. 31–45

15. XV–XVI yüzillərdə Osmanlı dövlət anlayışına dair bəzi qeydlər // Elmi Araşdırmalar (elmi-nəzəri məqalələr toplusu). IV buraxılış. Bakı: 2004, ss. 166–177

16. Akkoyunlu döneminde Türk etnik şuuru // I Uluslararası Oğuzlardan Osmanlıya Diyarbakır Sempozyumu (20 – 22 mayıs 2004). Diyarbakır: 2004, ss. 481–491

17. The Diaries by Y. V. Chemenzeminli: the Azerbaijani Intellectual in the Process of Acculturation // Looking at the Colonizer: Cross-Cultural Perceptions in Central Asia and the Caucasus, Bengal and Related Areas. (B. Eschment – H. Harder (eds.)). Berlin: Ergon Verlag, 2004, pp. 31–45

18. "Orta çağın payızında" türklərdə cəngavərlik idealı // Elmi Araşdırmalar (elmi-nəzəri məqalələr toplusu), VII buraxılış. Bakı: 2004, ss.205–215

19. Turkic Identity and Azerbaijani Consciousness at the Beginning of 20th Century: Connection or Contradiction? // Central Asia in Display. Proceedings of the VII Conference of the European Society for Central Asian Studies. Vol. 2, (G. Rasuly-Paleczek, J. Katschnig (eds.)). Wien: 2005, pp. 185–188

20. Из истории взаимоотношений государства Ак-Коюнлу с Османской империей (некоторые штрихи к портрету Угурлу Мухаммеда) // Turcica et Ottomanica (Сборник статей в честь 70-летия М.С.Мейера). Москва. Издательская фирма "Восточная литература" РАН, 2006, ss. 282–292

21. Osmanlılılar və qızılbaşlar: qarşılıqlı münasibətlərin ilk mərhələsi // Elmi Araşdırmalar (elmi-nəzəri məqalələr toplusu), VIII buraxılış. Bakı: 2006, ss. 380–383

22. The History of Sovereignty in Azerbaijan: A Preliminary Survey of Basic Approaches // Caucasus Paradigms. Anthropologies, Histories and the Making of a World Area (Eds. Bruce Grant and Lale Yalçın-Heckmann). Lit Verlag. Berlin: 2007, ss. 95–117

23. Islam and National Culture in Azerbaijan // Understanding the Middle East under the New World Order. The 6th Forum for Korea-Middle East Cooperation. 2009 IFANS-KAMES Joint International Conference. Seoul: 2009, pp. 133–139

24. Инвентаризация объектов прикладного искусства Центральной Азии: опыт Международного Института Центральноазиатских исследований // Конференция экспертов Среднеазиатского региона "Государственная инвентаризация нематериального культурного наследия: выполнение задач, методы и стратегии". Сеул: 2010, cc. 148–152

25. Османцы и туркманы в XV в.: некоторые вопросы этнополитических процессов в тюркской среде Малой Азии // Османский мир и османистика (Сборник статей к 100-летию со дня рождения А.С. Тверитиновой (1910–1973)). Москва: ИВ РАН, 2010, cc. 297–313

26. Tamerlane and Bayezid: The image of the Ottoman power in Anatolia on the eve of the battle of Ankara // Bulletin of the International Institute for Central Asian Studies. Volume 16, 2012, pp. 58–68

27. Историческая картография Центральной Азии и Атлас Карла фон Шпрунера // Исторический атлас Азии Карла фон Шпрунера. Самарканд: 2012, cc. 6–8 (в соавторстве с Х.Гулямовым и А.Татыбаевым)

28. Anadolu’da Osmanlı İmajı ve Ankara Savaşı // 1402 Ankara Savaşı Uluslararası Kongresi (Yıldırım – Timur) Bildiri Kitabı. Ankara, 9–12 Ekim 2012, ss. 435–443

29. Orta Asya’da İpek Yolu Kültür Mirası ve UNESCO’nun İpek Yolu Projesi // Uluslararası İpek Yolunda Türk Dünyası Ortak Kültür Mirası Bilgi Şöleni. Bildiriler. Ankara: Türk Yurdu Yayınları, 2013, ss. 29–40

30. The Great Silk Road – the Road of Dialogue and Cooperation // Proceedings of the International Conference "Silk Road: Past, Present and Future". Ulanbaatar: 2013, pp. 45–50

31. "Рум" и "Аджам" в османской исторической литературе // Тюркологический сборник. 2011–2012: Политическая и этнокультурная история тюркских народов и государств. Москва: "Наука", 2013, cc. 263–284

32. М.Ф. Ахундов и французское Просвещение: духовный мост через столетие // Культурный трансфер на перекрестках Центральной Азии: до, во время и после Великого Шелкового пути. Париж-Самарканд: МИЦАИ, 2013, cc. 219–235

33. Between Nomadism and Centralization: The Ottoman Alternative in the History of the Aqqoyunlu State // Nomad Aristocrats in a World of Empires. Edited by Juergen Paul. Wiesbaden. Dr. Ludwig Reichert Verlag. 2013, pp. 143–159

