Qaraxanlı dövləti ikiyə ayrılandan sonra Böyük xaqan kimi tanınan Şərəfüddövle ləqəbli Əbu Şüca Süleyman ibn Yusif mərkəzi Balasagun və Qaşqarı özünə saxlayıb, qardaşlarından Buğra xan Məhəmmədə Taraz ilə İsficabı, Mahmuda isə Arslan Tigin ləqəbiylə birlikdə ölkənin şərqini verdi. Qaraxanlı dövlətləri arasında sərhəd anlaşmazlığından döyüşlər davam edirdi. Şərqi Qaraxanlı dövlətinin paytaxtı Balasagun idi. İlk dövrlərdə şərqdən gələn köçəri Türklər ölkə ərazisinə qəbul edildi və İslamiyyətə girmələri təmin edildi. Bu sırada Böyük Səlcuq dövləti güclənməkdəydi. Şərqi Qaraxanlıları Qaraxitaylar yıxdı.

1. Süleyman Arslan xan – xan (1032—1055)
2. II Məhəmməd Buğra xan – xan (1055—1057).
3. I İbrahim Buğra xan – xan (1057—1059).
4. Mahmud Toğrul xan – xan (1059—1074).
5. Ömər Toğrul xan – xan (1074—1075).
6. II Harun Buğra xan – xan (1075—1102).
7. Əhməd Arslan xan – xan (1102—1130).
8. II İbrahim Buğra xan – xan (1130—1156)
9. III Məhəmməd Buğra xan – xan (1156—1180).
10. II Yusif Tamğaç xan – xan 1180—1205).
11. IV Məhəmməd Buğra xan – xan (1205-1211)