Şahin Mustafayev 1965-ci ildə Ermənistanın Barana (Noyemberyan) rayonunun Cucevan kəndində anadan olub. 1989-cu ildə M. Voznesenski adına Maliyyə-İqtisad İnstitutunun Bakı filialını bitirib. 1990–1991-ci illərdə Bakı Baş Tikinti İdarəsində baş mühasib işləyib.

1991–1992-ci illərdə "Spektr" kiçik müəssisəsində baş mühasib, 1992–1999-cu illərdə Nəsimi rayonu üzrə Dövlət Vergi Müfəttişliyində dövlət vergi müfəttişi, böyük dövlət vergi müfəttişi, baş dövlət vergi müfəttişi və şöbə rəisi olub.

1999–2000-ci illərdə Baş Dövlət Vergi Müfəttişliyində İqtisadi Təhlil, Uçot, Hesabat və Vergi Daxilolmalarının Proqnozlaşdırma İdarəsində şöbə rəisi, 2000–2003-cü illərdə AR Vergilər Nazirliyinin İqdisadi Təhlil və Uçotun Təşkili İdarəsinin rəis müavini, rəisi, 2003–2005-ci illərdə AR Dövlət Neft Şirkətində mərkəzi mühasibatlığın baş mühasibi, İqtisadiyyat və Uçot İdarəsinin, 2005–2006-cı illərdə Azərbaycan Respublikası Dövlət Neft Şirkətinin İqtisadi məsələlər üzrə vitse-prezidenti, 2006–2008-ci illərdə Azərbaycan Respublikası Vergilər nazirinin birinci müavini vəzifələrində işləyib.

2008–2013-cü illərdə Azərbaycan Respublikasının İqtisadi İnkişaf naziri, 2013–2016-cı illərdə isə Azərbaycan Respublikasının İqtisadiyyat və Sənaye naziri vəzifələrində çalışmışdır.

Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 15 yanvar 2016-cı il tarixli Sərəncamı ilə Azərbaycan Respublikasının İqtisadiyyat naziri təyin edilmişdir.

Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 23 oktyabr 2019-cu il tarixli Sərəncamı ilə Azərbaycan Respublikası Baş Nazirinin müavini təyin edilmişdir.

2020-ci ildə Azərbaycan Respublikasının iqtisadi inkişafında xüsusi xidmətlərinə görə "Şöhrət" ordeni ilə təltif edilib.

Həmçinin, Azərbaycan Stolüstü Tennis Federasiyasının Prezidentidir.

Ailəlidir, 3 övladı var.