34. Views on Supreme Power and Law in Medieval Nomadic Society (case of "Oghuzname" by Yazicioglu Ali) // Studia et Documenta Turkologica, Nr. 1, 2013. Universitatea Babeş-Bolyai, İnstitutul de Turcologie şi Studii Central-Asiatice (Romania), pp. 277–286

35. Некоторые теоретические вопросы современной азербайджанской историографии // AMEA akademik Z. M. Bünyadov adına Şərqşünaslıq İnstitutunun "Elmi araşdırmalar"ı, (X buraxılış), 2014, cc. 182–208

36. Тимуридское посольство в Китай и его описание на азербайджанском языке согласно рукописи XV в. // Известия НАН Азербайджана. Серия общественных наук. 2015, № 3, cc. 98–115

37. Образ османов в сефевидских исторических источниках (первая половина и середина XVI в.) // Средневековый Восток: проблемы историографии и источниковедения (Сборник статей памяти Героя Советского Союза, академика З.М.Буниятова). Баку: "Элм", 2015, cc. 192–231

38. Нахичеван в конце XVI в. (по данным османского пространного реестра вилайета Реван 1590 г.) // Transcaucasica. 2015–1016. Выпуск 3. Москва: cc. 44–61

39. Исторические архетипы и поиск идентичности // Bakı Beynəlxalq Humanitar Forumunun materialları (2 – 3 oktyabr 2014-cü il). Bakı: "Şərq-Qərb", 2016. II cild, cc. 166–174

40. Akademik Əbdülkərim Əlizadə və Azərbaycan şərqşünaslığı // Azərbaycan şərqşünaslığı. № 1 (14). Bakı: 2016, ss. 9–14

41. İpek Yolu Sefaretnameleri: Bir Akkoyunlu El Yazmasında 1419–1421 Yıllarında Çin’e Gönderilen Bir Timurlu Büyükelçiliğinin Tarihi // Yükselen İpek Yolu. III Cilt. İpek Yolunda Kültür ve Sanat. Ankara: Türk Yurdu, 2016, ss. 67–87

42. M. A. Akhundov et la philosophie des Lumieres. Un pont spirituel d’un siècle a l’autre // Asie Centrale. Transferts culturels le long de la Route de la soue. Paris: Vendemiaire, 2016, pp. 513–536

43. Silk Trade from Ilkhanids to Aqqoyunlu // Acta Via Serica. Inaugural Issue, Winter 2016 (Keimyung University, Republic of Korea), pp. 119–136

44. Некоторые особенности религиозной жизни в Азербайджане и на Кавказе в период монгольской династии Хулагуидов // Религии Казахстана и Центральной Азии на Великом Шелковом пути. Материалы международной научно-практической конференции 12–13 июня 2017 г. Алматы: 2017, cc. 42–51

45. Safevi Tarih Yazımında Osmanlılar (Şah İsmail ve Şah Tahmasb Devirleri) // Türk Tarihi Araştırmaları Dergisi / Journal of Turkish History Researches. Yıl/Vol. 3, Sayı/No. 1 Bahar/Spring 2017, ss. 1–49

46. Tarixin və bugünün işığında Nadir şah (İngilis şərqşünasının kitabı üzərində bəzi düşüncələr) // İngilis şərqşünası Maykl Aksvörtinin "Nadir şah" kitabının Azərbaycan dilinə tərcüməsi və tarixşünaslıq elminin vəzifələri. Bakı: "Elm", 2018, ss. 24–58

47. The trade routes and the Silk Trade along the Western Coast of the Caspian Sea from the 15th to the First Half of the 17th Century // Acta Via Serica. Vol. 3, No 2, December 2018 (Keimyung University, Republic of Korea), pp. 23–48

48. Osmanlı təhrir dəftərlərinin Azərbaycanın orta əsrlər sosial-iqtisadi tarixinin öyrənilməsində önəmi // Azərbaycan şərqşünaslığı. Elmi kütləvi jurnal, № 1(16), 2018, s. 11–14

49. Les grands traits de la suprematie mongole en Azerbaidjan et en Transcaucasie // La Montagne des Langues et des Peuples. Imbrications et transferts dans l’Espace du Caucase. Paris: 2019, pp. 143–172

50. О научных изысканиях Мирзы Казем-Бека в области истории тюркских народов // Казембековские чтения: материалы Междунар. науч.-образ. конф. Махачкала, 26–27 февраля 2019 г. / отв. ред. А.М. Абдулатипова; ДГИ; СПбГУ. Махачкала: Дагест. гуманитар. ин-т, 2019, сс. 60–72

51. Outlines of the Mongolian supremacy in Azerbaijan and the South Caucasus // Khazar Journal Of Humanities and Social Sciences, Special Issue, 2019, p. 145–168

52. Азербайджанская периодическая печать начала XX в. о Туркестане и джадидизме (Статьи М.Э.Расулзаде в газете "Ачыг сёз") // Центральная Азия в эпоху средневековья и Нового времени: общество, культура, источники. Ташкент: "Akademnashr", сс. 86–106